正庆幸终于逃离了险境，谁知外面又是一阵喧闹响起。隔着窗棂看时，一群歪戴军帽斜背刀枪面目狰狞的人，举起烟雾腾腾的火把，站在矮墙外的大门边。“开门，开门！”凶恶的喊叫声伴着沉重的敲打声，专使们听了直吓得气都不敢出。
只听外面有人在吼：“这里是南方来使住的地方，兄弟们不要啰唣！”
又有人说道：“什么南使不南使！越是南使，我们越要打他。”
还有人在问：“为什么呢？”
很多人杂七杂八的道：“袁大人要到南方去了。北京城里横竖是没人主持局面，我们就尽情地闹他一场吧！”
蔡元培吓得直冒冷汗，说道：“听口气，好像是要同我们作对。”
宋教仁说道：“我们只有几个人，如果他们冲了进来，那如何对付？隔壁是座教堂，那里有洋兵保护，乱兵不敢进去，赶快到那里躲一躲，天亮之后，想办法去东交民巷的六国饭店……此地近着老袁寓宅，我就去请他出兵平乱，老袁总不能抹脸对人。”
……………
兵变发生时，袁世凯的幕僚们正在迎宾馆里吃饭。突然听到响声，幕僚们以为临近年节市民在燃放爆竹。在判断出这是来复枪的声音后，大家纷纷跑到宾馆大厅询问出了什么事。
袁世凯时亦下楼，见火光烛天，须臾电灯忽然熄灭，袁世凯表现惊惶失措之状，问：“西直门外情况如何，西直门已否关城？”
袁世凯其实也有点忐忑，禁卫军四大旅大多为旗人，除冯国璋带去一部分外，均驻在西苑，时传不稳之迅，恐其一同哗变。
此时宋教仁找上门，袁世凯还没来得及开口，曹锟一身戎装革履，推门而入，见袁世凯请一安，道：“报告大总统，兵变之事，已……”侧身见宋教仁，瞪着眼睛，停顿一下，“卑职请求带所部去弹压兵变。”
袁世凯对他命令道：“你要调度好自己的军队，必须守卫好自己的防卫地带，切不可擅离防地去打兵变，只要你们守好自己的驻防地区，不叫变兵进来，北京城就乱不了。对付变兵，我自有办法。”
“为什么不派兵镇压？”宋教仁急急问道。
“宋先生，如果不把兵变的原因找出来，只怕派出去的兵也会跟着兵变。”袁世凯道。
袁世凯虽然对于外面的曹锟兵变心中暗自有数，但为了在宋教仁面前做个样子，也忙着做些应变准备。他换上短装，穿上马裤，登上一双青布便鞋，并收拾好了几箱细软，打点了随身穿用之杂物，让宋教仁留在他身边，选好了几个护从，不离左右。看来，袁世凯对外面的兵变是真是假，他自己也没有多大把握了，如果真的闹大了，他也有动身逃避的准备。
其实兵变原因虽然很多，但最主要的一点是不愿袁世凯南下，他只是随便挑拨一下，纵放一下，事情也就成了。
在被南方步步紧逼的时候，袁世凯当然愿意军队表示一点行动，适可而止，使自己不能离开北京的借口有事实证明。
段祺瑞向襄阳进攻是对南方党人掏心窝的一拳，至于北洋军在此时北京城闹兵变，同样是有其背景的。
冯国璋在统率北洋军攻克汉口、汉阳时，汉口曾遭北军洗劫，房屋尽毁，积尸日曝，野狗宵鸣。当时有一位记者曾问北洋军士说：“大家都说你们抢掠，有没有这事？”兵士说：“有的，我们不抢就没得吃了。革命军到处受人欢迎，家家奉献食物；而我辈到来，老百姓坚壁清野，甚至用钱买东西都买不到，我们不抢怎么办？”由这一段对话可以看出当时北洋军的处境。
北洋军在汉口的暴xing，曾受中外舆论严厉的指责，加上清帝退位以前，与革命军作战的，几乎全是北洋军。清帝退位，革命成功，南方公私团体不时以文电揭发北军抵抗民军的罪状。袁世凯当选总统后，竟有解散北洋军的谣传，于是势倾一时的北洋军，内心既失望又疑惧。其实和议以前，北方秘使廖少游和黄兴代表曾签有一个草约，其中特别注明：“南北汉军出力将士各享其应得之优待，并不负战时害敌之责任。”这本可以算为保证。可是这是个秘密条款，未被公开，公开流行的，多是不利于北军的谣言，因此兵变时，乱兵一边抢掠一边嚷着说：“不成了，不成了，国家用不着我们了，我们乘早搞点盘缠回家吧。”
第三镇士兵哗变的直接起因是裁饷，陆军部所定的营制饷章，凡出征出防将士，照例自起程之日起加给津贴，以慰劳武士，优待征夫，事平后仍回原防，回防即无津贴。辛亥起义后，北洋军第一、第四镇奉令开赴前线，按照饷章每兵每月加发一两津贴。第三镇由长春开赴北京防卫，亦照出征惯例加发津贴。和议达成，二、四两镇回防，于是照章裁饷。第三镇仍在北京并未回原驻防区长春，所以不在裁饷之列，不知怎的传说第三镇也要裁饷，兵士遂以讹传讹。
第三镇士兵在朝阳门外东岳庙哗变，先在朝阳门外劫掠果摊食铺，后与朝阳门内变兵会合，分头抢掠，凡金银钱铺首饰店、饭馆及洋杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，受灾区域之惨尤胜于庚子八国联军。
