他的大成就有两个方向：第一，他常常对人讲论怀疑在思想和研究上的重要，——这怀疑只是“权立疑义”，不是一个目的，而是一个要克服的疑难境地，一个要解决的恼人问题，一个要好好对付的挑战。第二，他有勇气把这个怀疑和解除怀疑的方法应用到儒家的重要经典上，因此开了一个经学的新时代，这个新经学要到他死后几百年才达到极盛的地步。
他没有写一部《尚书》的注解，但他对《尚书》的研究却有划时代的贡献，因为他有大勇气怀疑《尚书》里所谓“古文”二十五篇的真伪。这二十五篇本来分明是汉朝的经学家没有见到的，大概公元四世纪才出来，到了七世纪才成为《尚书》的整体的一部分。汉朝博士正式承认的二十八篇（实在是29篇）原是公元前二世纪一个年老的伏生（他亲身经历公元前213年的焚书）口传下来，写成了当时的“今文”。
朱子一开始提出来的就是一个大疑问：“孔壁所出《尚书》……皆平易，伏生所传者难读。如何伏生偏记得难的，至于易的全记不得？此不可晓。”[61]
《朱子语类》记载他对每一个问《尚书》的学生都说到这个疑问。“凡易读者皆古文，……却是伏生记得者难读。”[62]朱子并没有公然说古文经是后来人伪造的，他只是要他的弟子们注意这个难解的文字上的差别。他也曾提出一种很温和的解释，说那些篇难读的大概代表实际上告戒百姓的说话，那些篇容易读的是史官修改过的，甚至于重写过的文字。
这样一个温和的说法自然不能消除疑问；那个疑问一提出来就要存在下去，要在以后几百年里消耗经学家的精神。
一百年之后，元朝（1297～1368）的吴澄接受了朱子的挑战，寻得了一个合理的结论，认为那些篇所谓“古文”不是真正的《尚书》的一部分，而是很晚出的伪书。因此吴澄作《书纂言》，只承认二十八篇“今文”，不承认二十五篇“古文”。
到了十六世纪，又有一位学者梅，也来研究这个问题。他在一五四三年出了一部书，证明《尚书》的“古文”部分是四世纪的一个作者假造的，那个作者分明是从若干种提到那些篇“佚”书的篇名的古书里找到许多文字，用作造假的根据。梅费了力气查出伪《尚书》的一些要紧文字的来源。
然而还要等到十七世纪又出来一个更大的学者阎若璩（1636～1704），才能够给朱子在十二世纪提出的关于《古文尚书》的疑惑定案。阎若璩花了三十多年功夫写成一部大著作《尚书古文疏证》，他凭着过人的记忆力和广博的书本知识，几乎找到《古文尚书》每一句的来源，并且指出了作伪书的人如何错引了原文或误解了原文的意义，才断定这些篇是有心伪造的。总算起来，阎若璩为证明这件作伪，举了一百多条证据。他的见解虽然大受当时的保守派学者的攻击，我们现在总已承认阎若璩定了一个铁案，是可以使人心服了。我们总已承认：在一部儒家重要经典里，有差不多半部，也曾被当作神圣的文字有一千年之久，竟不能不被判定是后人假造的了。
而这件可算得重大的知识上的革命不能不说是我们的哲人朱子的功绩，因为他在十二世纪已表示了一种大胆的怀疑，提出了一个很有意思的，只是他自己的工夫还不够解答的问题。
朱子对《易经》的意见更要大胆，大胆到在过去七百年里没有人敢接受，没有人能继续推求。
他出了一部《周易本文》，又有一本小书《易本义启蒙》。他还留下不少关于《易经》的书信和谈话记录。[63]
