经历如此患难的永历终于幡然悔悟了。湖南的患难让他明白逃亡保不了自己的命，只有刷新朝政，振作士气，使军队有抵抗力，才是最好的保命之方。回到桂林后，永历帝又一次开始了励精图治。他每天早晨五点多就起床，天刚亮就开始召见臣工，商量国家大事。他把瞿式耜倚为自己的左右手，凡事都恭敬地请教，可谓言听计从。
瞿式耜也很兴奋。虽然皇帝如此不争气，但是他从来没有放弃对他的希望。现在，把皇帝引上尧舜之路的千载难逢的机会来了，他想尽办法，来教育这个二十五岁的皇帝。他在扇子上手书了八条箴言，进呈皇上，希望皇帝日夜诵读。他每天“五鼓，肃衣冠而起，黎明入阁，夜分始归”，皇帝不吃饭，他不敢先吃，皇帝不睡觉，他绝不先睡，“如孝子之事严亲也”。既为尽忠，也为监视皇帝，怕他再被身边的太监和小人诱惑。
朝政的振作立竿见影。经过湖南惨败和广西的惨胜，瞿式耜的威望大为提高。再加上皇帝毫无保留的信任和支持，朝中有了真正的主心骨，各地武将也开始听从号令，齐心合力，取得了几次抵抗战争的胜利。南明上下，一个个欢欣鼓舞，都称“中兴有望”。
全国形势这时也出现了有利于南明的逆转。清军入关之后，其实一直是靠汉人打汉人。在利用汉族降将的同时，清廷难免对他们一再猜疑。在南明地盘一再被压缩之后，清廷露出了“狡兔死、走狗烹”的苗头，对汉族降将越来越压制，越来越冷遇。再加上永历政权政治终于清明，露出“中兴”之象。在这种形势下，那些心怀不满的降清汉将不断有人“反正”，并且形成了连锁反应：永历二年（1648年）正月，金声桓在江西反正；三月，李成栋在广州反正；十二月初三，姜瓖在山西反正。三大事变在同一年发生，举国震动，明清形势对比一下子发生重大变化，清廷一时慌了手脚。
对于原本前途难测的南明来说，这真是“于无声处听惊雷”。喜讯一个接一个传入朝廷，江西、广东又都归入南明版图，南明国势可谓蒸蒸日上。
李成栋本是民族观念很强的人，降清以后，精神压力很大，日日郁郁寡欢。如今在全国反清势力高涨的情况下反正，对永历朝廷相当虔诚。他不因将广东一省归入版图居功，反而因自己曾投降清朝而心怀不安。反正之后，他将永历在广东肇庆的“皇宫”整修一新，派自己的儿子李元胤到广西，请皇帝“返都”。
永历二年（1648年）七月，朱由榔圣驾返回“旧都”广东肇庆。李成栋准备了一支由三十二丈长的特大龙舟组成的船队，金漆彩绘，仪仗鲜明，于百里之外迎接皇帝。八月初一晨，李成栋率文武百官举行了一次隆重的迎驾仪式，亲手抬皇帝所乘的銮舆步行入宫，并特意在宫中准备了一万两现银备皇帝赏赐之用。宫里器具陈设极为富丽。永历当了两年多皇帝，到了此时，终于真正尝到了做皇帝的滋味。朝廷上下都以为在三省反正的大好形势下，反攻复明，大有希望，因而一派喜气洋洋。
然而很不幸，朱由榔此时却再次懈怠下来。他本来是一个意志力软弱之人，在武冈半年的患难生活积蓄起来的意志力量，在广西这一段的“励精图治”已经消耗得差不多了。圣驾东移，瞿式耜作为广西巡抚，留守广西，没有跟在皇帝身边。自从船队一离开桂林，逃离了瞿式耜的监督，朱由榔内心就长长地松了一口气。国势向上，一时无忧，没有激起他恢复天下的雄心，反而使他的心气散了。他一封奏章也不想看，一个大臣也不想接见。在豪华舒服的行宫中，他想好好放松一下自己。他命人送来大批珍品鱼鸟和戏本，恢复了王府生活时养成的休闲生活。
