在“信仰与知识”的论文中，黑格尔阐发了康德、雅各比（Jacobi）和费希特的思想，并且试图在更高和更源初的统一中扬弃知识与信仰的对立；最后，在《精神现象学》的“启蒙与迷信之争”一章中，无论启蒙的知识，还是迷信的信仰，都在理性的绝对审判中遭到抛弃。因为，假如我们对上帝一无所知，只能信仰上帝，或者假如哲学的审判理性不能认识上帝或绝对，那么，除了启蒙的知识和迷信的信仰的僵硬对立之外，任何理性基础的信仰都不复存在。黑格尔宗教哲学的意图在于，想通过一种哲学的概念化宗教扬弃宗教表象的纯粹“肯定”形式。在宗教表象向概念的形式转换中，发生变化的不是基督教的本质内容，而是基督教的流俗形式（gewohnteForm）。哲学摆脱了流俗的表象形式；就此而言，从经验和历史的基督十字架死亡与复活中所形成的，恰恰是一个“思辨的耶稣受难节”（spekulativerKarfreitag），概念化的“上帝之死”，而且精神的自由正是在概念化的“上帝之死”中彰显出来。根据宗教向哲学的这种转换，黑格尔说，转换本身已经是“对上帝的真正事奉”，在自我揭示的同时，也揭示了基督教的精神。
伴随基督教学说向宗教哲学的这种转换，出现了两种不同的要素：哲学对基督教信仰的辩护，以及哲学同时对基督教信仰的批判。黑格尔用哲学的理性化概念来彰显并且扬弃基督教信仰，这种模棱性正是一切黑格尔左派后来进行宗教批判的依据。在黑格尔的哲学中，费尔巴哈看到了黑格尔最终的宏大企图——统一不可统一的东西：基督教神学与希腊哲学，普遍宗教与处于形而上学顶峰的无神论。最后，黑格尔左派分子鲍威尔在1841年发表了一篇论战文章：《对无神论者和敌基督者黑格尔的最后宣判书》。鲍威尔试图表明：黑格尔哲学中的论说不可能涉及《圣经》的身位上帝和活的上帝，而且同敌视教会的启蒙运动这种肤浅和公开的无神论相比，黑格尔对基督教的精神化是一种更危险的无神论。
正是因为尼采，哲学无神论问题出现了一种新的转向。尼采既不是启蒙意义上的自由精神（Freigeist），也不是宗教哲学家，而是已经成为自由的精神。这种精神在虚无的自由和虚无主义的自由最后终结时，追求一种新的约束。在自己青年时期的第一次危机中，尼采就呼唤过一个新的、“未知的上帝”。作为一种对立的登山训众，查拉图斯特拉的言说成为德国哲学史中攻击基督教的开端；这种攻击不能容忍任何形式的和解，不仅明确地反对宗教的表象形式，而且反对上帝本身、反对耶稣和保罗，反对已经完全沦为世界历史的基督教。尼采所希望的是一种“绝对诚实”的无神论，与此相应的是：“上帝死了”，超人正在出场。同时，绝对诚实的无神论意志也决定了尼采对德国哲学的批判：尼采批判德国哲学是一种半吊子、工于心计的神学。康德和费希特，谢林和黑格尔，还包括费尔巴哈和斯特劳斯，在尼采看来，都是“半吊子僧侣”和“教父”，他们的哲学都是一种堕落的新教形式。“只要我说哲学死于神学血液，人们马上就理解这是德国。新教僧侣是德国哲学的祖父，新教本身也是德国哲学的原罪……想要理解德国哲学在根本上是什么东西，只须吐出‘图宾根学派’的字眼——一种工于心计的神学。”
尼采洞悉了德国哲学的新教本质，相应地也敏锐把握了新教神学的哲学无神论本质。新教神学本身包含着科学的哲学无神论，但仅仅接受了后者的一半，因此是半吊子神学，半吊子哲学。随之，“新教的没落在理论和历史上都被理解成半吊子。天主教事实上的完全没落……”
