在科学发展史上，科学的自我批判不仅包括在既定的理论框架内对个别或部分概念、命题和原理的修正，而且包括伊姆雷·拉卡托斯所说的对“理论硬核”的修正。拉卡托斯提出，任何一个科学研究纲领都是由方法论的规则组成的。这些方法论规则从总体上可以分为两大部分：一部分规则是把研究所应避免的途径告诉人们，这就是所谓反面启发法；其他的规则又把研究所应遵循的途径告诉人们，这就是所谓正面启发法。纲领的反面启发法，最主要的就是关于不得摈弃或修正该纲领所依据的基本假定——“理论硬核”——的规定。所谓研究纲领的“理论硬核”，就是这个研究纲领的一系列相互联系的基本理论，由许多的辅助性假说和初始条件作为“保护带”而加以保护。比如，哥白尼的日心说的“理论硬核”是关于地球和其他行星沿着轨道环绕静止的太阳运行，牛顿物理学的“理论硬核”是他的运动定律和万有引力定律。
借用拉卡托斯关于“研究纲领”的“理论硬核”和“保护带”的区分，我们对两个层次的科学自我批判可以做这样的界说：如果科学的自我批判只是指向作为“保护带”的“辅助性假说”，那么，就仍然是以既有的“研究纲领”去思考问题和进行科学研究，还没有实现科学研究中的逻辑层次的跃迁，因而属于科学自我批判的第一个层次；如果科学的自我批判指向并修正了“理论硬核”，那么，就构成了“研究纲领”的转换，实现了科学研究中的逻辑层次的跃迁，它属于科学自我批判的第二个层次。这个层次的科学自我批判是对既有理论的逻辑前提的批判与变革，它具有科学革命的性质。
科学对既有理论逻辑前提的批判，就是对占有统治地位的或人们普遍认同的“公理”的挑战。在科学发展史上，日心说之于地心说，进化论之于创生论，非欧几何之于欧氏几何，相对论和量子物理学之于经典物理学，剩余价值学说之于古典政治经济学，科学社会主义之于空想社会主义，唯物史观之于唯心史观，都可以说是对“公理”的挑战，并以新的“公理”取代旧的“公理”（包括把旧公理作为新公理的特例而容含于新公理之中，如相对论和量子力学把经典物理学视为描述宏观物体低速运动的特例）。正因如此，科学的发展不仅是知识内容的增长，而且是理论思维方式的变革。
科学对逻辑前提的自我批判，以及由此而实现的“公理”转换，是科学的划时代变革的实质内容。它要求人们变革原有的理论思维方式，变革哲学的原有理论形态。因此恩格斯提出，“随着自然科学领域中每一个划时代的发现，唯物主义也必然要改变自己的形式”[20]。
但是，值得我们认真反思的是，科学的自我批判和科学的划时代发展，并不能直接地从哲学层面上引起理论思维方式的变革和哲学理论形态的转换。要实现这种变革和转换，还必须经过对科学前提的辩证法批判。
科学自身的逻辑前提批判，是以新的科学逻辑前提取代旧的科学逻辑前提，而不是对逻辑前提“本身”的反省；科学在自我前提批判中，它所关注的是实现逻辑前提的转换，而不是关注实现逻辑前提转换的思维方式的变革。这就是说，科学自我批判所指向的“前提”，仍然是作为具体科学理论或具体知识内容的前提，而不是思维何以能够与存在相统一的“理论思维的不自觉的和无条件的前提”。与此相反，辩证法对科学的前提批判，则是对蕴含于科学研究、科学理论和科学批判之中的理论思维前提的反思。它特别地关注并致力于揭示科学自我批判中所隐含的概念框架、解释原则、研究方式、价值观念和审美意识的变革与转换，从而更深刻地揭示理论思维前提的内在矛盾，通过这种对科学自我批判的批判，辩证法在哲学世界观的层次上概括出自己时代的科学精神及其内蕴的理论思维方式，并从而变革人类对人与世界相互关系的理解、塑造和引导新的时代精神。
（三）辩证法对科学的前提批判
