这话当然说得很有斗志，于是战争是打响了，但结果是悲剧的，朝廷的军队还是以失败告终，李茂贞领兵进军长安问罪。忠心的宰相杜让能站出来，用性命为自己的天子化解了一难。但是此后，大臣们也和皇帝渐行渐远了。
乾宁二年，李茂贞又指使宦官杀死了另一个宰相崔绍纬，再次移师长安，皇帝被迫逃往河东去寻求李克用的庇护。而走到半路时，却被李茂贞的盟友，华州刺史韩建追上，韩建恐吓皇帝说：“车驾渡河，无复还期。”于是挟持皇帝于乾宁三年七月十七抵达华州，堂堂一国之君就这样被大臣幽禁了将近三年，期间皇室宗亲覃王嗣周，延王戒丕，通王滋，沂王禋，彭王惕，丹王允，及韶王、陈王、韩王、济王、睦王等十一人被杀，直到乾宁五年。
这一年朱温占据了东都洛阳，局势发生了重大变化。这导致李茂贞、韩建和李克用建立暂时的联盟，他们决定宁可让皇帝回到长安，也不能让他落到朱温手里。于是李晔在乾宁五年的八月回到长安，同时宣布改元“光化”，以资庆祝。
一回到长安，在宦官和官僚们之间的旧有矛盾又引起了另一场危机。以中尉刘季述为首的宦官垂死挣扎，进行最后的抗争，他们策划废黜昭宗，拥立太子。光化三年（公元900年）十一月，宦官们实现了他们的计划，将昭宗关在了他最熟悉的少阳院，为了防止昭宗逃跑，甚至熔铁浇在锁上，彻底封死去路，每日的饭食则从墙跟挖的小洞里送进去。
但是宦官们害怕李克用、李茂贞和韩建等人会兴师问罪，就将包袱抛给了朱温。而朱温并不想在残酷的宫廷政治中使自己陷得太深，相反他派人将实行政变的宦官们一个一个都暗杀了，于光化四年拥立李晔复位，李晔于是改元天复，加封朱温为东平王。
而李茂贞听说李晔复位，特意从凤翔赶到长安，厚颜无耻的请求加封歧王，无功受禄，显得异常跋扈。此后宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官，大宦官韩全诲则和李茂贞联合，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。半年后朱温领兵讨伐韩全诲，韩全诲便迫使李晔一起逃到了凤翔。朱温紧追不舍，将凤翔城包围起来。一直围困了一年多，李茂贞守得粮草用尽，从冬到春，雨雪又多，城里每天饿死和冻死的就有一千人，皇帝只能在宫中弄个小磨，每天磨豆麦喝粥，喝得他一点力气也没有。宫人们每天也有三四人死亡，百姓更惨，吃人的现象都很普遍了，“人肉每斤值百钱，犬肉值五百钱，每日进奉御膳，就把此肉充当。”直到天复三年（公元903年）正月李茂贞实在没法再守下去了，和皇帝商量了一下，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将皇帝也交给了朱温。朱温这才带着到手的皇帝撤兵东去。
回到长安，朱温命令他的士兵将几百名剩下的宦官赶到内侍省，在那里将他们残酷地杀掉，困惑中晚唐的宦官问题终于被朱温解决了。但是皇帝也完全落入了朱温的监控之下，苟延残喘的度过了他生命中的最后时光。大概是为了报答朱温，昭宗任命朱温为诸道兵马副元帅，相当于军队副总司令。又加封朱温为梁王，并赐“回天再造竭忠守正功臣”的荣誉称号，还有御笔《杨柳词》五首。可惜的是，朱温早就利欲熏心，看重的怎会是这些呢。
天复四年正月，朱温将皇帝迁到由他控制的重建的东都洛阳。在途中杀害了所有剩下来的皇帝侍从。八月，朱温密令朱友恭、氏叔琮等人弑杀天子。
后世评价说，纵观昭宗的一生，他颇想有番作为，整顿内政，但是事与愿违，大唐事实上早已经支离破碎，任何一个手中有些兵力的藩镇几乎都能随心所欲地置大唐于死地，昭宗所作的，只是勉强使大唐多存在了几年而已。
