对其信徒们的审判开始了，所有人都被判处或长或短的刑期。对博里的审判在他缺席的情况下开始，并持续了两年之久。1661年，他因使用巫术与提倡异端邪说被判处死刑，罗马的刽子手焚烧了他的肖像。
与此同时，博里却逃过了宗教裁判所的制裁，在瑞士过着平静的生活。后来，他去了斯特拉斯堡，试着在那里生活。因其宗教性言论与伟大炼金术士的身份，他在当地受到热烈欢迎。但他认为自己的雄才伟略无法在此小地方施展，因此同年，他前往更富裕的城市阿姆斯特丹。他在那里租了一幢华丽的房子，组织了一支连最富有的商人也相形见绌的马车队，还获得了“阁下”的称呼。他如何能长时间过着富裕生活的秘密无人知晓，只有炼金行家们可以用他们的方式轻易给出解释。有理智的人则猜测他可能是通过不正当的手段。回想他的那些不幸的米兰教徒，其中不乏富有人士；根据教规，入会时他们必须放弃全部财产，并将其交给创始人。不管他以何种手段获取财富，他在荷兰都极尽奢靡，并且被人们尊敬与崇拜着。他曾展示过几次治疗技术，并大获赞誉，被人们视为了不起的人物。他继续努力研究炼金术，并相信总有一天自己会发现将贱金属变成金子的方法。即便在穷困潦倒之时，他也没有失去这个希望。但他的渴望为他带来了愚蠢的开销，而他也不可能靠从意大利赚来的财富坐吃山空下去。承诺将带来无尽财富的贤者之石无法缓解当下的饥饿。曾有几个月，他被迫节衣缩食，放弃了豪华大宅、镀金马车、昂贵名马、穿着制服的仆人和奢华的游乐。徒步走来施展医术的他，其治疗效果也似乎不若他乘着六匹马拉的马车，顶着“阁下”头衔来到贫民家中的时候了。他从大人物变成了普通人，那些好朋友对他渐趋冷淡，以往跟在后头阿谀奉承的人也改去崇拜其他人。博里意识到，是时候换地方了。于是他尽自己所能到处借钱，以帮助发现长生药为借口，向一名叫德米尔（DeMeer）的商人借了二十万弗罗林。他还假装自己可以在不伤害钻石一分一毫的情况下移除钻石中的杂质，并因此获得六颗价值不菲的钻石。趁着夜色他偷偷带着这些战利品逃往汉堡。
抵达汉堡后，他认识了瑞典前女王克里斯蒂娜。他请人将自己介绍给对方，并请求她赞助自己在贤者之石方面的研究。克里斯蒂娜给予他一些奖赏，但博里害怕如果继续待在这里，那名荷兰商人在汉堡的朋友会揭发他的罪行，因此又去了哥本哈根，并请求丹麦国王弗雷德里克三世的保护。
这位国王是炼金术的忠实拥戴者，想获得金钱的他认真听取口才与能力出众的冒险者的计划。他给予博里进行实验所需的资源，并时时关心他的进度。国王每个月都在期待着发财并买下秘鲁，而不断失败的博里也以各种借口来搪塞国王，国王虽然失望却还是耐心地接受了。他对博里非常有信心，并经常替他反驳大臣出于忌妒的攻击，大臣们只能心痛地看着自己的君主被这样一个骗子摆弄。博里用尽各种方法救自己的场。有时，他在医学方面的知识也能派上用场，让他不至于丢脸。就这样，他在弗雷德里克的王宫里住了六年，直到国王于1670年过世，他才因不受保护而离开了。
由于他在哥本哈根结识的仇敌多过朋友，而继位者更对他毫无兴趣，于是他决定到别的国家寻求庇护。他先到了萨克森，但那里对他感兴趣的人不多，加上宗教裁判所的威胁，因此他只待了几个月就离开了。待在听命于教皇的国家里，除了受到迫害，并无任何好处，因此他决定搬到土耳其，并成为伊斯兰教徒。在前往君士坦丁堡的途中，他抵达了匈牙利边境，因被怀疑与纳道什迪和弗兰吉帕尼伯爵刚被揭穿的阴谋有关而遭逮捕。尽管他透露了自己的真名与职业，却依然无法证明清白。他被关进监狱，后被移送至利奥波德皇帝那里等候发落。他的幸运用光了。通知利奥波德皇帝的信件在一个非常不凑巧的时间点抵达。当时，教皇的使节正在与皇帝密谈，当他听到约翰·弗朗西斯·博里的名字时，便立刻要求将此人关进罗马宗教裁判所的大牢里。这个要求被获准了。于是，博里便在士兵们的护送下，被五花大绑地送到罗马的宗教裁判所。与其说博里是一名宗教狂热者，不如说他是一个骗子，为求保命，他可以公开宣布放弃异端邪说。当被告知这个建议后，他便迫不及待地答应了。他的刑期只比终身监禁稍好一点，不过他只求能逃离刽子手的魔掌，为此付出什么代价都没关系了。1672年10月27日，他在罗马市民面前公开认罪。后来，他被送往圣天使堡的监狱，并在那里待了二十三年，直至死亡。有人说，在他生命的晚期，他曾得到许多特权：被准许拥有自己的图书馆，并以研究贤者之石打发监狱中的孤独。克里斯蒂娜女王在罗马时，曾数次拜访这位老人，和他谈论化学与玫瑰十字会教派的教义。女王甚至获得准许，可以让博里离开监狱，到她的地方暂住一两天，而她则负责把博里送回监狱。她鼓励博里继续搜寻炼金术的伟大秘密，并向他提供所需的金钱。我们可以说博里从她身上得到了许多好处，但这位女王除了一些经验一无所获。我们也不能确定她是否真的有得到什么宝贵的经验，但直到临死前，她依旧对贤者之石的存在深信不疑，且愿意协助任何有热诚或脸皮够厚的冒险者。
在博里被关了十一年后，一本由他写的小册子在科隆发行，名为《约翰·弗朗西斯·博里展示柜之钥》（TheKeyoftheCabinetoftheChevalierJosephFrancisBorri）。这本书完整揭露了玫瑰十字会的哲学，并被维拉尔修道院院长作为《加巴利伯爵》（CountdeGabalis）这本有趣的书（在17世纪引起风潮）的取材样本。
博里在圣天使堡的监狱中苟延残喘，直到1695年过世，享年八十。除了1666年在哥本哈根指导弗雷德里克三世时完成的《展示柜之钥》，他还出版了一本与炼金术和秘密科学有关的著作《罗慕路斯(36)对罗马的使命》（TheMissionofRomulustotheRomans）。
