阿克苏戕官案发后，杨增新急电阿克苏镇总兵查春华求救，声称：“谭长谷戕官造反，如不军法从事，上行下效，必然酿成大祸。”
同时，谭长谷也至电阿克苏镇总兵查春华，慷慨陈词：“阿克苏道尹陈正源、温宿知县王乃发屡扣军饷中饱私囊，官兵食不果腹，衣不遮体，弱不禁风，奄奄待毙。卑职一怒就斩了他，绝无背叛军人武德之意，仅以杀贪官污吏为目的。”
阿克苏镇总兵查春华在约见谭长谷并视察其所部后，知他所言不假，作了一番抚慰，并以银元千块、纸币万元分发官兵。接着命杨增新火速离开阿克苏，以免事态扩大。
杨增新由此可知，查春华与会党的关系非同一般，而在给北京袁世凯的密信中更有说“查春华系哥老会的重要首领”，阿克苏戕官案“完全是查等所促使。”无论何种说法，但有一点可以肯定，此时阿克苏的政权已经基本上被哥老会掌握。杨增新即使不肯走，也得走了。
阿克苏戕官案发以后，南北疆交通中断，以至于迪化“协饷断绝，百物昂贵”，很快陷入了危机。而金兆龙又策动喀什哥老会另立袁鸿佑为傀儡都督，遇与袁大化分道扬镳。
此后不久，焉耆哥老会也开始举义。焉耆参将吴首怀设宴款待喀什道尹王学曾，请委员马鸿宾、张铣等作陪。席间不久，张王二人即被闯入参将衙署的会党连浚泉、何正魁、胡得才等七人用乱刀砍死。会党夺得知府印信，召集人员百余人，推连浚泉为管带。
阿克苏及焉耆两地的戕官事件，冲破了南疆反动政权对伊犁的封锁，重新打通了南疆与伊犁的联合之路，对金兆龙在新疆开展革命活动起了重要作用。
不久，库车会党首领钟冠华等戕杀知州毛英畏。
不久，轮台会党首领王海龙、萧秋舫戕杀县令李华嵩。
面对接连四起的戕官事件，袁大化闻风丧胆，惟恐性命不保。他电请北京政府要求辞职，并推荐喀什道尹袁鸿祜为新疆都督。北京袁世凯政府任命袁鸿祜为新疆都督，这就表明南疆与迪化的反动势力已经公开联合，开始共同对付革命力量。
袁鸿祜与袁大化一样，同属于顽固派，反对辛亥革命，反对民主共和。他任喀什道尹期间，曾多次“加征赋税”，支持袁大化的反动统治，早使人民怨声载道。后来又勒令官民剪发易服，但由于不顾及民族情感，操之过及，致使“众论哗然”，激起各族人民的极大愤慨。这样一个反动官僚出任新疆都督，新疆的民主革命必将面临严重威胁。
在这种情况下，为防止迪化、喀什反动势力重新合流，金兆龙又决定除掉袁鸿佑，联络喀什哥老会发动了起义。
起义时间选在袁鸿祜在赴迪化上任前夕。
当晚，袁鸿祜在家中大摆宴席。
乘此机会，喀什哥老会首领边永福、魏得喜等带领会党将袁鸿祜夫妇戕杀，同时被戕杀的还有参加赴宴的参将汤殿恒、疏勒县令张秉铎、革职吏员张舒锷等。起义胜利后，边、魏二人将参加举事的人编为新军，二人分别任左、右管带，管理当地事务。由于喀什是对外交通的要塞，故稳定局势是哥老会首领要解决的首要问题。边魏二人对此严格约束兵勇，维护社会治安，使商民人身及财产安全得到保障，在他们管理喀什期间，地方相安无事。哥老会在喀什的声望颇高，很受当地人民拥护，连杨增新也承认“中外人民生命财产，毫无损失”。
相比南疆其他地区，喀什的戕官运动是影响最大的。喀什虽地处偏远，但作为南疆重镇，“为全省富庶之区，饷源所出，关系重要”。因此，受到袁大化的重视，他把喀什作为保饷源，保新疆的一个重要基地。
袁鸿佑遇刺后，南疆基本上成了革命党人的天下，迪化也是“风声鹤唳，人心惶骇”。于是，袁大化再也坐不住了，只得向袁世凯举荐杨增新为都督。
杨增新自从被金兆龙赶出南疆后，他以镇压革命为名，招募迪化附近的回民当兵，组成回队五营，称为“新军”。然南疆戕官运动爆发后，袁大化让他带兵到南疆平乱，他百般敷衍，按兵不动，他还积极摆出拥护“共和”，力促新伊“和解”的姿态。因此，不少伊犁军民受到欺骗，都十分属意杨增新出任都督。
北京袁世凯政府发布命令，任命杨增新为新疆都督。袁大化被迫宣布辞职。载澜也携眷绕道西伯利亚，经库伦返回沈阳。杨增新凭借其精明与实力上台，受袁世凯密令，继续主持与伊犁和平谈判，同时“剿抚”南疆，镇压伊犁以外南疆各地的革命运动。
然而，袁大化去职以及主和派杨增新上台，却在军队中引发了不小的**。新疆陆军因为受到杨增新的排挤而极度不满，尤其是原先叛变伊犁的蔡乐善部，非常害怕和谈成功后遭到伊犁方面的报复，因此情绪激愤。于是，有人建议蔡乐善发动兵变，制造紧张空气，甚至杀掉杨增新，以破坏袁大化东归企图。
杨增新新任都督时，蔡部官兵在迪化骑马绕城，大呼开枪，制造混乱。杨增新则添募回队千人，准备镇压，战争一触即发。袁大化担心局势进一步恶化，决定从速离开迪化。于是，第二天清晨，他带领部属多人悄悄出城，离开省城，后经哈密回到关内。至此，杨增新正式接管了迪化。
