红运当头的二人享受着因邪恶勾当而得到的丰厚奖赏，而报应此时却以一种意外的形式现身。两人间因忌妒与不信任，频繁爆发激烈的冲突，这让迪经常担心内情会曝光。凯利认为自己比迪要伟大（大概是以谁比较无耻来衡量的吧），因此非常不满迪总是能得到大部分的赞誉与报酬。他经常威胁说要离开迪，而渐渐沦为凯利小帮手的迪，对于同伴可能的离去惶惶不安，并担心自己在这个世界上可能再也遇不到如此有智慧的人。在他迷信的脑袋里，凯利如此狂妄，必定是因为他经常与天使交流让他有了能力和底气。当他们之间的争吵越来越激烈且频繁时，迪向伊丽莎白女王写信，以确保如果凯利真的离开他，他回到英格兰还是能得到最好的待遇。他还随信附上一块银子，佯称这是他从暖床炉上切下来的铜块炼成的。后来，他更是将整个炉子寄给女王，希望能说服她相信这块银子确实来自这个铜炉。尽管做好了最坏的打算，他还是最希望留在对他非常好也非常信赖他的罗森伯格伯爵这里。凯利也并不反对留在这里，但他心里还藏有一条天大的诡计，而他也正准备实施这条诡计。
凯利的妻子其貌不扬且性情暴躁，而迪的妻子美丽又讨人喜欢。长久以来，他一直在想怎么做才能在不激起迪的愤怒或引起道德争端下与之交换伴侣。这件事非常困难，但对于像凯利这种内心卑劣且品行不正的人来说，事情虽难却绝非无法攻克。他仔细观察迪的个性与缺点，并据此拟订计划。后来，当他们在和灵体进行交流时，凯利对灵体传递的话语表现出明显的震惊，并拒绝告诉迪他听到的内容。在迪的坚持下，凯利说了，说他们两人从此以后要共享妻子。迪对此感到震惊，询问灵体会不会是指别的意思，而不是要他们一起生活。凯利又试了一次，并显得很不情愿地说灵体坚持说就是字面的意思。可怜又痴狂的迪屈服在灵体的意志下，而凯利在此时故意表现出忸怩的态度，他宣称这些灵体一定不是好的灵魂，而是魔鬼，并拒绝再度与他们沟通。接着，他准备离开，说自己再也不回来了。
迪因此陷入心疼与悲伤的情绪中。他不知道该找谁接任凯利与灵体对话，最后他想到自己八岁的儿子亚瑟。他通过盛大的仪式将这项圣职交给儿子，并向孩子灌输自己即将进行的工作是如何的神圣与了不起，但这可怜的男孩没有想象力，没有信仰，更不像凯利那般诡计多端。他热切地望着水晶，却什么也没看到，什么也没听到。最后，在他眼睛酸到不行时，他说自己隐约看到模糊的影子，不过也就仅此而已。迪陷入了绝望。这场骗局已经进行了这么久，他人生最快乐的一刻就是他幻想着与灵体第一次对话，他诅咒让他与凯利分开的那一天。这些反应都和凯利预想的一样，在认为这位博士沉浸在悲伤之中足够久之后，他毫无预警地回来了，并在亚瑟徒劳地试着在水晶中分辨出情景的时候进入房间。迪在自己的记录中，以“从天而降的财富”和“神圣的命运”称呼此事，并继续写下凯利一进入房间，立刻在水晶中看到灵体，而亚瑟却依旧什么也没看见。其中一个灵体继续宣称，他们必须共享妻子。凯利同意了，而迪也在“谦逊的态度下”同意了。
这便是迪这位可怜虫最悲惨的境遇。在这种情况下，他们继续一起生活了三到四个月，直到新的争执出现，他们再次分开。这一次，他们永远地分开了。凯利拿着自己在格拉斯顿博修道院中找到的长生药前往布拉格，却忘记自己之前被驱逐的事。他一抵达布拉格，鲁道夫二世立刻派人捉拿他，并将他关进监狱。几个月后，他获释了，随后到德意志过了几年的流浪生活，有时替人算命，有时假装炼金。不久，他被指控为异端且使用巫术，再次入狱，于是他认定只有回到英格兰才能确保自身的安全。但他很快就发现这是痴心妄想，他再也出不去了。在1595年2月的一个暴风夜，他将自己的床单扭成绳索，试图从塔顶的牢房中逃出。但面对这样一个肥胖的男子，绳子很快就放弃坚持，因此他直接跌到地面。他摔断两根肋骨、两条腿，其他地方也严重受创，几天后不治而亡。
迪的荣华富贵则比凯利持续得久一些。他寄给伊丽莎白女王的铜炉还是起了一些效果。在凯利离开他后不久，他收到邀请他回英格兰的信件。而他那曾经被磨掉的骄傲再次膨胀，他与陪同的使节搭上从波西米亚出发的豪华列车。他从没解释过这些钱从哪里来的，不是从富有的波西米亚男子罗森伯格那里得到的，就是他掠夺来的。他与家人占据了三节旅客车厢，行李占了三节货运车厢。整列火车还由一支四匹马和二十四名士兵组成的护卫队保护。这些细节或许值得怀疑，但这些内容都是迪在由伊丽莎白任命的委员会前宣誓后所说的证词。在抵达英格兰后，迪获得了女王的召见，表现得相当亲切的女王要他潜心追求化学与哲学。依照伊丽莎白的逻辑，一名可以点石成金的男子想必不缺任何钱，因此她除了给予他赞许和保护，没有再赏赐他任何金钱。
对自己布的局没有发挥效果颇感意外的迪只好努力追求贤者之石。他不间断地守在熔炉、蒸馏器和坩埚旁，差点被那些有毒的烟雾熏死。他同时也向伟大的水晶咨询，但再没有灵体出现。他曾试着让一个叫巴塞洛谬的人担任凯利的角色，但这位男士相比之下为人太正直，又没什么幻想力，因此灵体不愿与他对话。接着，迪又找了一位冒牌哲学家希克曼，还是没什么收获。在那伟大的高级牧师离开后，水晶已经完全失去魔力。从那以后，迪再也无法通过水晶获得长生药或贤者之石的信息，而他的研究更是毫无结果，只是不断烧钱。很快，他变得非常泄气，并写了一封摇尾乞怜的信给女王，希望能摆脱现况。他说在他随拉斯基伯爵离开英格兰后，有恶徒闯进他在莫莱克的房子，控诉他是亡灵巫师，并毁坏了所有家具，将藏有四千册珍贵书籍的图书馆烧掉，更毁掉了博物馆中的所有化学仪器与珍宝。他认为国家应该赔偿这些损失，同时表示，他是在女王的要求下回到英格兰的，因此路费应该由女王承担。伊丽莎白分次送了少量的钱给他，但迪依旧不断抱怨，于是女王指派委员去调查他的情况。终于，他获得了一个小小的职位——圣保罗大教堂的院长。1595年，他用这个职位交换了曼彻斯特学院的院长职位。直到1602或1603年，当他感觉自己的身体与能力不足以承担教职后就辞职了。他回到自己在莫莱克的老房子，因入不敷出，便以算命师为职，赚取微薄的收入，并经常卖书以维持生活。他曾数度向詹姆斯一世请求帮忙，但都被拒绝。有人说国王唯一会赏给这位又老又穷的算命先生的东西，就是准许他乞讨。这样的说法或许有点贬低詹姆斯一世的人格，但没有人会因他无视约翰·迪这样的江湖术士而责怪他。迪于1608年过世，享年八十一岁，死后葬在莫莱克。
