此时，新疆除伊犁外已经全部收复，战事也基本结束。这一段时间，左宗棠一直忙着制定保案，为立功的将士请功。
此事一了后，左宗棠又深思熟虑，为新疆建省的事上奏朝廷。他曾在力主继续西征的奏折中提出要把建省作为收复新疆之后长治久安的措施，但那次仅是一笔带过，这次他则要详细阐明缘由，并期望朝廷尽快采纳他的意见。
其实，新疆早在汉代就已隶属中国。乾隆年间，准噶尔叛乱，乾隆帝御驾亲征，于二十七年（公元1762年）平定叛乱。为了巩固在新疆的统治，朝廷开始实行军府制，设立总统伊犁等处将军，统领新疆全境，下辖乌鲁木齐都统及各城参赞大臣、办事大臣、领兵大臣，分驻新疆各地，又根据不同情况实行不同的管理制度。
巴里坤及乌鲁木齐地区，接近内地，汉人较多，实行郡县制，设立镇西府和迪化州，各辖几个县，上设镇迪道，隶属于甘肃省；在南北疆游牧地区和吐鲁番、哈密等地，实行札萨克制，由清政府所封的王公、贝勒、贝子、台吉进行世袭统治。在南疆农业区，则基本沿用原来的伯克制，各城设阿奇木伯克一员，下设各级伯克多人，分管各项事务，直接管理各族民众。
起初，军府制对稳定新疆十分有效，但后来问题越来越多，最主要的原因就是治兵之官多，理民之官少。无论将军还是参赞、领兵等大臣，都是统兵之官，民政事务在他们眼里往往无足轻重。而直接管理民政的是各级伯克，他们不但占有大量的土地，而且借官府的名义索取无度。实行札萨克制的地方，王公、贝勒、台吉也好不到哪里去。
当然，如果伊犁将军及驻各地的大臣们能够悉心筹划，也不是说一无可为，可这些满族贵族多是纨绔子弟，到新疆来就已经觉得吃了亏，所以比着贪污腐化，只知要粮要饷，不知理民为何事。当时伊犁将军是全国最大的肥缺，“不贪不沾，一年百万”的说法路人皆知。
左宗棠提出在新疆建省，主要就是为了改变“治兵之官多，理民之官少”的状况，削去各级伯克的权力，设置州县官员来直接掌理民政。现在新疆刚刚收复，正是削去伯克权力最好的时候。阿古柏人侵新疆后，正直的伯克不肯附逆，已经被杀的杀，逃的逃。而那些附逆的伯克，在官军收复新疆的时候，大部分都逃走了。既然没有多少伯克可用，正好让州县官员来亲理民政，这层用意他在奏折中已直接点明。
还有一层意思不能直接点明一就是改变由满人统治新疆的状况。左宗棠向来对满人不以为然，新疆变乱，除了军府制的问题外，他私下也认为这些满人无能也是重要的原因。
实行行省制后，地方当政者是总督、巡抚，而督抚却没有只用满人的说法。特别是洪杨之乱后，以曾国藩、左宗棠、李鸿章为代表的汉族势力迅速崛起，汉人督抚占了十之八九，新疆自然也可以用汉人。至于道府州县官员，那自然更可以用汉人。当然，也并不是汉人就多么高明，但总比只从八旗子弟中选派官员视野要开阔得多。
看到左宗棠的奏折，从军机大臣到慈禧，一眼就看出建立行省势必会削弱满人在新疆的权势，大家虽不点破，但都心知肚明。朝廷的办法就是先拖拖再说，于是军机处秉承慈禧的意思回复左宗棠：
新疆应否改设行省，事关重大，此时遽令内外臣工议奏，亦难确有定见。且伊犁尚未收复，新疆体制不宜变更。着左宗裳详细酌度，妥议章程，候旨定夺。当初俄人曾许诺，待乌鲁木齐、玛纳斯等城收复，即将伊犁交还。现新疆南北大部已经收复，宜早派人与俄驻伊部队商讨。伊犁将军金顺是职责所系，可令其速赴俄营，着左宗裳统筹熟虑，尽快回奏。
收复伊犁之事左宗棠早有考虑，他原意是派刘锦棠前往与俄人交涉，现在朝廷却点名要金顺来办这事，显然是想让满人分一些收复伊犁的功劳。他心知肚明，又没有合适的理由非刘锦棠去办不可，因此也只得同意朝廷的安排。
