与此同时，随着工农红军数量的快速增长，规范军队编制也被提上日程。1918年5月4日，工农红军成立了军区。同年夏，红军又成立了严密的统一编制的联合兵团，即由团、旅、师、军编制的联合兵团。10月底，红军扩大到80万人，开始编成集团军级和方面军级军团。至1919年秋，共组建7个方面军，每个方面军辖2—5个集团军。
第四，军队中还设有政治机构和党组织。
除军事机构外，工农红军中还设有政治机构和党组织。二者都可以看作俄共（布）在军队中的机构，是党领导军队原则的执行者。
政治委员制度起源于1918年。当时，为了粉碎外国武装干涉和国内叛乱，俄共（布）除了动员广大工农群众和共产党员参加军队外，还吸收了大量旧军官到军队中工作。在此情况下，为了对旧军官实行政治监督，巩固红军部队，红军建立了政治委员制度。政治委员在红军中的地位非常重要，是俄共（布）和苏维埃政权在军队中的代表。1919年3月，俄共（布）八大《关于军事问题的决议》指出：“政治委员在军队中不仅是苏维埃政权的直接代表，而且首先是我们党的精神”，要“使政治委员有实行纪律处分的权利（包括逮捕权）和交付审判的权利”[72]。
在中央机构，全俄军事政治委员局成立于1918年4月，它的任务是领导军队的全部政治生活，监督并指导政治委员的工作。次年4月，根据俄共（布）八大的决议，撤销了全俄军事政治委员局，成立了共和国革命军事委员会政治处，1919年5月更名为共和国革命军事委员会政治部。政治部由俄共（布）中央委员会的委员领导。在军、师和团等中层机构设立了政治部。1918年12月，共和国革命军事委员会颁布了成立政治部的命令，各战线军团中纷纷成立了政治部。政治部担任领导各部队中党的工作和政治方面的工作。各军团的政治部是共和国革命军事委员会的机构，而各师的政治部则隶属于师政治委员。1919年设立的团政委守则，进一步规定了部队工作中团一级政治机构的目的与任务。守则中指出，“团政委是本团政治上和精神上的领导者，是本团的物质利益和精神利益的第一个保卫者。如果说团长是全团的首脑，那么政治委员就应该是团的灵魂”[73]。同年10月，基层连队里设立了连政治指导员制度。
除政治机构外，工农红军中还设有各级党组织，在团级以上单位为党委员会，在团级及以下单位为党支部。俄共（布）中央委员会曾于1918年10月通过决议，解散军团和师团的党委员会，但1919年12月各政治部又恢复设立了党委员会。红军中的党支部最初由地方的党机关领导。[74]随着战线的延长和部队数量的增加，地方党组织已经无法保证对军队党支部进行有效的领导。因此，从1918年底起，红军党支部转归红军团政治处领导。党支部也只建在团一级。后来，由于部队中党员人数大增，连队中开始建立党支部。1919年12月间，苏维埃军队的各部队、各管理机构、机关、学校的党组织均以连（或相当于连队）的党支部为基础单位。
苏联红军中的党组织是在政委领导下开展工作的，它并没有领导和决定本单位重大问题的职权，主要作用就是通过自身的影响组织士兵，充当本部队首长的助手。1919年1月，俄共（布）曾颁布《对红军党支部的训令》规定：“党支部的首要任务之一就是要在部队中组成共产党员和同情共产主义者的坚强核心，它是士兵的组织者，是政治委员和指挥员在巩固高度军纪，提高部队战斗能力方面的忠实助手。”[75]后来，俄共（布）十大专门否定了让政治委员从属于有关支部的意见。
