八旗兵在战争中，完全暴露了其不堪一击的丑形，三音诺颜王策凌每战必胜，更使清朝引为北方未来的隐忧。自康熙五十六年与策妄构兵，十余年来，靡饷七千余万两，国库渐感艰难，雍正十二年，许策零议和。
乾隆十年，策零死，准部内乱。弘历用降酋阿睦尔撒纳为向导，二十年，清兵分北、西两路出击，杀准部大酋达瓦齐。二十一年，阿睦尔撒纳据准部叛。二十二年，清将军成衮札布从北路（乌里雅苏台）、将军兆惠从西路（巴里坤），乘准部内乱，诸部离散，长驱进占伊犁，阿睦尔撒纳逃入俄罗斯境，病死。清军屠杀准部人，深山荒野，无地不搜，小部落数十百户，也不让一人生存。准部盛时有户二十余万，人口六十余万，战败后，清军屠杀约十之五，疫死约十之二，逃入俄境约十之三。
（乙）新疆天山南路（回部）
天山南路居民信奉回教，因称为回部。清军占领准部，将军兆惠遣使招降诸回酋。回民数十万户拥酋长博罗尼都（大和卓木）、霍集占（小和卓木）抗清，只有库车、拜城、阿克苏三城的阿奇木伯克（官名）鄂对等走伊犁降兆惠。乾隆二十三年，兆惠率鄂对等攻回部。二十五年，兆惠军由乌什向喀什噶尔，富德军由和阗向叶尔羌，大小和卓木弃两城越葱岭西走，死。清尽有天山南北两路，称为新疆。设伊犁、塔尔巴哈台、乌鲁木齐、喀什噶尔四镇，将军驻伊犁。
清朝承认回民的宗教风俗，征收租税，依准噶尔旧额取二十分之一。更巧妙的统治术是禁止辫发，只有四品以上回官才允许薙头，作为一种恩典。
（丙）西藏
西藏在唐朝称为吐蕃。李世民贞观时代，赞普（王）弄赞笃信佛教，自印度迎僧侣入国都拉萨传教，用印度字制国文，全藏化成佛教国。僧侣称喇嘛，吐蕃语“无上”的意思。元世祖忽必烈尊吐蕃僧八思巴为国师，封大宝法王，掌全藏政教大权。法王得娶妻（普通喇嘛不得娶妻），后嗣称萨迦（释迦）胡图克图（转生、再世）。衣帽本印度旧式，色赤。明初，西宁僧宗喀巴创新教，禁娶妻，衣帽用黄色。因此喇嘛有红教、黄教两派。黄教在前藏盛行。红教据后藏与黄教对抗。朱见深成化十五年（一四七九年），宗喀巴死，有两大弟子并居拉萨，一名达赖喇嘛（自称观音化身），一名班禅喇嘛（自称金刚化身），继嗣宗喀巴教法，为黄教徒宗主，黄教禁娶妻生子，别创一嗣续法，声称达赖、班禅两喇嘛永远不死，示寂（死）后仍呼毕尔罕（转世、化身），住世济度众生。达赖三世名锁南嘉穆错，渐得蒙古诸部尊信，俺答汗迎锁南嘉穆错至青海，黄教大行。漠北诸部，奉宗喀巴第三弟子哲卜尊丹巴的后身为大胡图克图，居库伦，总管蒙古教务，地位比班禅低一等。
清初，达赖五世用亲信人桑结为第巴（代达赖管政治），招青海和硕特部固始汗击杀后藏红教护法酋长藏巴汗，红教徒逃往不丹及尼泊尔，班禅喇嘛自拉萨徙居札什伦布，统治后藏，自此达赖、班禅分主两藏。桑结又密约准噶尔部噶尔丹汗，攻入青海，和硕特驻军退出西藏，桑结得握全藏政权。康熙二十一年，达赖五世死，桑结权力更大，助喀尔丹反抗清朝的进攻。康熙五十九年，清兵入藏，立噶尔藏嘉穆错为第六世达赖。雍正三年，派驻藏大臣带四川陕西兵二千镇压藏民。乾隆十二年，废西藏贵族汗、王、贝子等称号，设四个噶布伦，分管政事，又增加驻防兵一千五百名。五十六年，又增驻防兵四千。驻藏大臣掌握西藏政权，与达赖、班禅立在对等的地位，凡任免噶布伦及土官，审查财政收支，春秋二季巡阅国境，都要驻藏大臣会同办理。
据乾隆二年理藩院统计，达赖所辖寺院三千零五十余所，喇嘛三十万二千五百余人，百姓十二万一千四百三十八户。班禅所辖寺院三百二十七所，喇嘛一万三千七百余人，百姓六千七百五十二户。
（丁）青海
