在苏联共产党政治地位发生变化的过程中，苏联的最高权力机构也发生了变化。在苏联，名义上的最高权力机构是苏维埃代表大会。1924年的宪法规定，苏联最高权力机关是苏联苏维埃代表大会，代表大会闭幕期间的最高权力机关是由民族苏维埃和联盟苏维埃两院组成的苏联中央执行委员会，中央执行委员会在闭会期间的最高立法、执行和指挥机关是中央执行委员会主席团。不过，由于共产党及其最高领导人在国家政治生活中至高无上的地位和权力，最高苏维埃在很大程度上是将党的决议和领导人的指示变成法律的工具，很难起到最高权力机关的作用。所以，戈尔巴乔夫政治改革首先就从改变最高权力机关的地位开始。在1988年10月召开的最高苏维埃第十一届非常代表会议上当选最高苏维埃主席团主席之后，戈尔巴乔夫提出要“重建苏维埃”和“苏维埃成为全权中心”。正是在他的推动下，12月，最高苏维埃第十二次会议通过了《关于修改和补充苏联宪法（根本法）的法律》，对苏维埃体制做了重大的修改。根据新宪法的规定，苏联国家的最高权力机关体制，由苏联人民代表大会、苏联最高苏维埃、苏联最高苏维埃主席团和苏联最高苏维埃主席团主席四级组成，取代原有的苏联最高苏维埃和最高苏维埃主席团两级。人民代表大会代替了最高苏维埃，成为国家的最高权力机关，拥有解决国家重要问题，如宪法问题、政治问题、经济问题和社会问题的全权。相比之下，最高苏维埃则成了人民代表会议的常设的立法、发布命令和监督的机构。
与选举制度、政党制度转变一样，苏联国家元首体制从形式上的集体元首而实际上的总书记转向了总统制。
十月革命之后，1918年宪法以及后来1924年、1936年宪法都规定，中央和地方的全部政权归苏维埃，这是苏联实行的集体元首体制的基础。然而，在苏联的实际政治生活中，从20世纪20年代中期起，最高苏维埃及其主席团在整个权力体系中的地位只是名义上的和象征性的，苏联共产党实际上充当着国家权力的最基本、最主要的承担者，直接决定着国家的各种事务。各级党委会是各级权力机关的核心，而中央总书记又是党的核心。所以，苏联采取的实际体制是以总书记为主的个人元首体制。为了突出总书记个人的地位和作用，苏联政府的主要职务也都由总书记担任。1941年5月，斯大林任人民委员会（1946年改称部长会议）主席，6月任国防委员会主席。这样，苏联党、政、军大权都集于一个人身上。斯大林去世后，总书记改称第一书记。赫鲁晓夫先是当上第一书记，后于1958年兼任部长会议主席。勃列日涅夫1964年接任苏联共产党第一书记之职，1966年又恢复总书记的称呼，1977年兼任苏联最高苏维埃主席团主席。戈尔巴乔夫1985年出任总书记，1988年又出任苏联最高苏维埃主席团主席。
戈尔巴乔夫执政初期，苏联的一些法学家和政治学家就公开提出，要研究西方的三权分立学说，以便从中吸取有用的成分，但这样的主张当时并没有得到响应。在苏联实行了人民代表苏维埃制度和戈尔巴乔夫担任了苏联最高苏维埃主席之后，总书记的权限开始向最高苏维埃分权和转移。不久，戈尔巴乔夫又进一步提出，要在苏联建立一个新的国家和社会管理体制的思想，而叶利钦以及著名的持不同政见者萨哈罗夫等人更是直接提出要在苏联实行总统制。[3]与此同时，戈尔巴乔夫还陆续派出一些团体公开地或秘密地前往美国、法国等地考察西方的议会制和总统制，一些学者和戈尔巴乔夫的顾问们也纷纷发表文章，论证在苏联实行总统制的必要性。经过一段时间的酝酿，在苏联共产党中央1990年的二月全会上，戈尔巴乔夫首次公开提出在苏联设立总统制的建议，要求给予总统一切必要的权力以便将改革的政策付诸实施。中央二月全会结束后，戈尔巴乔夫主持召开的苏联最高苏维埃主席团会议一致赞同“在苏联建立民主总统制政权”，决定马上召开苏联最高苏维埃会议和苏联第三次非常人民代表大会，以便正式决定实行总统制。3月12—15日，苏联第三次非常人民代表大会召开。大会以1817票赞成、133票反对、61票弃权通过了《关于设立总统职位和苏联宪法（根本法）修改补充法》。
这次非常代表大会还通过了在这次大会上选举苏联总统的议案，由300多人组成的联盟议员团推举戈尔巴乔夫、雷日科夫和巴卡京作为总统的候选人。但是，雷日科夫和巴卡京先后宣布退出竞选。戈尔巴乔夫实际上就成了唯一的总统候选人，代表大会以1702票赞同、156票反对、36票弃权确认了戈尔巴乔夫为第一任苏联总统候选人的资格。14日深夜，出席大会的人民代表进行了选举苏联总统的秘密投票，戈尔巴乔夫以1329票赞成、495票反对、313票弃权或无效当选为苏联历史上第一位总统。从总书记到总统，不仅仅是最高权力的代名词的变化，还是国家元首体制以及通过这种元首体制所反映出的政治制度的深刻变化。
