1413年，当明成祖之世，贵州之地，始列为布政司。其后水西的安氏，水东的宋氏，播州的杨氏（水西、水东，系分辖贵阳附近新土司的。播州，今遵义县），亦屡烦兵力，然后戡定。而广西桂林的古田、平乐的府江、浔州的大藤峡、梧州的岑溪，明朝亦费掉很大的兵力。
云南地方，自唐时，大理独立为国。到元朝才把他灭掉。其时云南的学校，还不知崇祀孔子，而崇祀晋朝的王羲之，货币则所用的是海。全省大都用土官，就正印是流官的，亦必以土官为之副。
但自元朝创立土司制度以来，而我族所以管理西南诸族的，又进一步。其制：异族酋长归顺的，我都授以某某司的名目，如宣慰司、招讨司之类，此之谓土司。有反叛、虐民、或自相攻击的，则用政治手腕或兵力戡定，改派中国人治理其地，此之谓改土归流。明朝一朝，西南诸省，逐渐改流的不少，政治势力和人民的拓殖，都大有进步。所以到明末，已可用为抗敌的根据地。
隆武帝亡后，明人立其弟聿鐭于广州，旋为叛将李成栋所破。神宗之孙桂王由榔即位肇庆，是为永历帝，亦为成栋所迫，退至桂林。清又使降将孔有德、尚可喜、耿仲明下湖南，金声桓下江西。声桓、成栋旋反正。明兵乘机复湖南，川南、川东亦来归附。
桂王一时曾有两广、云、贵、江西、湖南、四川七省之地，然声桓、成栋都系反覆之徒，并无能力，不久即败。湖南亦复失。清兵且进陷桂林。永历帝逃到南宁，遣使封张献忠的余党孙可望为秦王。可望虽不过流寇，然其军队久经战阵，战斗力毕竟要强些。可望乃使其党刘文秀攻四川，吴三桂败走汉中。李定国攻桂林，孔有德伏诛。清朝乃派洪承畴守长沙，尚可喜守广东，又派兵驻扎保宁，以守川北，无意于进取了。
而永历帝因可望跋扈，密召李定国，可望攻定国，大败，复降清。洪承畴因之请大举。1658年，清兵分三道入滇。定国扼北盘江力战，不能敌，乃奉永历帝走腾越，而伏精兵，大败清之追兵于高黎贡山。清兵乃还。定国旋奉永历帝入缅甸。1661年，吴三桂发大兵10万出边。缅甸人乃奉永历帝入三桂军。明年，被弑。明亡。
当永历帝入缅时，刘文秀已前卒。定国和其党白文选崎岖缅甸，欲图恢复，卒皆赍志以终。定国等虽初为寇盗，而其晚节能效忠于国家、民族如此，真可使洪承畴、吴三桂等一班人愧死了。
汉族在大陆上虽已无根据地，然天南片土，还有保存着上国的衣冠的，是为郑成功。郑成功为郑芝龙的儿子。芝龙本系海盗，受明招安的。清兵入闽时，芝龙阴行通款，以致隆武帝败亡。成功却不肯叛国，退据厦门，练兵造船为兴复之计。鲁王被清兵所袭，失去舟山，也是到厦门去依靠他的。
清兵入滇时。成功曾大举入江，直迫江宁。后从荷兰人之手，夺取台湾，务农，训兵，定法律，设学校，俨然独立国的规模。清朝平定西南，本来全靠降将之力，所以事定之后，清朝并不能直接统治。乃封尚可喜于广东，耿仲明之子继茂于福建，吴三桂于云南，是为三藩。三藩中，吴三桂功最高，兵亦最强。
1673年，尚可喜因年老，将兵事交给其儿子之信，反为所制，请求撤藩，清人许之。三桂和耿继茂的儿子耿精忠不自安，亦请撤藩，以觇朝意。时清世祖已死，子圣祖在位，年少气盛，独断许之，三桂遂叛清。耿、尚两藩亦相继举兵。清朝在西南，本无实力，三桂一举兵，而贵州、湖南、四川、广西俱下。但三桂暮气不振，既不能弃滇北上；想自出应援陕西响应的兵，又不及；徒据湖南，和清兵相持；耿、尚两藩，本来是反覆无常的，此时苦三桂征饷，又叛降清；三桂兵势遂日蹙。
1678年，三桂称帝于衡州。旋死，诸将乖离，其孙世璠，遂于1681年为清人所灭。清平定西南，已经出于意外了，如何再有余力，觊觎东南海外之地？所以清朝是时，已有和郑氏言和，听其不剃发，不易衣冠之意。但又有降将作祟。先是郑成功以1662年卒，子经袭，初和耿氏相攻，曾略得漳、泉之地。后并失厦门，退归台湾。其将施琅降清，清人用为提督。1681年，郑经卒，内部乖离。1683年，施琅渡海入台湾，郑氏亡。
