公元1610年，利玛窦死了。南京一方面，反对的声浪大起。公元1616年，朝廷就下令禁止传教。把在京师的教士，都逐回澳门。后来和满洲开畔，需用铳炮，很为迫切。而这时候的大炮，尤卓著效力。教禁就得因此而解。公元1622年（熹宗天启二年），熹宗派人到澳门，命罗如望（JodnnesdeRocha）、阳玛诺（EmmanuelDiaz）等，制造铳炮。公元1623年，并召用艾儒略（JulioAleni）、毕方济（FianciscusSambiaso）等。而鼎鼎有名的汤若望（AdamSchall），不多时亦来到北京。这时候，明朝所用的大统历，义疏舛了。于是汤若望就受命，在所设四个历局的东局里，从事测验。公元1641年（祟祯十四年），新历成。公元1643年八月，“诏西法果密，即改为大统历法，通行天下。未几国变，竟未施行”。多尔衮入关后，汤若望上书自陈。公元1645年（顺治二年），即用其法为时宪历。并令汤若望管理钦天监。教士在此时，可谓大得胜利了（参看《明史》第三十一卷）。
不道清世祖死后，而反动力又起。原来明朝的钦天监里，本有一班反对西法的人。只因测验得不及他准，无可如何。清初虽仍用汤若望，而这种反对的势力，还没消灭。世祖死后，就利用这朝局变动的机会，旧时钦天监里的人员杨光先，首先出头，攻击新法。并诬各省的教士，要谋为不轨。于是把汤若望等，都囚禁起来。各省教士，亦多被拘禁。教堂亦被破坏，即用杨光先为监正，复行旧法。学新法的监官，和同教士往来的官员，获罪的也不少。这实在是明末以来对于西教西学的一个大反动力（汤若望死于康熙五年）。
然而在历法上，旧法不如新法的精密，是显而易见的，圣祖又是个留心历象的人。于是派员考察，知道杨光先等所说的话，都是诬妄。公元1669年，就革杨光先之职，再用南怀仁（FerdinandusVerbiest）为监正。
圣祖是个留心格物的人，深知西洋科学的长处。公元1689年之后，并且引用徐日升（Pereira）、张诚（Gerhillon）、白进（Bouyer）、安多（Antonius）。叫他们日日轮班，进讲西学。遇有外交上的事务，也使这班人效劳（参看下节）。又叫他们去测绘地图，名为《皇舆全览图》。中国向来的地图，都不记经纬线，粗略得不堪；有经纬线的，实在从这一部图起；而且各处的大城大镇，都经过实测，在比较上，是颇为精密的（从这一部图以后，中国还没有过大规模认真实测的地图）。又因西洋算法的输入，而古代的“天元一术”，得以复明。这件事，在清朝的学术界上，也颇有影响。
教士的科学，虽然受一部分人的欢迎；然而他的教义，要根本上受中国人承认，是不容易的。所以不至惹起重大的反动，则因此时传教的方法，全和后来不同。不但这班教士，都改中国装，学中国话，通中国文字；连起居饮食，一切习惯，无不改得和中国人相同。而且从利玛窦传教以来，就并没禁人拜孔子，拜天，拜祖宗。他们的一种解释，说：“中国的拜孔子，是尊崇他人格；拜天，是报答万物的起源；拜祖先，是亲爱的意思，都没有什么求福免祸的观念。”——所以和中国旧有的思想和习惯，觉得不大冲突。
但是从康熙中叶以后，传教的情形，就要生出一种新变化来了。原来印度的旧教徒，本是受葡萄牙人保护的。中国的传教事业，属于印度的一部分，自然也是受葡萄牙的保护。而法兰西盛强以后，想夺葡萄牙人的保护权，就自派教士到中国来传教。公元1688年（康熙二十七年），到北京，于是葡萄牙人所专有的保护权，就被他破坏了。
