儒家传统里一个很可注意的特点是有意奖励独立思想，鼓励怀疑。孔子说到他的最高才的弟子颜回，曾这样说：“回也，非助我者也，于吾言无所不说（悦）。”然而他又说过：“吾与回言终日，不违如愚。退而省其私，亦足以发。”孔子分明不喜欢那些对他说的话样样都满意的听话弟子。他要奖励他们怀疑，奖励他们提出反对意见。这个怀疑问题的精神到了孟子最表现得明白了。他公然说：“尽信《书》不如无《书》。”公然说他看《武成》一篇只“取其二三策”。孟子又认为要懂得《诗经》必须先有一个自由独立的态度。
孔子有一句极有名的格言是：“学而不思则罔，思而不学则殆。”他说到他自己：“吾尝终日不食，终夜不寝，以思，无益，不如学也。”“学如不及，犹恐失之。”“朝闻道，夕死可矣。”这正是中国的“苏格拉底传统”。
知识上的诚实是这个传统的一个紧要部分。孔子对一个弟子说：“由，诲女（汝）知之乎？知之为知之，不知为不知；是知也。”又有次，这个弟子问怎样对待鬼神，孔子说：“未能事人，焉能事鬼？”这个弟子接着问到死，孔子说：“未知生焉知死？”这并不是回避问题，这是教训一个人对于不真正懂得的事要保持知识上的诚实。这种对于死和鬼神的存疑态度，对后代中国的思想发生了持久不衰的影响。这也是中国的“苏格拉底传统”。
（《中国哲学里的科学精神与方法》）
朱熹
朱子真正是受了孔子的“苏格拉底传统”的影响，所以立下了一套关于研究探索的精神、方法、步骤的原则。他说：“大抵义理须是且虚心随他本文正意看”，“只虚此心，将古人语言放前面，看他意思倒杀向何处去”。怎样才是虚心呢？他又说：“须是退步看。”“愈向前愈看得不分晓，不若退步却看得审。大概病在执着，不肯放下。正如听讼，心先有主张乙底的意思，便只甲的不是，先有主张甲的意思，便只见乙的不是。不若姑置甲乙之说，徐徐观之，方能辨其曲直。横渠（张载，1020—1077）云，‘濯去旧见，以来新意。’此说甚当。若不濯去旧见，何处得新意来？”
十一世纪的新儒家常说到怀疑在思想上的重要。张横渠说“在可疑而不疑者，不曾学。学则须疑”。朱子有校勘、训诂工作的丰富经验，所以能从“疑”的观念推演出一种更实用更有建设性的方法论。他懂得怀疑是不会自己生出来的，是要有了一种困惑疑难的情境才会发生的。他说：“某向时与朋友说读书，也教他去思索，求所疑，近方见得只是且恁地虚心，就上面熟读，久之自有所得亦自有疑处。盖熟读后，自有窒碍不通处，是自然有疑，方好较量。”“读书无疑者须教有疑，有疑者却要无疑，到这里方是长进。”
到了一种情境，有几个发生互相冲突的说法同时要人相信，要人接受，也会发生疑惑。朱子说他读《论语》曾遇到“一样事被诸先生说成数样”，他所以“便着疑”。怎样解决疑惑呢？他说：“只有虚心。”“看得一件是，未可便以为是，且顿放一所，又穷他语，相次看得，多相比并，自然透得。”陆象山（1139—1193）是朱子的朋友，也是他的哲学上的对手。朱子在给象山的一封信里又用法官审案的例说：“（如）治狱者当公其心……不可先以己意之向背为主，然后可以审听两造之辞，旁求参伍之验，而终得其曲直之当耳。”
朱子所说的话归结起来是这样一套解决怀疑的方法：第一步是提出一个假设的解决方法，然后寻求更多的实例或证据来作比较，来检验这个假设，——这原是一个“未可便以为是”的假设，朱子有时叫做“权立疑义”。总而言之，怀疑和解除怀疑的方法只是假设和求证。
朱子对他的弟子们说：“诸公所以读书无长进，缘不会疑。某虽看至没紧要的事物，亦须致疑。才疑，便须理会得彻头。”
