“万物皆种也，以不同形相禅”，这十一个字竟是一篇“物种由来”。他说万物本来同是一类，后来才渐渐的变成各种“不同形”的物类。却又并不是一起首就同时变成了各种物类。这些物类都是一代一代的进化出来的，所以说“以不同形相禅”。
这条学说可与《至乐篇》的末章参看。《至乐篇》说：
种有几（几读如字。《释文》居岂反，非也。郭注亦作几何之几解，亦非也），得水则为 。得水土之际，则为蛙翛之衣。生于陵屯，则为陵舄。陵舄得郁栖，则为乌足。乌足之根为蛴螬，其叶为胡蝶。胡蝶，胥也，化而为虫，生于灶下，其状若脱，其名为鸲掇。鸲掇千日，为鸟，其名为乾余骨。乾余骨之沫为斯弥，斯弥为食醯。颐辂生乎食醯。黄 兄生乎九猷，瞀芮生乎腐蠸。羊奚比乎不箰久竹，生青宁。青宁生程，程生马，马生人，人又反入于机。万物皆出于机，皆入于机。（此一节亦见《列子·天瑞篇》。惟《列子》文有误收后人注语之处，故更不可读。今但引《庄子》书文）
这一节，自古至今，无人能解。我也不敢说我懂得这段文字。但是其中有几个要点，不可轻易放过。（一）“种有几”的几字，决不作几何的几字解。当作几微的几字解。《易·系辞传》说：“几者，动之微，吉（凶）之先见者也。”正是这个几字。几字从 ， 字从 ，本像生物胞胎之形。我以为此处的几字是指物种最初时代的种子，也可叫做元子。（二）这些种子，得着水，便变成了一种微生物，细如断丝，故名为 。到了水土交界之际，便又成了一种下等生物，叫做蛙 之衣（司马彪云：“物根在水土际，布在水中。就水上视之不见，按之可得。如张绵在水中。楚人谓之蛙 之衣”）。
到了陆地上，便变成了一种陆生的生物，叫做陵舄。自此以后，一层一层的进化，一直进到最高等的人类。
这节文字所举的植物动物的名字，如今虽不可细考了，但是这个中坚理论，是显而易见，毫无可疑的。
（三）这一节的末三句所用三个“机”字，皆当作“几”，即是上文“种有几”的几字。若这字不是承着上文来的，何必说“人又反入于机”呢。用“又”字和“反”字，可见这一句是回照“种有几”一句的。《易·系辞传》“极深而研几”一句，据《释文》一本几作机。可见几字误作机，是常有的事。从这个极微细的“几”一步一步的“以不同形相禅”，直到人类；
人死了，还腐化成微细的“几”：所以说：“万物皆出于几，皆入于几。”
这就是《寓言篇》所说“始卒若环，莫得其伦”了。这都是天然的变化，所以叫做“天均”。
这种生物进化论，说万物进化，都是自生自化，并无主宰。所以《齐物论》借影子作比喻。影说：“吾有待而然者耶？吾所待又有待而然者耶？”郭象说这一段最痛快。他说：
世或谓罔两待景，景待形，形待造物者。请问夫造物者，有耶？无耶？无也，则胡能造物哉？有也，则不足以物众形。故明乎众形之自物，而后始可与言造物耳。……故造物者无主，而物各自造。物各自造而无所待焉，此天地之正也。故彼我相因，形景俱生，虽复玄合，而非待也。明斯理也，将使万物各返所宗于体中而不待乎外。外无所谢而内无所矜，是以诱焉皆生而不知所以生；同焉皆得而不知所以得也。……
《知北游》篇也说：
有先天地生者，物邪？物物者非物，物出不得先物也。犹其有物也。“犹其有物也”无已（适按非物下疑脱一耶字）。
西方宗教家往往用因果律来证明上帝之说。以为有因必有果，有果必有因。
从甲果推到乙因，从乙果又推到丙因，……如此类推，必有一个“最后之因”。那最后之因便是万物主宰的上帝。不信上帝的人，也用这因果律来驳他道：
