他在这几个月里，实地试验了朱子的《家礼》，深深感觉宋儒有些地方不近人情，又碰了这一个大激刺，使他不能不回想他十余年来做的理学工夫。他自己说，他最得力于这一年的居丧时期，哀毁庐中，废业几年。忽知予不宜承重，哀稍杀。既不读书，又不接人，坐卧地炕，猛一冷眼，觉程朱气质之说大不及孟子性善之旨。因徐按其学，原非孔子之旧。是以……《存性》《存学》之说，为后二千年先儒救参杂之小失，为前二千年圣贤揭晦没之本原。……（《存学编》三，2)
他三十五岁（1669）著《存性编》，又著《存学编》，后来随时有所增加，但他的思想的大旨都在这两书之中。
三十五岁至五十七岁为在乡里讲学时期。五十七岁（1691），他南游河南，数月后回家。这一次出游，使他反对理学的宗旨更坚决了。他说：
予未南游时，尚有将就程朱，附之圣门支派之意。自一南游，见人人禅子，家家虚文，直与孔门敌对；必破一分程朱，始入一分孔孟，——乃定以为孔孟与程朱判然两途，不愿作道统中乡愿矣！
（《年谱》下，17)
他六十二岁时曾主教肥乡漳南书院，他定下书院规模，略如下图：
不幸那一年漳水大涨，书院都没在水里。他叹曰，“天也！”遂辞归。他死时七十岁。
他的学派，人称为“颜氏学派”；又称为“颜李学派”，因为他的弟子李塨（刚主，生1659，死1733）颇能继续颜元的学派，传授于南北；颜元的名誉不大；李塨与方苞、毛奇龄等往来，传授的弟子也有很出名的（如程廷祚），故颜李并称。
颜元与李塨的著作有《颜李遗书》，《畿辅丛书》本。
《颜李全书》，北京四存学会本。
中国的哲学家之中，颜元可算是真正从农民阶级里出来的。他的思想是从乱离里经验出来的，从生活里阅历过来的。他是个农夫，又是个医生，这两种职业都是注重实习的，故他的思想以“习”字为主脑。他自己改号习斋，可见他的宗旨所在。他说：
仆妄谓性命之理不可讲也，虽讲，人亦不能听也，虽听，人亦不能醒也，虽醒，人亦不能行也。所可得而共讲之，共醒之，共行之者，性命之作用，如诗书六艺而已。即诗书六艺，亦非徒列坐讲听。要唯一讲即教习。习至难处来问，方再与讲。讲之功有限，习之功无已。……人之岁月精神有限；诵说中度一日，便习行中错一日；纸墨上多一分，便身世上少一分。……（《存学编》一，2)
所以他的《存学编》的宗旨只是要人明白“道不在诗书章句，学不在颖悟诵读，而期如孔门博文约礼，身实学之身实习之，终身不懈”。
学习什么呢？《尚书》里的六府：金，木，水，火，土，谷。
三事：正德，利用，厚生。
还有《周礼》里的三物：六德，——智，仁，圣，义，忠，和。
六行，——孝，友，睦，姻，任，恤。
六艺，——礼，乐，射，御，书，数。
这都是应学习的“物”，“格物”便是实地学习这些实物格字如“手格猛兽”之格，格便是“犯手去做”。
这些六府六艺似乎太粗浅，故宋明儒者鄙薄不为，偏要高谈性命之理。这正是魔道。颜元说：
学之亡也，亡其粗也。愿由粗以会其精。政之亡也，亡其迹也。愿崇迹以行其义。（《年谱》）
这真是重要的发明。宋明儒者不甘淡薄，要同禅宗和尚争玄斗妙，故走上空虚的死路。救弊之道只在挽回风气，叫人注重那粗的，浅的实迹。颜元又说：
孔子则只教人习事。迨见理于事，则已彻上彻下矣。（《存学编》）
宋儒的大病只是能静坐而不习事。朱子叙述他的先生李侗的生平，曾有一句话说：
先生居处有常，不作费力事。
这句话引起了颜元的大反对。颜元说：
只“不作费力事”五字，……将有宋大儒皆状出矣。子路问政，子曰，“先之，劳之。”
天下事皆吾儒分内事。儒者不费力，谁费力乎？……夫讲读著述以明理，静坐主敬以养性，不肯作一费力事，虽曰口谈仁义，称述孔孟，其与释老之相去也几何？
（《存学编》二，13)
