吴三桂穷追李自成，一直追到永平。李自成将吴襄等人全部杀死，又回到京师。吴三桂凭着一股锐气，带领清军直达京师城下。李自成料知难以抵抗，就将抢来的金银熔铸成金饼。每个金饼大约有一千两，大约有几万枚金饼，用骡车装着，派兵先走。自己则在后面放了一把火，烧毁了宫阙。然后带领几十万贼兵，挟持着太子以及二王向西逃去。那时京城里已经无人把守，吴三桂带着大清摄政王径直入城。
吴三桂进了都城，别的事情一概不问，只是去找那爱姬陈圆圆。一时间找不到美人，又赶出西门，去追李自成。那时候，闯军已经走远，仓促间追赶不上，京中又传下旨意召他回去，吴三桂无可奈何，只好返回。沿途见四处张贴着告示，都是新朝安抚百姓的晓谕，他也无心顾及，只是挂念着那圆圆姑娘，一步一步挨到都城。复命之后返回府上，仍然四处打探陈圆圆的消息。这时，忽然有个小民送来一个美人。吴三桂一看，正是那朝思暮想的心上人，直是喜从天降，立即重赏了小民。自己带着陈圆圆来到上房，把酒谈心，格外恩爱。
原来陈圆圆骗李自成，说只要留下自己，就可以止住追兵。李自成信以为真，便将她留下。冥冥中自有天意，二人破镜重圆，吴三桂生平该有此艳福，清朝顺治皇帝也该入主中原。
清摄政王多尔衮下诏安抚百姓，又为明朝的怀宗皇帝、皇后发丧，再次改葬，建筑寝陵，就是袁贵妃和长公主也查出下落，赐了房子给她们住。袁贵妃没过多久便病逝了，长公主曾经许配给周世显，后来由顺治帝赐诏合婚，一年后去世。只有太子和永王、定王，始终下落不明，想必是被闯贼害死了。京城的百姓看到清军秋毫无犯，与闯贼迥然不同，都争先投附，交相称颂。明室的版图就这样送给了满清。顺治帝那时年方七岁，由多尔衮迎入关中，四平八稳地坐上了御座。清廷除了封赏满族功臣之外，特封吴三桂为平西王。之前投降清朝的汉臣，如孔有德、耿仲明、尚可喜、洪承畴等人也全部封王拜相，各有厚赏。
清军随后讨伐李自成。李自成已经窜到了西安，在潼关屯兵。清靖远大将军阿济格、定国大将军多铎分别率领吴三桂、孔有德等人两路夹攻，杀得李自成走投无路，东奔西窜。后来逃回到武昌，贼众已经散尽，只剩下几十个人跟着他来到九宫山。村民知道是大盗前来，一哄而上，你用锄，我用耜，砍死了独眼龙李自成，并抓住他的妻妾以及死党牛金星、刘宗敏等人，交给地方官一并处死。李岩遭到牛金星的诬陷，早已经被李自成杀死。李自成死后，清朝廷又命肃亲王豪格带着吴三桂攻向四川。张献忠当时正在西充屠城，匆忙中麾兵出战，不堪清军一扫。张献忠正要西逃，被清将雅布兰一箭射中额头，翻落马下。清军踊跃而上，一阵乱砍，将他剁成了肉酱。
