另外大中军之中，还有一大批情况比较特殊的人员，那就是这些年来俘获的敌军，因为担心这些俘虏一旦遣散马上变成流匪，所以这些俘虏们也多被编列为辅兵随军看管听用。
对于这一批俘虏，自然不可能像大中军兵将那样得到厚待，但是就地遣散也不是办法，肖天健便提出了一个建立建设兵团的想法，将这批俘虏调至一些边境地区，准其将家人也带上，一起前往这些偏远之地进行编管屯耕。
北方因为天灾战祸的原因，原来边境地区很多地方重新变成了荒芜之地，对于土地的利用率远没有后世那样的见缝插针般的密集，所以还有大量的荒地可供屯耕，可是既然是偏远之地，生存条件肯定要相对恶劣一些，普通的民众是不愿意轻易便去这些地方落户的，唯有通过强力政策，先将一些俘虏送到这些地方安置，带到这些偏远之地各种生存条件改善之后，方能推出各种优惠政策，吸引内地百姓移民，这个办法也是对偏远地区开发的一个不错的办法。
肖天健提出这个想法之后，立即便得到了文武两方的支持，于是在天元三年下半年的时候，大中军便开始了正式的裁军。
一批批俘兵开始被拖家带口的遣送往了各地的偏远地区，而一些老弱残兵也开始在领取到遣散费之后，逐步的返回原籍接受安置，虽然这裁撤遣散这么多兵将，对于大中朝来说，一下便要支出一大笔银子，但是为了今后大中朝的长治久安，户部方面还是想办法咬着牙将这笔钱拨了出来。
但是作为遣散人员，诸军之中的那些在各地讲武堂结业的学员兵们，却被肖天健要求尽数保留了下来，这些人乃是肖天健好不容易培养出来的职业军人，不同于一般招募的兵卒，他们每个人都接受过严苛的训练，对于大中朝和肖天健都非常忠诚，战场上表现的也非常勇敢，一旦将他们裁撤回家，那可就让肖天健心疼大了。
趁着这次南方平定和裁军的机会，肖天健又一次对大中军进行了一次结构性的调整，对大中朝各地军队进行了重新编列，按照原来大中军推行的五五编制，对诸军进行再一次的整编。
大中军现在基本独立作战单位是师一级的作战单位，每个陆军师除了编入五个标准战兵营之外，还另外编入一个师属斥候连，一个师属炮兵营，一个师属辎兵营，一个师属工兵连。
而一个营则下辖五个战兵连，一个斥候小队，一个营属炮兵连，如此类推，使得一个整编师齐装满员的话，兵力达到一万人左右。
另外在师一级的作战单位之外，增设一个团一级的独立作战单位，通过裁撤一些部队的同时，以留下的人员组成独立骑兵团、独立工兵团、独立炮兵团、独立辎兵团等独立兵种的部队，平时不编入作战师，但是在战时可随时按照需要，将这些独立团编入到作战集团之中，作为补充和加强使用。
对于多出的人员进行裁撤，不足的人员进行以其他军中裁撤之后留下的精兵进行补充，使之都达到齐装满员状态。
原来大中军共划分成了四个镇军外加一个战区，另外还有一个直属近卫军，这一次趁着整编的机会，肖天健又一次对大中军进行了重新划分。
取消镇军称呼，并且效仿后世称呼，将镇军改称为军区，成立西北军区、中原军区、北方军区、西南军区、东南军区、辽东军区以及一个近卫卫戍军区，共七大军区。
军区长官的称呼也改称为军区司令长官，下设一个参谋长直领一个军区参谋部，另设两个副司令长官，来构成军区指挥系统，根据其作战任务的强度不同，各辖四个到七个作战师不等。
西北军区还是主要负责陕西、山西一带的防务，司令长官继续由阎重喜担纲。
北方军区主要负责河北、宣大、山东一带的防务，司令长官由刁正担纲。
中原军区主要负责河南、湖广、南直隶一带的防务，司令长官继续由刘宝担纲。
西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。
东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。
