清儒戴东原曾指出，宋、明理学的影响养成一班愚陋无用的理学先生，高谈天理人欲之辨，自以为体认得天理，其实只是意见；自以为意见不出于自私自利便是天理，其实只是刚愎自用的我见。理是客观的事物的条理，须用虚心的态度和精密的方法，方才寻得出。不但科学家如此，侦探访案，老吏折狱，都是一样的。古来的“清官”，如包拯之流，所以能永久传诵人口，并不是因为他们清廉不要钱，乃是因为他们的头脑子清楚明白，能细心考查事实，能判断狱讼，替百姓伸冤理枉。如果“清官”只靠清廉，国家何不塑几个泥像，雕几个木偶，岂不更能绝对不要钱吗？一班迂腐的官吏自信不要钱便可以对上帝、质鬼神了，完全不讲求那些搜求证据、研究事实、判断是非的法子与手段，完全信任他们自己的意见，武断事情，固执成见，所以“小则杀人，大则误国”。
（《〈老残游记〉序》）
格物致知
《大学》的方法论，最重要的是“致知在格物”五个字。程子、朱子一派的解说是：
“所谓‘致知在格物’者，言欲致吾之知，在即物而穷其理也。盖人心之灵莫不有知，而天下之物莫不有理。惟于理有未穷，故其知有不尽也。是以大学始教，必使学者即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣。”（《朱子补大学》第五章）
这一种“格物”说便是程、朱一派的方法论。这里面有几点很可注意。（1）他们把“格”字作“至”字解，朱子用的“即”字，也是“到”的意思。“即物而穷其理”，是自己去到事物上寻出物的道理来。这便是归纳的精神。（2）“即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之，以求至乎其极。”这是很伟大的希望。科学的目的，也不过如此。小程子也说：“语其大至天地之高厚，语其小至一物之所以然，学者皆当理会。”倘宋代的学者真能抱着这个目的做去，也许做出一些科学的成绩。
但是这种方法何以没有科学的成绩呢？这也有种种原因。（1）科学的工具器械不够用。（2）没有科学应用的需要。科学虽不专为实用，但实用是科学发展的一个绝大原因。小程子临死时说，“道著用，便不是”，这种绝对非功用说，如何能使科学有发达的动机？（3）他们既不讲实用，又不能有纯粹的爱真理的态度。他们口说“致知”，但他们所希望的，并不是这个物的理和那个物的理，乃是一种最后的绝对真理。小程子说：“今日格一件，明日格一件，积习既多，然后脱然有贯通处。”又说：“自一身之中，至万物之理，但理会得多，自然豁然有觉悟处。”朱子上文说的“至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”，这都可证宋儒虽然说“今日格一事，明日格一事”，但他们的目的并不在今日明日格的这一事。他们所希望的是那“一旦豁然贯通”的绝对的智慧。这是科学的反面。科学所求的知识正是这物那物的道理，并不妄想那最后的无上智慧。丢了具体的物理，去求那“一旦豁然贯通”的大彻大悟，决没有科学。
再论这方法本身也有一个大缺点。科学方法的两个重要部分，一是假设，一是实验。没有假设，便用不着实验。宋儒讲格物全不注重假设。如小程子说：“致知在格物，物来则知起。物各付物，不役其知，则意诚不动。”天下那有“不役其知”的格物？这是受了《乐记》和《淮南子》所说“人生而静，天之性也；感于物而动，性之欲也”那种知识论的毒。“不役其知”的格物，是完全被动的观察，没有假设的解释，也不用实验的证明。这种格物如何能有科学的发明？
（《清代学者的治学方法》）
训诂与义理
阮元纂辑《经籍纂诂》，更把一切古训诂都搜集排列，看作有同等的参考作用。搜集古训诂来作治古书的根据，这是清儒的一个基本方法。迷信《说文》固是可笑；但轻视古训诂而空谈义理，更是可笑了。方东树最爱谈义理，但他自己实在不曾明白他所谓“义理”是什么东西。义理应该分两层说：一是古经的意义，一是后人的见解。清代学者略有点历史的眼光，故能指出宋儒用主观见解来说古经的毛病。我们也应该认清楚：治古书是要依据古训诂的，古训诂有不完全之处，我们应该用精密的归纳比较，求出古书的意义。我们不可认后人的主观见解为古书的义理。方东树的根本毛病即在于误认宋儒的义理为“直与孔曾思孟无二”。这种完全缺乏历史眼光的成见是不配批评清儒的方法的。
（《戴东原的哲学》）
佛法的把戏
我是研究历史的人，在我的眼里，一切学术思想都是史料而已。佛法只是人类的某一部分在某时代倡出的思想和信仰；科学也只是人类的某一部分在某时代研究出来的学术思想。这两项材料在人类历史上各有其相当的地位，但我们治历史的人没有把他们拉拢来做“搭题八股”的必要。
其实信仰佛法的人，也大可以不必枉费心力来做这种搭题文章。……科学家自有他的立场，并不靠这一二偶合之点为他增高身价。他在实验室里研究元子、电子、素子，并不因为古希腊有过元子论便增加他的信仰，也并不因为古印度有过极微论便取消他眼前的研究。他至多不过说：“很难得，古人没有我们的设备，居然敢提出这样大胆的假设！”
