等到中国大举进攻雅克萨的消息传到莫斯科的时候，俄国政府始知道黑龙江流域非西伯利亚可比：土人之后，尚有一个大帝国须对付，而这帝国决不让俄国占领黑龙江流域。究竟黑龙江一带的地理如何，俄国政府并不知道。与其出师于万里之外，来与一大邻国争一块可有可无的土地，不若和好了事，以图通商之发展。在中国方面，康熙帝素性不为已甚。三藩战役之后，中国亟须修养。且外蒙古尚有厄鲁特问题，其他部落亦未倾心向我，倘我与俄为已甚，则俄、外蒙古可相联以抗我。俄人军器的厉害及战斗精神的坚强，这是康熙帝所深知的。所以在出师之前，康熙帝对于军备是慎之又慎、以策万全的。外交虽已试过而未见效，康熙仍不绝望。所以他一面派朋春率师攻雅克萨，一面又致书于俄国政府，一封由传教士转递，一封由荷兰商人带去。俄国政府既已有言归于好之心，康熙帝的信正为外交的进行辟了大路。康熙二十五年（1686）九月，俄国要求停战的使者尼基弗尔·文纽科夫（NiceforVeniukov）及伊万·法沃罗夫（IvanFavorov）到北京，声明俄国愿与中国和好，且已派有全权大使在途。康熙帝即时下谕：“其令萨布素等撤回雅克萨之兵，收集一所，近战舰立营。并晓谕城内罗刹，听其出入，毋得妄行攘夺。俟俄罗斯使至后定议。”换言之，这是无条件的停战。
俄国所派的全权大臣是费耀多罗·亚历克塞耶维奇·戈洛文（TheodoreAlexievitchGolovin）。俄国政府于一六八六年初颁给戈洛文第一次的训令，根据此训令：边疆应以黑龙江为界；如不得已，可以拜斯特尔（Bystra）及精奇里二河为界；再不得已，则以雅克萨为界。但俄人须能在黑龙江及其支河通商，并且通商除纳关税外，不应有限制。如戈洛文能使中国派公使及商人到莫斯科更好。俄国政府派了一千五百兵同行，以备万一，且教戈洛文设法联络外蒙古，以助声势。戈洛文于一六八六年正月二十六日（俄历）在莫斯科起程，一六八七年（康熙二十六年）十月二十二日始抵贝加尔湖南外蒙古边境之色楞格。他在途中接到政府第二次训令：如通商能得便易，即全黑龙江流域，包括雅克萨，可认为中国领土；除非万不得已，绝不可引起战争；倘交涉失败，他可向中国提议双方再派公使从新协议。
喀尔喀土谢图汗把俄人抵境的消息报告给北京以后，康熙帝遂令在雅克萨的军队退瑷珲。次年年初，他派内大臣索额图、都统公国舅佟国纲、尚书阿尔尼、左都御史马齐、汉员二人——张鹏翻及钱良择——及护军统领马喇带八旗前锋兵二百、护军四百、火器营兵二百，往色楞格去交涉。代表团带有传教士二人——张诚（Jean-FrancoisGerbillon）及徐日升（ThomasPereira），以助翻译。索额图等遵旨预拟交涉大纲如下：
察俄罗斯所据尼布楚本系我茂明安部游牧之所，雅克萨系我达斡尔总管倍勒尔故墟：原非罗刹所有，亦非两界隙地也。况黑龙江最为扼要，未可轻忽视之。由黑龙江而下，可至松花江；由松花江而下，可至嫩江；南行可通库尔瀚江及乌拉、宁古塔、锡伯、科尔沁、索伦、达斡尔诸处。若向黑龙江口可达于海。又恒滚、牛满等江及精奇里江口俱合流于黑龙江。环江左右均系我属鄂伦春、奇勒尔、毕拉尔等民人及赫哲、飞牙喀所居之地。不尽取之，退民终不获安。臣以为尼布楚、雅克萨、黑龙江上下及通此江之一河一溪皆属我地，不可弃之于俄罗斯。又我之逃人根特木尔等三佐领及续逃一二人悉应索还。如一一遵行，即归彼逃人及大兵俘获招抚者，与之划疆分界，贸易往来；否则臣当即还，不与彼议和矣。
