不过，朝廷的算盘刚落实，新疆军务督办景廉和帮办金顺就为粮饷的事闹得不可开交了。原因是巴里坤生产条件较好，景廉在那里收购了几万石军粮，存粮十分充足。金顺率军千里迢迢赶过来，最缺的是军粮，景廉却不肯把粮食给他。两人轮番向朝廷密奏，彼此攻击，根本无法和衷共济。朝廷一怒之下，撤了景廉的钦差，任命穆图善为督办新疆军务的钦差。谁料穆图善还没出玉门关，所部就溃散了大半，余部则停滞不前。穆图善军前正法几人，没想到惹起了兵变，只有十几名亲信护着他狼狈逃了回来，几成光杆将军。
同治气得将穆图善的请罪折摔到地上，恭亲王等军机大臣们也无言以对。
“收复新疆看来只能起用左宗棠了。他手下几员大将能征善战，将帅之间配合默契，而且他素有大志，定能胜此大任。”文祥最后这样建议。
左宗棠收到朝廷任他为督办新疆军务钦差的上谕后，立即召集刘松山、王德榜等各路统领商议，决定两个月后首批部队出关，而后集结兵力，就可对乌鲁木齐发动进攻。被他收在军中的流亡之人听说大军要出关，个个欢天喜地，纷纷到行辕来打探消息。
出关并不难，将领勇兵都有准备，但难的是军饷。西征军饷主要靠东南各省协助，但除浙江、福建外，各省都打折扣，大军已欠饷六七个月。两个月后出关，至少得先准备一百万两银子。眼下如果坐等各省协饷，非误事不可。所以左宗棠一面飞檄催促沿海各省，一面上奏朝廷，要求户部先拨一百万两，以便大军尽快成行。可就在这时，东南沿海却出了一件大事一日本派军舰人侵了台湾。
明治天皇继位后，日本大力学习西洋各国，国力大增。他要效法西洋开拓殖民地，但向哪里开疆，向哪里拓土？他们便首先打起了台湾的主意。
因为台湾战事，东南沿海都紧张起来，沿海各省纷纷上折，要求筹巨款购军舰，加强海防。有的是真打算办海防，有的则不过是想借机推托西征协饷，各省的折子和左宗棠要求筹办出关军饷的折子先后到京。
台湾那边战事不知到何时了结，恐怕也是个无底洞。东南新疆都要银子，怎么办？户部的办法当然是先解燃眉之急，新疆已乱了多么年，也不急于一时，所以他们的意见是先顾东南，新疆暂缓。军机处也是这个意思，所以密谕左宗棠暂守原地，何时出关以后再说，至于军饷，当然只能缓缓再说。
左宗棠收到这份密谕后非常失望，但东南沿海事起仓促，不能不顾，因此他就劝慰众将以及眼巴巴盼着大军出关的当地人，面对失望的眼睛他也是于心不忍。
登陆台湾的日军不适应当地的气候，士兵患痢疾严重，死了好几百人。日军打又打不赢，守又守不住，只得派人到北京谈判。日本人非常急于结束战事，但表面上却不动声色，而且提出了很多过分的要求。当时与日本人谈判的是李鸿章，他怕战事扩大，日本会进攻天津，也急于签订和约。再加上有英美等国帮着日本说话，最后双方签订了《天津专条》，清廷不但赔偿了曰本五十万两银子，还承认日本进军台湾是保民义举。
《天津专条》签订后，总理衙门上奏《海防亟宜切筹武备必求实际疏》，建议加强海防建设。但加强海防要花银子，收复新疆也要花银子，怎么办？朝廷就把总理衙门的奏折发给封疆大吏们讨论。
大家立场不一，意见不同。有人主张一力收复新疆，但也有人主张停止西征，把银子省下来筹办东南海防。李鸿章的折子上得最晚，但是分量最重。
日本进攻台湾，最为紧张的就是他这位直隶总督。两次鸦片战争，洋人都是靠军舰封锁天津海岸，直接威胁京师，迫使朝廷就范。他坐镇直隶，却没有几艘可依赖的军舰，所以一直担心日本人也来这一手。他最希望停止西征，把银子拿来置办军舰。因此，他在奏折中道——
