3．病理学诊断。患各种传染病而死亡的畜禽尸体，大多数具有一定的病理变化，可作为诊断的依据之一，如猪瘟、猪气喘病、新城疫、禽霍乱、牛肺疫时，都有特征性的病理变化，常有很大的诊断价值。有的病畜，特别是最急性死亡的病例和早期屠宰的病例，有时特征性的病变尚未出现，因此进行病理剖检诊断时尽可能多检查几头，并选择症状较典型的病例进行剖检。有些疫病除肉眼检查外，还需作病理组织学检查。有些病，还需检查特定的组织器官，如疑为狂犬病时应取脑海马角组织进行包涵体检查。
4．微生物学诊断。运用兽医微生物学的方法进行病原学检查是诊断家畜传染病的重要方法。一般常用下列方法和步骤：
（1）病料的采集。正确采集病料是微生物学诊断的重要环节。病料力求新鲜，最好能在濒死时或死后数小时内采取，要求尽量减少杂菌污染，用具器皿应尽可能严格消毒。通常可根据所怀疑病的类型和特性来决定采取哪些器官或组织的病料。原则上要求采取病原微生物含量多、病变明显的部位，同时易于采取，易于保存和运送。如果缺乏临诊资料，剖检时又难于分析诊断可能属于何种病时，应比较全面地取材，例如血液、肝、脾、肺、肾、脑和淋巴结等，同时要注意带有病变的部分。如怀疑炭疽，则非必要时不准作尸体剖检，只割取一块耳朵就可以了。
（2）病料涂片镜检。通常在有显著病变的不同组织器官和不同部位涂抹数片，进行染色镜检。此法对于一些具有特征性形态的病原微生物如炭疽杆菌、巴氏杆菌等可以迅即做出诊断，但对大多数传染病来说，只能提供进一步检查的依据或参考。
（3）分离培养和鉴定。用人工培养方法将病原体从病料中分离出来。细菌、真菌、螺旋体等可选择适当的人工培养基，病毒等可选用禽胚、各种动物、组织培养等方法分离培养，分离到病原体后，再进行形态学、培养特性、动物接种及免疫学试验等方法做出鉴定。
（4）动物接种试验。通常选择对该种传染病病原体最敏感的动物进行人工感染试验。将病料用适当的方法进行人工接种，然后根据对不同动物的致病力、症状和病理变化特点来帮助诊断。当实验动物死亡或经一定时间杀死后，观察体内变化，并采取病料进行涂片检查和分离鉴定。
一般应用的实验小动物有家兔、小鼠、豚鼠、仓鼠、家禽、鸽子等，在实验小动物对该病原体无感受性时，可以采用有易感性的大动物进行试验，但费用大，而且需要严格的隔离条件和严格的消毒措施，因此只有在非常必要和条件许可时才能进行。
从病料中分离出微生物，虽是确诊的重要依据，但也应注意动物的“健康带菌”现象，其结果还需与临诊及流行病学、病理变化结合起来进行分析。有时即使没有发现病原体，也不能完全否定该种传染病的诊断。
5．免疫学诊断 免疫学诊断是传染病诊断和检疫中常用的重要方法，包括血清学试验和变态反应两类。
（1）血清学试验。利用抗原和抗体特异性结合的免疫学反应进行诊断。可以用已知抗原来测定被检动物血清中的特异性抗体，也可以用已知的抗体(免疫血清)来测定被检材料中的抗原。血清学试验有中和试验(毒素抗毒素中和试验、病毒中和试验等)；凝集试验(直接凝集试验、间接凝集试验、间接血凝试验、SPA协同凝集试验和血细胞凝集抑制试验)；沉淀试验(环状沉淀试验、琼胶扩散沉淀试验和免疫电泳等)；溶细胞试验(溶菌试验、溶血试验)；补体结合试验以及免疫荧光试验、免疫酶技术、放射免疫测定、单克隆抗体和核酸探针等。近年来由于与现代科学技术相结合，血清学试验在方法上日新月异，发展很快，其应用也越来越广，已成为传染病快速诊断的重要工具。
