他积极调兵，又请日意格雇来洋匠在台湾安平修筑了巨大炮台，基隆、澎湖等地也加筑炮台。马尾船厂这几年建造的“扬武”“飞云”“万年清”等十多艘兵舰全部调来台海。又请日意格出面租借外轮，从大陆运来当时中国最精锐的陆军——淮军，清军渐成绝对优势。而这时日军后勤补给困难，师老兵疲，士兵思乡厌战。到七月疾病开始流行，每天运来之兵不抵送回之病号。侵台高峰时士兵、民夫四千六百人，病死者达五百六十人。随着时间的推移，对日方愈加不利。沈又托日意格物色到一艘丹麦铁甲船，并交了定金，清军更如虎添翼。
当时中日的军力对比，日并不比我强多少。日本是一八六七年开始明治维新的，到一八七七年内战结束，前后十年才正式完成。它也曾经历了闭关锁国，被西方欺侮，订立不平等条约等和中国一样的过程。而这十年也正是中国觉醒，大办洋务自强的十年。历史巧合，一八六七年日本颁布维新令，这年中国马尾船厂开工、洋学堂开学。中日两国同时睁开眼向西方学习，在图强路上赛跑。但是，双方文化背景不同，一个是谦谦君子，学习是为了自卫；一个是海盗本性，学习是为了扩张。而明治维新除了发展工业外，在体制上还埋下了天皇制和军国主义的种子。李鸿章评价日人，“其外貌恭谨，性情狙诈深险，变幻百端，与西洋迥异”，“日人情同无赖，武勇自矜，深知中国虚实，乃敢下此险着”。日本看准了中国官场的腐败、偷安、避战，如狼伺羊，不咬一口，总觉吃亏。
这时候沈葆桢的头脑最清醒。他认为，最好的办法是当其未成气候之时，猛击一棒，打断脊梁，灭其野心，一除后患。他的计划是，在台湾一举歼灭侵台日军，然后我舰队在琉球登陆，挥师长畸港，聚歼鹿儿岛舰队，迫敌订城下之盟。一战慑敌，使之数十年之内再不敢妄动。自古凡有战事，总会有投降派跳了出来，这时“各路劝勿开仗之信，纷至沓来”。沈一边应付日本人的侵略，一边还得应付国内投降派的掣肘。枪杆子、笔杆子，他一手提枪对日备战，一手握笔与投降派论战。他说“倭备日顿，倭情渐怯”，“倭营貌为整暇，实有不可终日之势”，“虽勉强支持，决不能持久也”，“若欲速了而迁就之，恐愈迁就，愈葛藤矣”。“臣等汲汲于备战，非为台湾一战计，实为海疆全局计。愿国家勿惜目前之巨费，以杜后患于未形。”否则“急欲销兵，转成滋蔓”。正当沈葆桢秣马厉兵，要直捣黄龙之时，北京传来议和消息，清政府赔银五十万两，换取日本撤兵。侵略者未得到惩罚，志得意满，体面收兵。
从一八六六年沈葆桢接手办船政，到一八七四年十月日侵台罢兵。八年间，沈从无到有，打造了一支中国海军，在当时的世界上已进入十强之列。正因为有了这支海军，才镇住了日本的侵台野心。但正当他要挥起这把利剑，剁敌魔爪时，清政府议和了。一八七五年七月他遗憾地从台湾返回。
八年洋务，八年蓄势。功亏一篑，一朝放弃。臣子恨，恨难平。
沈葆桢郁郁不乐，回到了他的马尾船政衙门，猛抬头看到了柱子上手书的对联：
以一簧为始基，自古天下无难事
致九泽之新法，于今中国有圣人
新法已学到手，圣人却寸步难行。没有技术不行，只靠技术，政治不强也不行。日本是一个搬不走的坏邻居，中国失去了一次震慑恶邻的机会。而从此，日本渐渐坐大，野心更加膨胀，日后给中华民族造成的麻烦，如沈所言“愈迁就，愈葛藤”“急欲销兵，转成滋蔓”，一直葛藤不断，滋蔓了一百年。先是二十年后，一八九四年的甲午海战，中国大败。日本不忘在台败于沈的旧恨，立逼清政府割让台湾。一九三一年日又发动“九一八事变”，侵占了大半个中国，我艰苦抗战十四年，牺牲军民三千万。至今日还在东海寻衅、南湾挑事，一如当年。这国际关系就和人与人一样，你一回示软，人家欺侮你一百年。
壮士断臂，华丽转身求再生
