前文已叙及，1978年秦陵钻探小分队曾在陵园西内外城之间，试掘过一座曲尺形的陪葬坑，从中发现了大量的马骨和原大的呈直立形的袖手陶俑。这一特殊的、和大批的跽坐俑组成的马厩坑有明显区别的新型陪葬坑，并没有引起发掘者和研究者的警觉，受当时思维习惯、学术眼光以及同类对比资料的制约，程学华与其他大多数学者都认为这座曲尺形的陪葬坑依然属于马厩坑，那直立袖手原大的陶俑，应是专门负责养马的饲养员，或者是管理饲养员的小官。这一看法对秦始皇陵园考古工作产生了深远的影响，此后凡是在陵园内外发现陪葬坑中有马骨和陶俑并存，不管陶俑是坐还是站，是袖手还是两手放入膝上，均将其看作马厩坑，并写于正式出版的考古发掘报告中。这次秦始皇陵考古队发掘的六号坑，当年程学华等考古学家之所以没有做深入勘察和进一步发掘，就是出于对马厩坑的界定，既然已经发掘了那么多马厩坑，其内涵基本上大同小异，这座坑发掘与不发掘，对学术研究来说并没有什么特别的意义，正是出于这样的考虑，这座陪葬坑才在地下安然地度过了20多年的时光。
修复后的文官俑
当秦始皇陵考古队对这座当年侥幸漏网的陪葬坑进一步勘探后，其透射出的文化内涵和信息，使青年考古学家段清波等眼前为之一亮的同时，也陷入了沉思。自1974年兵马俑坑发现之后，考古人员已在秦始皇陵周围发现了大小各异、内容不同的陪葬坑179座，在对这些陪葬坑实施勘探、试掘、发掘中，考古人员发现，只要面积稍大一点的坑几乎全部遭到了大火的焚烧，如已发掘的兵马俑坑、铜车马坑、石质铠甲坑、百戏俑坑、曲尺形马厩坑、陵园外的府藏坑等，均被大火焚烧过，其状惨不忍睹。而这次勘探的六号坑却有些意外，钻探人员没有发现其他陪葬坑常见的红烧土、木炭迹象，这意味着此坑没有遭到焚烧，这个奇特的现象不禁使考古人员发出这样的疑问：它为什么没有遭到焚烧？是否在此坑建成很短的时间内就被盗扰才幸免焚烧的劫难？关于其他那些陪葬坑被焚烧的原因，学术界一直存在着多种说法，那么这个没有被焚烧的陪葬坑，其原因又做何解释？是否可为被焚烧的陪葬坑的研究提供一些有价值的反证资料？这座陪葬坑距原封土南边沿仅为20米，其位置非同一般。如此显赫的位置，为什么要安排一座马厩坑？凡陶俑与马骨共同出土，是否就意味着全部是马厩坑，而当时搞那么多的马厩坑究竟意义何在？如果此处是马厩坑，秦始皇陵园陪葬坑的整体内容是否过于简单、呆板？如果不是马厩坑，那又是什么？面对过去形成的简单的逻辑推理结果，秦始皇陵考古队带着诸多疑问，决定对六号陪葬坑实施全面的发掘。
2000年7月12日，秦始皇陵考古队部分人员在副队长段清波的带领下，顶着酷暑，来到陵园南部的封土旁开始发掘。经过几个月的努力，发现并确认这座陪葬坑的建筑形制与此前在陵园内发现的石铠甲坑、百戏俑坑基本相同，均为地下坑道式土木结构。陪葬坑的四周筑有夯土二层台，二层台内侧嵌以厢板，坑底以夯筑处理地基，其上铺砌木地板，坑体上部用经过修整的扁平长方形棚木封闭，棚木之上覆盖芦席，芦席上面则是经粗夯处理的封土。整个陪葬坑由斜坡道和前、后室三部分组成，前后室东西错位，形成两个分藏不同埋藏物的相对独立的单元。前室以安置陶俑为主，后室则埋藏真马，出土时马的骨架尚存，只是有些凌乱。在斜坡道入口处和前后室，还分别出土了木车、铜钺、陶罐、盖弓帽、马具饰件等文物，这些文物的出土，为全面认识和深入研究秦始皇陵园的陵寝制度提供了重要的实物资料。
