刘占成带领考古队员在重新开启的坑中测量出土陶俑（张天柱摄影并提供）
秦陵考古队在经过了8个月的风起云涌、大喜大悲之后，随着将军俑头案的爆发而宣布夭折。又经过了一阵喧哗与**，陕西省文物局从文物安全保卫方面考虑，同时也为了便于工作，报请国家文物局批准，将秦陵考古队的部分人员如王学理、屈鸿钧、程学华等人的组织人事关系留在省考古所，其他的人员从1988年10月起重新组成秦陵考古队，由袁仲一出任秦俑博物馆馆长兼考古队队长，吴永琪、张仲立、张占民担任副队长（后为刘占成），考古队直接隶属于秦俑博物馆领导。
这支新组建的考古队，经过一段时间的准备，于1989年春对已回填的三号兵马俑坑进行了第二次考古发掘清理。经过几个月的努力，发掘清理工作大功告成，除清理出66件陶俑和一辆战车外，还获得了许多重要资料，其中包括10多万字的文字记录和几千份图纸、照片和拓片等。这些考古资料对全面认识整个秦俑坑、完整地向人们展示秦俑坑的全貌发挥了重要作用。1989年9月27日，三号俑坑在隆重的仪式中宣告正式对外开放。
自1990年春开始，秦陵考古队又组织人员对一号坑东端前五方底部所留的考古遗存进行了细部清理。为了进一步给观众提供更多的展览内容，让游人更直接地感受秦俑坑整体气势的宏伟，考古队对原留的部分地层土台和探方间的预留隔梁进行了清理。就在这漫长的细部清理中，考古人员共处理各种遗迹400余处，提取入库文物约7760件。至1993年8月，一号坑发掘清理的考古工作暂告一个段落，工作重心转入二号坑。
由于此前所叙述的各种复杂的原因，兵马俑坑的发掘一直在发掘—停止、停止—发掘—再停止这个怪圈中打转。因而，在相当长的一段时间内，秦俑博物馆所展示给观众的只有三号坑和一号坑的部分兵马俑的雄姿，二号坑迟迟没有向观众开放，号称八千之众的兵马俑群，仍有大部分在短暂的面世之后又被迫重新埋入三尺黄土之下。那气势磅礴、恢宏雄壮的军阵；那奥妙无穷、深不可测的军事战略战术；那精美绝伦、盖世无双的整体雕塑艺术群，都无法让慕名而来的观众亲眼见到，也无法让研究者做更加深入的了解和全面的探究。种种原因和现象，给这里的考古工作者和管理工作者所带来的遗憾与前来观光的游客及不同学科的研究者是相同的。面对这诸多的遗憾，陕西方面为二号坑的再度发掘曾做出了不懈的努力。在经过中央和地方的一番漫长的关系调整、理顺后，1994年3月1日，经国家文物局批准，秦俑二号坑才得以发掘。
秦始皇陵园内外城遗迹分布平面示意图
为保证发掘工作的规范化、科学化，国家文物局专门成立了一个由国家文物局副局长黄景略为组长，徐萍芳、石兴邦、任式楠、胡继高等著名考古学家和文物保护专家为组员的专家组，具体对秦俑二号坑的发掘给予指导。
