《日本国志》“为类十二，为卷四十”，“以其体近于史志”[175]，故名。作者之所谓“类”，是以事类区分，采用纪传体史书中志的体例。12类是：《国统志》3卷、《邻交志》5卷、《天文志》1卷、《地理志》3卷、《职官志》2卷、《食货志》6卷、《兵志》6卷、《刑法志》5卷、《学术志》2卷、《礼俗志》4卷、《物产志》2卷、《工艺志》1卷，凡40卷。又卷首另作《中东年表》，系中日纪年对照表，“以便观者”。作者在本书《凡例》中说：“日本古无志书，近世源光国作《大日本史》，仅成兵、刑二志；蒲生秀实欲作氏族、食货诸志，有志而未就（原注：仅有职官一志，已刊行）；新井君美集中有田制、货币考诸叙，亦有目而无书。此皆汉文之史而残阙不完，则考古难。”但自维新以来“礼仪典章颇彬彬矣”，故作者较易采辑。据薛福成《日本国志序》称，黄遵宪所采之书至200余种之多。
黄遵宪在《日本国志·自叙》中说到了他撰写此书的初衷，他写道：“昔契丹主有言：‘我于宋国之事，纤悉皆知，而宋人视我国事，如隔十重云雾。’以余观：日本士夫类能读中国之书，考中国之事；而中国士夫好谈古义，足已自封，于外事不屑措意，无论泰西，即日本与我仅隔一衣带水，击柝相闻，朝发可以夕至，亦视之若海外三神山，可望而不可即！”他援引《周官礼》所载“外史”之职，乃撰此书，并自比“外史氏”而发论议，只是为了说明；“今之士夫亦思古人学问，考古即所以通今，两不偏废。”其良苦用心，可见一斑。从这些话中，反映出作者对于研究“外事”的强烈的自觉意识，对于中国当时的士大夫“好谈古义，足以自封”的狭隘眼光何等不满，何等忧虑！3年之后，即光绪十六年（1889年），黄遵宪在改订《日本杂事诗·自序》中，叙述了他对于明治维新以来日本形势的认识过程。当其“拟草”《日本国志》一书时，意在“网罗旧闻，参考新政”；而后，“及阅历日深，闻见日拓，颇悉穷变通久之理。乃信其政从西法，革故取新，卓然能自树立。”作者这个认识，表明他是站在历史发展潮流前头来观察日本的历史和现状，同时也是以此为镜来观察中国的历史和现状的。而“信其政从西法，革故取新，卓然能自树立”这几句话，则集中地概括了《日本国志》的主旨。它突出表现在以下几个方面。
