就在和朝廷讨价还价的同时，王守仁开始重新整编军队，以二十五人为一伍，两伍为一队，四队为一哨，两哨为一营，三营为一阵，两阵为一军，实行逐级负责制，又重新设计兵符的形制与使用规范，以收整齐划一、如臂使指之效。同时他奏请朝廷，在新近平定的地区置县设防，以免将来贼势复起。
如此规模的改制整编，从管理的角度看确实是很高明的手段。说它高明，倒不在于这个新的组织结构本身。
任何一个机构，只要时间久了，内部关系都会盘根错节，严重影响管理效率。一个锐意有为的新任管理者注定会面临这个问题，但解决起来麻烦很大，牵一发而动全局，尤其是岗位调动、职务升降之类的事情，总会伴随着无边的怨言和谣言。所以最有效的办法莫过于全部洗牌，重新来过，如此则一切人事问题都自然变成“对事不对人”了。
再者，虽然俗话说“养兵千日，用兵一时”，但兵不是一般的难养。人之常情，很难长时间一直保持紧张状态，机构也是如此，所以养兵不但耗时耗力，还往往越养便越涣散。我们看历朝历代“养兵千日”，越是承平日久，这一规律便体现得越是明显。商鞅曾经懵懂地意识到这个问题，而提出的对策毫无道德操守：“国力一强就应该出去侵略。”（《商君书·去强》）儒家阵营里的王夫之意识到养兵的弊端，认为用兵的关键就在于利用好以下三点：
1.士兵短时间内凝聚起来的士气。
2.士兵对作战习以为常的心态。
3.打仗则有利可图，不打仗则无利可图的形势。（《宋论》卷一）
我们看王守仁的做法完全暗合上述三点原则。
王守仁在前线积极备战，王琼则在后方积极为他免除一切后顾之忧。权力所在，总有人想要分一杯羹。既然王守仁有了提督军务的权力，江西的镇守太监毕真理所当然地提出监军的要求。面对这样一个“合理要求”，王琼提出了一个很中肯的反对意见：用兵最忌遥控；在南安、赣州一带用兵，却要事事去和远在南昌的镇守太监商议，这个仗就没法打了；只能说南昌有了危机时，南安、赣州可以派兵策应。
太监监军之事就这样在有惊无险中没了下文，接下来的一切就只看王守仁的手段了。
王守仁的策略是剿抚并用，先易后难。三大势力暂且放在一边，先从乐昌、龙川的各路叛军入手。为防浰头叛军乘间作乱，王守仁派人送去牛、酒、银、布，以示政府慰问。慰问总要有个名义，这正是宣传攻势得以施展的机会。这一回王守仁全用老百姓的语言，言谆谆，意切切，一副苦口婆心的态度：
本院巡抚是方，专以弭盗安民为职。莅任之始，即闻尔等积年流劫乡村，杀害良善，民之被害来告者，月无虚日。本欲即调大兵剿除尔等，随往福建督征漳寇，意待回军之日剿**巢穴。后因漳寇即平，纪验斩获功次七千六百有余，审知当时倡恶之贼不过四五十人，党恶之徒不过四千余众，其余多系一时被胁，不觉惨然兴哀。因念尔等巢穴之内，亦岂无胁从之人。况闻尔等亦多大家子弟，其间固有识达事势，颇知义理者。自吾至此，未尝遣一人抚谕尔等，岂可遽尔兴师剪灭；是亦近于不教而杀，异日吾终有憾于心。故今特遣人告谕尔等，勿自谓兵力之强，更有兵力强者，勿自谓巢穴之险，更有巢穴险者，今皆悉已诛灭无存。尔等岂不闻见？
