南方红巾军之所以取得如此重大的胜利，是与他们提出明确的政治口号分不开的。据记载，至正十二年（1352年）四月，江西宜黄的红巾军领袖涂一、涂祐与新城红巾军首领童远联合攻克建宁（今福建建宁）、泰宁（今福建泰宁），不久进兵邵武（今福建邵武），他们打着红巾军的旗帜，拿着天完政权的告示，宣传“摧富益贫”的口号，受到当地贫苦人民的热烈欢迎。被地主分子污蔑为“贱者”和“窭者”的长期遭受封建压迫的贫苦大众，纷纷前来投奔起义军，人数以万计，他们在“摧富益贫”口号的鼓舞下，夺取地主富豪的钱财、粮食，那些逃入穷乡山谷的富豪也无法逃避。
彭莹玉和项普略所率领的一支红巾军，活动范围最广，战斗最激烈。彭莹玉是南方秘密宗教的首领，也是红巾军的领袖。他曾和徒弟周子旺发动过1338年的起义，但自己却没有称王称帝。他尽管地位很高，徒弟遍布南方各地，人们对他很尊重，但他总是浴血奋战在第一线。1352年二月，彭莹玉率领的红巾军占领江州（今江西九江），杀了曾做诗咒骂红巾军的江州路管李黼。接着攻克南康（今江西星子）、饶州（今江西鄱阳）、信州（今江西上饶）。四月，进入安徽境内，占领婺源、黟县、休宁和徽州（今安徽歙县）。在这一带，与汪同、程国胜、俞茂等地主分子组织的地主武装展开了激烈的搏斗。六月，彭莹玉、项普略率军突破昱岭关，进入浙江。七月，攻克江浙行省首府杭州，元朝官吏纷纷逃窜，参政樊执敬顽抗被杀，总管宝哥与小老婆投西湖自杀。彭莹玉的军队进入杭州后，纪律严明，不乱杀人，不**妇女，军队驻扎在寺庙内，不占民舍。他们继续宣传“弥勒佛出世”，号召人民参加红巾军，贫苦大众投奔红巾军的十分踊跃；同时，他们把元朝的府库打开，把金帛等贵重的物品运走。但是，红巾军并没有牢固地控制杭州。在杭州城里的敌人到处破坏，儒生苏天爵竟然打出旗号，出高价收买一批亡命之徒，屠杀红巾军。元朝统治者当然决不愿意富庶的杭州落入红巾军之手的，元顺帝急令江浙行省平章教化和红巾军的死敌董搏霄从濠州撤围，联合江浙行省平章三旦八向杭州扑来。在敌强我弱的情况下，彭莹玉等被迫撤出杭州，退守徽州。敌人又紧紧跟来，彭莹玉等选择北上广德（今安徽广德）、进兵苏南的办法来摆脱敌军。九月，红巾军占领广德。十月，攻克常州。在常州，红巾军将大地主王佛子的粮仓打开，分给广大贫苦农民。接着又连克江阴、宜兴、溧水、溧阳、丹阳、句容等地，并派一支军队对集庆（今江苏南京）进行试探性进攻。这时，元军已汇集在集庆，并展开了对红巾军包围的势态，在这样的形势下，红巾军不得不从苏南退到徽州。但徽州已经失守，项普略被当地元军俘获牺牲，彭莹玉率红巾军再次攻占徽州。至正十三年（1353年）春，徽州又被元军夺去，彭莹玉只好退到江西瑞州，到这一年的十一月，元江西行省右丞火你赤包围瑞州，彭莹玉和况普天、闵总管等红巾军将领进行了英勇的保卫战，城破后，他们都遭到元军的残酷杀害。
彭莹玉是南方红巾军的杰出领袖，他有着推翻元朝黑暗统治的信心，有着组织群众和宣传群众的丰富经验，有着在困难条件下坚忍不拔的毅力，有着在胜利条件下继续战斗的顽强意志，在他身上，体现了古代劳动人民的优秀品质。他的牺牲给南方红巾军带来了不可估量的损失。在彭莹玉牺牲后的两年多，张士诚的军队渡江南下时，苏南人民还以为是红巾军又来了，当时松江城里就流传着一首这样的民谣：
满城都是火，
府官四散躲；
城里无一人，
红军府上坐。
在彭莹玉牺牲的同时，南方其他各支红巾军也都遭到了敌人的镇压。这样，元朝军队的包围圈渐渐缩小，到1353年十二月时，元江浙行省平章卜颜帖木儿、南台御史中丞蛮子海牙以及四川行省参知政事哈临秃、左丞秃失里、西宁王牙罕沙等攻陷天完政权的都城——蕲水，天完政权的四百多名官员惨遭敌人屠杀，徐寿辉等经过英勇奋战，突围而出，被迫逃到黄梅山区和沔阳湖中，以保存起义力量，等待时机，东山再起。
蕲水的失守，使南方红巾军起义受到了很大挫折，由于起义军失去了指挥中心，被敌人各个击破。
江淮地区的起义军是南方各地响应蕲州起义的最大的一支起义军。江淮一带是彭莹玉长期秘密活动的中心，这里教徒最多，群众基础最好。蕲州起义爆发后，彭莹玉的徒弟赵普胜、李普胜（又叫李扒头）、左君弼等也起兵响应，很快就形成了三大武装力量：一支是赵普胜领导的，一支是李普胜和金花姐领导的，一支是左君弼领导的。赵普胜是巢县（今安徽巢县）人，善用双刀，人称“双刀赵”，金花姐牺牲后，他和李普胜密切合作，以巢湖为活动中心，在含山（今安徽含山）立水寨，李普胜据无为（今安徽无为）立水寨，都称“彭祖家”，表示他们出师于彭莹玉之门，为彭祖嫡系。左君弼虽然也是彭莹玉的徒弟，但与赵普胜、李普胜有矛盾，互相不和，他于至正十四年（1354年）攻占庐州（今安徽合肥），以后就没有多大发展。
天完政权建立后，赵普胜等率领水军出兵无为，威胁繁昌，进而占领铜陵、池州（今安徽贵池），溯江而上，围攻安庆。元朝急忙命令江浙行省平章卜颜帖木儿、湖广行省平章也先帖木儿、江西行省平章星吉、江南行省御史中丞蛮子海牙等调兵堵截，双方在长江中发生多次激战。这年秋天，巢湖水军曾占领湖口、彭泽，一度攻克安庆。到年底时，巢湖水军号称百万，拥有大小水船万余艘，是一支规模很大、力量很强的起义军。
但是到1353年时，由于天完政权的各支起义军先后为元军镇压，都城蕲水也失守了，赵普胜等不得不率领水军退居黄墩，并与李普胜、俞氏父子（俞廷玉、俞通海）、廖氏兄弟（廖永清、廖永忠、廖永安）、赵伯仲、张德胜、叶升等联结水寨于巢湖。
