“尊王攘夷”口号的提出宣告了日本近代史的到来。这一口号的意思就是阻止外国染指日本，让日本回复到天皇和将军实施“双重统治”以前的10世纪的黄金时代的状态。京都的天皇宫廷是极反动的。在保皇派的支持者看来，他们的胜利就是羞辱与驱逐外国人，就是恢复日本的传统生活方式，就是剥夺“改革派”在政治上的发言权。日本最强大的“外样大名”，扮演了倒幕先锋这一角色。他们想通过王政复古取代德川家族统治日本，他们只要求换一下当权者。农民只要求多留一点儿收成但是他们讨厌“改革”。武士希望保持他们的俸禄，并且希望在战场上建功立业。资助保皇派军队的商人们希望推行重商主义，却从未觉得封建制度有什么不好。
倒幕势力取得了胜利，1868年保皇派结束了“双重统治”的局面。当时的西方人认为胜利者将实施一种极其保守的孤立主义政策，然而从一开始这个政权就执行相反的一种政策。新政权上台不到一年，就取消了各藩大名的征税权。政府把农民交的租税中本来归大名的部分据为己有。作为补偿，政府发给每个大名相当于其正常收入一半的俸禄，同时政府还免除了大名供养其武士和承担公共工程的费用。武士和大名一样向政府领取俸禄维生。在此后5年中，又从法律上废除了等级间的不平等。这些措施包括：废除了等级与阶级差别的标记和服饰——甚至必须剪掉发辫；解放了贱民阶级；撤销了禁止土地转让的法律；撤除了各地的关卡；取消了佛教的国教地位。1878年，又把大名及武士的俸禄折合成公债，分5年乃至15年付清。各人所得公债数额则按每个人在德川时代所领取的固定俸禄而定，他们可以用这笔钱开办新式工业企业。在德川时代，工商业主和封建土地贵族的联合就已经很明显了，现在的这些措施只不过是试图预防这种现象的最后一招。
新生的明治政府所推行的一系列重大改革很不得人心。当时的人们对1871～1873年间的侵朝计划的热情远远大过对新政的热情。明治政府坚定改革方针的同时还彻底否决了侵朝计划。绝大多数为明治政府奋斗过的人对这一结果深感失望，以至于在1877年西乡隆盛领导这些人组织了一场大规模的反政府叛乱。他的军队代表保皇派保存封建制度的一切愿望，而明治政府从建立第一年就背叛了这种愿望。政府召募了一支平民组成的义勇军，战胜了西乡隆盛的军队。不过，这次战争足以表明明治政府推行新政的过程有多艰难。
农民的不满是同样明显的，至少190次农民起义充斥在1868年至1878年这明治的头10年中。直到1877年新政府才开始采取一些减轻农民沉重租税负担的措施，所以农民完全有理由认为政府忽略了他们。此外，农民还反对开办学校、征兵制度、丈量土地、剃发令以及给贱民以平等待遇，他们也反对官方限制佛教、改用公历以及其他许多改变他们生活方式的措施。
