在镇压农民军的进程中，元朝宿卫军、镇戍军消耗殆尽，募兵起家的察罕帖木儿父子、答失八都鲁父子、李思齐、张良弼等军阀成为元军主力。
至正十九年（1359年）年初，察罕帖木儿控制着关陕、荆襄、河洛、江淮、山西、河北等地，重兵屯驻于太行。而答失八都鲁之子孛罗帖木儿驻兵大同，在打败了龙凤政权的北伐军之后，萌生了南下争夺晋冀之心，与察罕集团发生冲突。拥护顺帝的御史大夫老的沙、翰林学士承旨秃鲁帖木儿等人支持孛罗帖木儿，而皇太子、搠思监、朴不花则支持察罕帖木儿父子。
至正二十年（1360年）六月，诏命察罕帖木儿与孛罗帖木儿毋得互相侵犯防区。八月，朝廷以石岭关（今山西忻县、阳曲之间）为界划分双方防区，孛罗帖木儿守关北，察罕帖木儿守关南。孛罗帖木儿置之不理，派兵越关直逼冀宁（今山西太原市）。孛罗军围城三日，无功而退屯交城。察罕帖木儿派参政阎奉先率部抵抗。九月，朝廷出面为两家讲和，双方各自退回防区。然而，十月朝廷又下诏调孛罗帖木儿守冀宁，察罕帖木儿拒不交防，指挥部下击败孛罗帖木儿军。十一月，两军对峙于汾州（今山西汾阳）。次年正月，朝廷再次出面调解，双方各自罢兵还镇。到九月，又命孛罗帖木儿在保定以东、河间以南屯田。
至正二十二年（1362年）三月，诏命孛罗帖木儿为中书省第一平章，节制张良弼部。同月，李思齐部进攻张良弼，在武功中伏大败。六月，察罕帖木儿在益都被刺，其子扩廓帖木儿代领其众，继续围攻益都，孛罗帖木儿趁机侵占扩廓帖木儿的地盘。不久，扩廓帖木儿攻占真定路（治今河北正定）和益都，杀死守将田丰、王士诚等人，为父报仇。接着分兵攻占山东各地。
至正二十三年（1363年）二月，扩廓帖木儿率兵回河南，并派部将貊高率兵进攻陕西的张良弼。六月，孛罗帖木儿奉诏南下镇压襄汉地区的起义军，但扩廓帖木儿的军队布防于关中和河南，不肯让开道路。于是，孛罗帖木儿一面请求皇帝下诏要扩廓帖木儿退出潼关以西，一面派竹贞偷袭并占领了奉元（今陕西西安市）。扩廓帖木儿见陕西省治所失守，便派貊高配合李思齐反攻奉元，竹贞投降。八月，扩廓帖木儿指挥所部进攻孛罗帖木儿，孛罗帖木儿则派兵再攻冀宁，并大败于石岭关，从此一蹶不振。年底，朝中太子一派得势，御史大夫老的沙、知院秃坚帖木儿等逃往大同，躲在孛罗帖木儿军中。太子多次派人索取，孛罗帖木儿置之不理。
至正二十四年（1364年）三月，下诏剥夺孛罗帖木儿兵权和官爵，孛罗帖木儿拒不从命。四月初一，下诏扩廓帖木儿讨伐孛罗帖木儿。孛罗帖木儿见扩廓帖木儿声势浩大，不敢与之争锋，转而进攻大都。初二，孛罗帖木儿派秃坚帖木儿率兵攻大都，并在皇后店击溃知院也速等人的部队，皇太子率侍从逃出大都，东走古北口。十二日，秃坚帖木儿兵至清河，声言必得搠思监、朴不花，以清君侧。十四日，顺帝下诏将搠思监流放岭北，朴不花流放甘肃，并将此二人缚送秃坚帖木儿军中，同时恢复孛罗帖木儿的官爵和兵权。十七日，秃坚帖木儿军入京城。顺帝下诏加孛罗帖木儿太保，以秃坚帖木儿为中书平章。次日，秃坚帖木儿退出京师。顺帝下诏追皇太子还宫。
