1.建立起较完善的评估组织机构
从中央到各级教育行政部门，以及相关的专业协会、社会中介机构不断参与到评估实践中，各类组织机构相互配合、相互支持，初步构成了高等教育评估组织体系。特别是教育部高等教育教学评估中心在各类机构中发挥着决定性作用，通过多年的不懈努力，现在规章制度，专家库建设、评估信息化建设等多方面日益完善和规范。
2.高等教育评估引起了重视
在政府层面，评估工作在高等教育事业的宏观管理方式、手段等方面对各级教育行政部门起到了积极的导向作用。同时，评估工作进一步明确了政府在高等教育事业发展中的责任，促使各级政府加大对高等院校的投入，积极引导，合理规划，促进高等教育事业的良性、协调发展。
在高等院校层面，评估工作在促进高校转变教育思想，树立现代教育观念，加强教学工作，落实教学工作中心地位，改善办学条件，规范教学管理，深化教学改革，提高教学质量等方面，都发挥了重要作用。
3.通过评估为提高高校教学质量奠定了基础
评估工作引导广大教职工把更多的时间精力投入到教学或教学服务中，从根本上保证教学质量的不断提升。这一点也得到广大高校教师的认可。对全国26所普通高等院校，其中综合性大学、理工类高校各8所，而“985工程”类高校6所，其他省属高校10所的教师进行了抽样调查表明，评估在“教学条件与利用”“办学指导思想”和“教学管理”等指标上对学校促进作用比较大，而在“学风”“教学效果”和“办学特色”等指标上的促进作用相对较小。一些在经费投入、生师比等指标上不足的高校，通过评估，学校的仪器设备、图书资料、教学场馆等得到了普遍的充实和更新，这为今后高校提高教学质量奠定了良好基础。
由于中国采用当代高等教育评估方法历史不长，而且中国高校数量众多，各层次、各类型高校的发展水平差异较大，高等教育评估中存在的问题也十分明显。
第一，关于评估的指标体系。
指标体系是评估工作开展的基准，是评估工作科学化的基本体现。指标体系体现的是制定者按照明确的目标对于被评估者提出的要求，具有价值导向的作用。因而，高校评估指标体系是否科学合理就关系重大。当前的评估指标体系中有8个一级指标，集中的意见在于：
首先，评估指标体系“大一统”，分类指导的思想体现不够细化，指标针对性差。当前，多样化、多层次是我国高等教育发展的基本现状。而这种差异在评估指标体系中却未能体现。评估工作仍是不同类型、层次的学校共用同一评估指标体系，一个指标体系涵盖多种学校类型。具有不同的起点、层次的学校用一个标准衡量，不仅有违本科教学水平评估的宗旨，也影响评估的科学与公正。
其次，过多关注资源的投入，忽视学生的学习和发展，使评估偏离核心目标。在整个指标体系中，仅有教学效果一个指标中的部分观测点涉及学生在高校学习过程中所获得的发展。其余六个指标涉及的仅仅是教学质量的保障条件，而这些仅仅是达成教学质量的资源和前提，而非教学质量本身。学生是教学质量的载体。忽视这一载体的状况使评估偏离了核心目标。
最后，部分指标内容重叠，内涵不清晰，缺乏操作性。例如，“学风”这个一级指标体系中，共有两个二级指标四个观测点，但大都与其他指标或观测点重复。另外，在表述上，有“师资队伍整体结构合理”“教学水平高，科研促进教学成效明显”“有一定数量的获省部级（含）以上成果奖励”等指标，用词模糊，缺乏操作性。容易导致指标体系的设计者、评估者、被评估者三者之间的认知分歧，从而影响评估的效度。
第二，关于评估的组织与实施。
