● 佛教
元代最盛行的宗教是佛教，尤其是藏传佛教，忽必烈即位前，受戒于吐蕃高僧八思巴，即位后即尊八思巴为国师（授以王印，任中原法主，统天下教门），教高于其他佛教派别的地位由此确定。至元六年（1269年），八思巴制成蒙古新字，忽必烈升其号为帝师。此后遂成定制，元朝皇帝即位，必先受佛戒九次方正大宝。同时，帝师也成为元朝诸帝供奉的最高神职，被尊为皇天之下、万人之上的神圣职位。元朝帝师共十二人，都是来自西藏的高僧。其中多半出自八思巴一家，有的年仅十二岁便成为帝师。
帝师不仅在元廷享有极高的地位，而且作为全国佛教的最高领袖倍受尊崇。忽必烈曾把西藏十三万户封给第一任帝师八思巴作为供养地，使之成为西藏地区最高统治者。帝师往来于京城西藏，百官均隆重迎送。其在世时接受大量的布施、赠赏，死后赐金亦十分优厚。帝师的子弟、门徒也大多受封官号，享有极大的特权。元朝做佛事之频繁、规模之大、用度之巨都是十分罕见的。
至顺二年（1331年），元廷在全国设广教总管府十六所，统一管理佛事。总管府总管由僧人担任，其他官员由宣政院任命世俗官员担任。
这一时期寺院势力增大，出现了强占民田、私隐纳税户和巧夺民财等不法行为，为此，设此机构以对寺院进行限制。但由于该机构并未起到这些作用，所以到1334年又废除了，恢复了旧制。
● 全真教
全真教在金时成立，教主是王重阳，受到金统治者重视。
成吉思汗十四年（1219年），成吉思汗派使节邀请丘处机西行。丘处机率十八名弟子登程，经历十余国，行程万余里，于成吉思汗十六年（1221年）到雪山朝见了成吉思汗。成吉思汗问他长生之术，他对以“清心寡欲为要”，并劝告说：“欲一天下者，必在乎不嗜杀人。”希望成吉思汗以敬天爱民为本。这些劝告对减少蒙古军的杀戮多少起了些作用。成吉思汗称他为“丘神仙”，下诏由他管领天下道众，赐以虎符、玺书，免除全真道士的赋役。成吉思汗十八年（1223年），丘处机在成吉思汗派出的千骑护送下从漠北回到燕京。丘处机在燕京住于大天长观（太极宫，后改名长春宫），四方招揽徒众，人数大增。全真教达到极盛，成为北方最大的道教教派。
成吉思汗二十二年（1227年），丘处机去世。弟子尹志平、李志常、宋德方等嗣其教业。窝阔台汗九年（1237年），宋德方秉丘处机遗命整《道藏》，至乃马真皇后称制三年（1244年）完成，凡七千八百余卷，名之曰《玄都宝藏》。元世祖忽必烈在位期间，崇信佛教，全真道地位下降。蒙哥汗八年（1258年）、元世祖忽必烈至元十八年（1281年），道教徒两次在大都与佛教徒辩论失败，被迫焚毁部分经书。但总的来说，元朝统治者对全真道还是保护的。元世祖曾封丘处长为长春演道主教真人，刘处玄为长生辅化明德真人，谭处端为长真云水蕴德真人，马钰为丹阳抱一无为真人，郝大通为广宁通玄太古真人，王处一为玉阳体玄广慈普度真君，孙不二为清静渊真玄虚顺化元君。元武宗时，又加封丘处机为长春全道神化明应真君，刘处玄为长生辅化宗玄明德真人，马钰为丹阳抱一无为普化真君，郝大通为广宁通玄太古真君，王处一为玉阳体玄广慈普度真君。直到明清时期，全真道仍然是北方势力强大的道教教派。
▼全真派祖庭——陕西户县重阳宫
● 佛道之争
至元二十四年（1287年），佛道之争越演越烈。
佛道之争由来已久，曾有北魏太武帝实行灭佛政策及唐会昌法难。从蒙古国到元朝，先崇道而后佛行擅宠，其间经历了两次大辩论。
元太祖十七年（1222年）五月，应成吉思汗诏请，道教全真道北七真之一丘处机在大雪山（阿宣汗兴都库什山）晋见成吉思汗，极得赏识。成吉思汗命丘处机掌管天下道门，并免除全真道士的差役、赋税，全真道获得了较佛教更为优越的地位，道佛之间由此发生了剧烈的冲突。道教势力发展十分迅速，也引起蒙古统治者的疑忌。宪宗五年（1255年）和七年（1257年），分别在蒙哥大汗和忽必烈的主持下，进行了两次释道辩论，全真道士两次俱败，蒙哥汗诏令焚毁道藏伪经，并将一些全真道士削发为僧，道教的地位大大下降。
1286年4月，在大都发生了僧道双方聚众斗殴事件，当时正在上都的忽必烈下令杀了两个为头的道士，还有十名道士被割了耳鼻。5月，忽必烈又命释门诸僧与道教数门掌教及翰林文臣，会集长春宫，考证道藏经真伪，结果除《道德经》外，其余道家经典悉数被判为伪经。忽必烈遂下令焚毁除《道德经》外其余道家诸经。虽此令并未得到完全执行，但道家势力受到了严重打击。
● 基督教
泰定元年（1324年）2月，元廷宣谕“也里可温”各如教具戒。基督教齐思脱里派，传入中国以后称景教。9世纪中叶以后，由于唐朝政府的取缔，在内地趋于灭绝。但在西北的克烈、汪古等部中仍有大量教徒。元代早期文献沿用在中亚流行的波斯语，称齐思脱里教徒为“迭屑”，以后则常用“也里可温”指齐思脱里教及其教士、信徒等身份。元代汪古和唐兀人中，仍有大量的齐思脱里教徒，在内地也散居着一些教徒。
也里可温和佛教僧侣、道士一样，享有免除差役的优惠，可以建立其寺院和进行宗教活动。世祖至元二十六年（1289年）建立崇福司，掌也里可温教事务。分布在全国各地的也里可温掌教司，一度达到七十二所。
也里可温在正常条件下受到朝廷保护，但其在元代的地位不如佛教、道教显赫，在皇室成员中信徒很少。
至正二年（1342年）7月，教皇特使马黎诺里一行至上都。马黎诺里，意大利佛罗伦萨人。
至元二年（1336年），妥欢帖睦尔（惠宗）遣欧洲人安德烈一行十六人出使欧洲。使团带了元帝及元天主教徒给教皇的信，报告原大都主教孟特·戈维诺已死八年，请求教皇派新主教来主持教务。教皇伯涅狄克十二世钦侍元朝使者，并且派出马黎诺里等三十二人组成使团回访。使团历经钦察汗国、察合台汗国，抵达大都，向妥欢帖睦尔呈上教皇信件，同时献骏马一匹。在朝文人赋诗作画，周明作《天马图》，揭俟斯作《天马赋》，誉之为天马，轰动一时。
马黎诺里一行在大都留居约三年，然后由海道回国。至正十三年（1353年）抵阿维尼翁。后来，马黎诺里奉德皇卡尔四世之命令改修波希米亚编年史，将奉使元朝见闻编入此书中。
