从人性角度来讲，人都有求生的本能。玛雅人作为一个好战的民族，那么他们的求生性应该更强一些。他们怎么可能因此一次战争选择集体自杀？
从伦理角度来讲，人都有“尊老爱幼”的本性。这“老”和“幼”既可以大到国家，也可以小到家庭。玛雅人作为一个对神灵虔诚信奉的民族，那么他们绝对有很深、很坚定的信仰，对于伦理纲常应该比常人更胜一筹。他们怎么可能让老弱病残一起选择消亡？
从发展角度来讲，人都有向前进步的趋势。玛雅人创造了那么多灿烂的文明，构造了造诣深厚的艺术，在人类文明发展上独领**。他们怎么可能在文明发展的巅峰时刻，用不属于文明的战争结束自己？
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总之，关于玛雅人是因为战争而消失的概念疑点重重。
（3）因破坏森林而遭自然界报复的玛雅人
如今，对于“玛雅人为何选择在丛林掩盖处创建自己民族的灿烂文明”“玛雅人为何要隐蔽自己”这些问题还没有明确的答案。
人们只知道，玛雅人在潮湿的灌木丛中建造了高艺术水平的建筑，构建了布局精致合理的城市，过着崇尚宗教的原始生活。
玛雅人因为这些建筑，这些城池以及神秘的生活而被世界关注。
由于现存的玛雅建筑，几乎都是木制结构，所以有很多专家、学者提出“玛雅人消失是因为过度砍伐森林而遭到自然界报复”这种猜测。
这种猜想有一定的依据。
对玛雅有一定了解的人都知道，玛雅人有着非常复杂的宗教体系，以至于他们的建筑、艺术、生活都与宗教息息相关。他们的城市以金字塔和神庙为中心。所以，玛雅人未消失之前，几乎不停息地在修建各种金字塔或者庙宇。
而金字塔和庙宇修建需要占有大片空地，这在灌木丛茂密的地区，只能通过砍伐森林达到。此外，玛雅人喜好石料建筑，尤其习惯于用白石灰来粉刷外墙。这些白石灰，只能是通过大量木柴燃烧制造。因此，他们开始大肆砍伐森林。
随着城市规模不断扩大，金字塔修建日益增高，对木柴的需求量就会越来越大。玛雅人只能更大规模地砍伐森林，从而导致了森林砍伐殆尽，当地环境恶化，自然灾害频繁发生。
这种推测，看起来似乎合理，其实也存在很多的纰漏。
首先，根据证据表明，玛雅人有很高的天文历法知识。他们既然能了解、预测到遥远的天文现象，例如地球、太阳、月亮，金星等运行规律，那么对于近在咫尺的地球，他们了解的应该更多。况且，他们对于地球南北磁极之类的高深地理知识都有了解，怎么可能对于普通生态系统这种简单地理问题不明白呢？
其次，既然是砍伐森林过度，生态破坏造成了玛雅人的毁灭，那么，为何如今这片地带的生态依然保持着良好的居住环境？现代人发明的高科技，对于环境的污染，生态的破坏并不比古人弱，为何居住在那里的现代人就没有灭亡呢？那些被破坏的生态什么时候恢复的？
再说，中国向来有一句俗语“活要见人，死要见尸”。玛雅人既然因为地球的愤怒被扔掷到了另一个世界，那为何没有一点点生命留下的迹象？地球母亲就这么憎恨这群可恶的人类，非要毁尸灭迹不成？
玛雅人，或许曾经是过度砍伐了森林，惹怒了自然，但罪不知死。
（4）气候变化而被旱死的玛雅人
随着人们对于生态、气候等问题的关注，越来越多的专家、学者开始支持“玛雅人神秘消失是因为气候急剧变化造成的”这种说法。
这种说法最先由理查德森 吉尔提出，之后，被人们不断研究推崇。
2001年，佛罗里达大学的大卫 霍德尔领导一个研究小组，在墨西哥找到了自然的地质记录。通过对尤卡坦半岛中央湖底沉淀物进行分析，研究小组得到2000多年来气候的大致变化趋势：这个地区大约每隔206年就会发生干旱。
