但是，桑塔亚那的“本质”范畴同德国古典哲学和马克思主义哲学的“本质”范畴是完全不同的，它不是同“现象”范畴相对立，体现“现象”背后普遍、稳定的性质的东西：它也不纯然是客观对象的根本性质，而是也包容着认识主体的观念成分。桑塔亚那本人对“本质”概念虽然说了很多，但从未严密的界定，即或有所论述，亦多显得含混模糊。譬如他说过：“不管我们如何看待我们所遇到的现有的事实，我们总是可以看到一种明显的性质，把被当作是确实的事实同其他相异的事实及虚无区分出来。所有这样的明显的性质，可用感觉、思想和幻想辨别出来，这就是本质。”[1]这个“本质”似乎是指一事物与他事物相区分的、能被主体感知和辨识的特殊性。又譬如他说过，“豆绿色、球形、相似和两重性这些本质可以自然地体现在两颗豆中”，这似乎与本质是现象中普遍、稳定的性质的马克思主义观点有点相像；但进一步看，则不同了：“一个本质可以出现在许多事例中，而不丧失其同一性：它一时可以具有直觉的一个对象的观念地位，一时又可以具有一个东西的形态的物质地位。恰恰是这种观念性，这种两栖的但是不灭的性质，才把任何一个本质同任何事实区别开来。”这里，“本质”又成为具有观念与物质“两栖”性的东西了。他进一步解释道：“我把本质理解为一个共相，具有任何程度的复杂性和定义，无论对感觉或思想，它都可以直接地被给予。只有共相才有逻辑的或审美的个性，或者能被直接地、清楚地、立刻被给予……关于纯粹的感觉或纯粹的思想的这个对象，不加上任何信念，即一个内在地完整的和个体的对象，但没有外在关系或物理的身份，就是我所谓的本质的东西。”[2]可见，在桑塔亚那心目中“本质”也像新实在论者的“感觉材料”一样，具有物质与心灵的“两栖性”，它既非纯物质，又非纯心灵，但同时它既有物理性，又有精神性；它是一种共相，区别于物理事实的殊相，但它又同个体物质形态方面的共同性密切相关，同时作为共相，它又同主体的感觉、思想不可分割；它是主体思想观念或感觉的对象，但又非具有物质存在形态的对象，而只是逻辑上“自我同一”的“先在物”；它只能在主体的直觉中被感知，或“直接地”被给予主体的思想或感觉，实际上它也只能存在于直觉中，存在于直觉经验中，为直接经验所包容，所以，它既是直觉的对象，又是直觉经验本身：本质作为直觉的经验存在于主体对对象观照的瞬间，在这一瞬间它被感知到了，但它作为逻辑上的“先在物”，又可通过想象、回忆等重新感知到。桑塔亚那这个模糊而神秘的“本质”概念，是他三元分立的哲学体系的核心，正是通过它，桑塔亚那才有可能把存在与心灵、客体与主体统一起来，并“消除”唯物主义和唯心主义的对立。
其次，桑塔亚那又把“本质”与“心灵状态”加以区分。他认为“本质”是心灵的对象，而非心灵本身：“心灵状态”是感觉材料加上个人方面的东西构成的。从自然主义观点出发，他把个人方面的东西概括为感觉器官、神经系统、大脑中枢和整个肉体的性质、作用，又把主体心灵状态与活动说成“诸本能顺利的一致”，认为人的自然本性在人身体内为自己开辟道路，并说人作为“理性动物”是由“冲动”和“观念”两个方面结合成的，其中自然本能的“冲动”是基础与主宰的方面，甚至说理性也是人的本能之一。[3]由于人处于各个不同的本能关系中，他们的心灵状态也各不相同，所以，即使面临同一“本质”对象，也常产生不同体验或感知，因而错觉与错误是人类的宿命。在此，桑塔亚那把“本质”看成“心灵状态”的对象，而非心灵的一部分，并认为心灵常常不能正确地把握、认识“本质”。
