（二）科学的常识批判和自我批判
科学与常识不同，它在本质上是批判的。科学批判包括两个基本层次：一是经验常识批判，二是科学自我批判。
科学形成于经验常识批判。它在观察和实验的基础上，以理性抽象的形式构成关于经验对象的科学解释，说明或反驳经验常识，从而以科学概念取代常识概念、以科学原理取代常识信念，把形式逻辑推理的常识前提转换为科学前提。
知识的本质是对普遍性的寻求。常识作为知识，它是从个体经验中积淀出的共同经验。这种共同经验所具有的普遍性，只是经验的普遍性或普遍性的经验，而不是关于经验对象的普遍性原理。这种共同经验所具有的普遍性，只是经验共同体的日常活动模式，而不是关于这种活动模式的理论解释。最初的科学萌芽，则在于要求超越共同经验而获得对共同经验的解释，超越日常活动模式而形成说明这种模式的根据。这种要求的产物，就是把主要的东西同次要的东西区别开来，把有关系的东西同无关系的东西区别开来，把多样性的存在归结为单一性的存在，从而形成对共同经验的“概括”。这种“概括”出来的东西，就是作为解释性原理而存在的萌芽状态的科学知识。
解释性原理作为思维“抽象”、“概括”的产物，具有不可避免的“超验性”。这种超验的解释性原理是关于经验对象的本质规定的理论表达，它表现为各种特殊的科学概念的逻辑体系，并表现为运用和操作这些特殊的概念系统的科学思维方式。
科学概念的逻辑体系，是以各种首尾一贯、秩序井然的符号系统的概念框架来理解、描述和操作研究对象，并使这些符号系统本身成为自我理解的对象。在科学概念的逻辑体系中，虽然也使用诸如上下、大小、内外、强弱、冷热、快慢、高低、因果、时空、运动、发展、价值等各种常识概念，但是，它们作为特殊的科学概念框架中的概念，已经被赋予了各种不同的特殊的规定性，与常识所理解的这些概念往往是大相径庭的。科学改造了常识，科学超越了常识。
科学形成于常识批判，而科学的发展则表现为科学的自我批判。
科学的发展主要表现在两个方面：一是新的科学理论必须具有向上的兼容性，即能够对原有的科学理论做出更为合理的理论解释；二是新的科学理论应该具有论域的超越性，即能够提出和回答原有的科学理论所没有提出或没有解决的问题。前者属于原有逻辑层次上的理论的延伸、拓宽和深化，后者则要求突破原有的思维方式，实现逻辑层次的跃迁。与此相对应，科学的自我批判也具有两个基本层次。
任何一门科学在自身的历史发展过程中，总是出现当代科学哲学家拉里·劳丹所说的两类问题：经验问题和概念问题。所谓经验问题，即理论与经验的不一致、理论与经验的冲突问题。所谓概念问题，一是指理论内部出现的矛盾或基本概念的含混不清即“内部概念问题”，二是指某一理论与另一理论或另一种基本信念的相互冲突即“外部概念问题”。
在发生经验问题或概念问题的时候，科学的自我批判就是不可避免的了。对于经验问题，科学或是批判地检讨和修正既有理论以适应新发现的事实，或是批判地考察和解释新的事实以适应既有的理论。在科学的发展过程中，这两方面又往往是相互渗透和相互补充，从而达到既有理论的拓宽或深化。对于概念问题，科学或是通过调整和澄清原有的概念系统使之具有更强的逻辑自洽性，或是通过“科学范式”、“研究纲领”的转换而构成新的层次上的科学理论。
拓宽、深化既有理论，使既有理论增强逻辑的自洽性，这些属于科学自我批判的第一个层次。“科学范式”或“研究纲领”的转换，则属于科学自我批判的第二个层次。它所引起的是托马斯·库恩所说的“科学革命”。
