首先，评估行为的行政化倾向。行政化的倾向主要表现在评估政策发展的动力、评估方案的制定以及评估主体的构成等方面。评估政策基本上由政府发起和推动。评估的方案由政府主导制定，集中体现政府宏观管理的要求而忽视评估对象的多样性和特殊性。评估的主体也主要是行政机构或其派出的事业单位，同样体现了政府的意志。在行政力量的主导下，评估工作演变成为各级政府及其教育行政部门的一种具体行政行为。评估主体的高度权威、评估对象的消极被动以及中介组织力量的薄弱，容易导致评估中的弄虚作假和形式主义盛行，评估的功能仅仅局限于监督与管理的单一化和狭隘化，[4]评估的诊断、监控以及促进发展的本真价值被异化。
其次，一些高校诚信缺失，在“迎评”中造假，谎报成绩，助长形式主义作风，滋生腐败。由于高校在评估中成为利益主体，许多被评学校追逐的是作为声誉符号的肯定性评估结论，由此产生了各种各样的形式主义作风，最终使评估工作严重偏离评估目标。另有一些高校不惜采取各种手段、花费巨资来轰轰烈烈地造假。如按照教育部的评估要求，把几年前的考试试卷重新整理打分，毕业学生丢失的试卷安排在读学生伪造等。在评估过程中，有些高校的自评报告言辞浮夸而饰非，严重失实，使评估工作失去诊断的功能。另外，由于评估专家组的名单在评估开始前公布，一些高校在专家来校考察之前以各种形式邀评估专家到校指导、讲学，或在评估过程中以赠送礼品等方式来变相贿赂评估专家。弄虚作假行为一方面反映了高校对评估结论的盲目追求；另一方面也表明了高校的现实困境，即政府自身对高等教育的投入不足，造成一些高校在部分指标上难以达到评估的要求。面对这些评价指标，高校不得不采取一些不正当的行为来弥补。可见，对于高校的弄虚作假行为，政府也难辞其咎。
再次，评估成本过高，浪费资源。部分高校把在评估中获得好成绩当作是“政绩”“面子”，不惜代价来“迎评”。在“迎评”过程中集中人力、物力、财力，盲目地引进高层次人才、上项目、搞基建，浪费本来就已十分紧张的办学资源。同时，在“迎评”前夕采取一系列非常规的措施，给日常的教学和管理工作带来了一定的冲击。
最后，高校集体造假实际上宣示了“欺骗合法”的价值观，是对道德底线的根本侵蚀，对社会危害深远。大学生是民族的未来，应当是优秀民族文明、道德的载体，他们的精神品质决定着未来我们民族的精神面貌。部分高校发动教师、学生集体作假，给大学生的思想道德教育带来极其恶劣、长远的影响，违背了学校教书育人的基本使命。
第三，关于评估的结果。
首先，评估结论区分度不高，与现实不符。2003年到2006年参加评估的304所本科院校，从公布的结果看，优秀、良好、合格和不合格的院校数分别为193、90、21和0，所占比例分别为63.5%、29.6%、6.9%和0。优秀和良好的比例高达93.1%，并且没有一所院校的评估结果为不合格。这样的评估结果过于乐观，与现实中反映出的高校教学质量方面的问题不相符合，评估工作没有很好地发挥区分高校教学水平优劣的作用，评估结论的准确性有待商榷。
其次，评估工作的实效在一定程度上背离了教学质量的核心。高等教育质量评估在对“改善学风”“促进学生的进步”“提高学校的教学质量”方面的影响薄弱，表明当前我国高等教育质量评估工作所发挥的实际功能，主要在于规范高等院校教学的外在条件，而对提高教学质量的影响却相对薄弱。
