在沉思哲学基础的《第一哲学的沉思》中，笛卡尔从纯朴哲学意义上证明上帝的存在，也就是说，没有以任何信仰为前提。一种彻底的怀疑先行于上帝的证明，怀疑的范围涉及我思之在（cogitosum）、自我意识的绝对确定性之外的一切。根据这一出发点，受到质疑的不仅是整个物理世界，而且包括《圣经》中非此世和超世的上帝。不仅我们感知外部世界的感官可能欺骗我们，上帝很可能也是骗子，并且通过自己的全能导致这一后果：我们免不了受骗，即便我们肯定有一些东西是绝对确定的，譬如2+3=5——之所以是确定的，乃因为它可以证明：上帝绝对存在，而且不可能是骗子。一旦这两者都不确定，一切都要面临无法避免的怀疑。笛卡尔的上帝证明步骤如下：即使我们否认上帝存在，我们至少还是以一个上帝观念为前提。我们把上帝设想为一个完美的存在，不管能否有这样的东西。但是，作为不完美的存在，我们从哪儿获得这一不仅相对完美而且绝对完美的存在观念？我们不可能从可见的外在世界获得这个观念，因为在外在世界中找不到任何绝对完美的东西。绝对完美的观念也并非来自我们自身，因为我们是有限的存在，经常受到欺骗，怀疑自己，我们总是渴求并希望获得一个存在，因此绝对不是完美的。绝对完美的观念只能来自一个自身完美的存在。假如没有这一无限的存在创造了我，使我形成了完美的观念，我甚至不可能作为一个有限的存在者而存在。这位上帝不可能是骗子，欺骗和狡诈都是不完美的，况且一个完美的骗子的观念本身就是悖谬的。
这种上帝的哲学证明之无神论表现在：为了证明上帝，笛卡尔以一种彻底的怀疑为出发点，但由此获得的只是形式性的我思存在的自我确定。作为一位有自我意识的怀疑者，笛卡尔的思考不需要上帝并且反对上帝，随后，笛卡尔在其自我意识中发现了上帝的观念，并以此为出发点证明上帝的存在。同这个非信仰的出发点一致的是，笛卡尔把自己的证明献给索邦大学神学院；笛卡尔的理由在于：他的逻辑证明之所以有优势，恰恰因为它必然能够说服那些不信者。按照帕斯卡尔的鄙夷说法，笛卡尔的上帝是“哲学家的上帝”；因为帕斯卡尔知道，作为哲学家，笛卡尔想要回避对上帝的信仰。犹如后来的斯宾诺莎，笛卡尔根本没想到对《圣经》进行详细批判，但却以强烈批判的态度站在《圣经》权威的对立面；结果在同时代人中，笛卡尔关于上帝存在的无神论证明引发了形形色色的解释。
无论从基督教方面，还是从非基督教方面都可以证明：黑格尔哲学是一种哲学神学，同时也是一种神学哲学。他的基本概念“精神”，一方面如同亚里士多德的“奴斯”一样具有希腊色彩，另一方面又如同《约翰福音》的“逻各斯”一样具有《新约》色彩。在其早期著述中，黑格尔已经比较过基督教精神和希腊精神，试图从“活生生的爱之关系”概念中发展出精神的辩证运动。和爱一样，精神应该扬弃主体和客体的僵硬对立。
