1999年5月25日，教育部在《关于实施中华人民共和国高等教育法若干问题的意见》（以下简称《意见》）中进一步肯定了这一点，指出“高等学校的办学水平和教育质量，由国务院教育行政部门组织专家或委托有关组织机构进行评估。各省、自治区、直辖市教育行政部门应对本行政区域内的高等学校办学水平和教育质量进行监督、检查和必要的评估。国务院教育行政部门将依法制定有关评估的具体办法，加强对评估工作的管理。”《意见》进一步确定了教育行政部门在评估工作中的主导地位。值得指出的是，同年6月13日的《中共中央国务院关于深化教育改革全面推进素质教育的决定》（以下简称《决定》）强调了非政府行业协会组织和社会中介机构在评估工作中的作用，突出了评估工作的专业性和中立性。如《决定》指出：“在高中及其以上教育的办学水平评估、人力资源预测和毕业生就业指导等方面，进一步发挥非政府行业协会组织和社会中介机构的作用。”可以看出，关于评估工作社会化的问题，国务院文件与教育部文件在指导思想的层面还是存在一定的差异。
针对评估过程中遇到的一些现实问题，教育部也出台了一系列关于评估操作的指导性文件（见表3-1）。另外，从1997年起，针对不同类别的院校特点，教育部还陆续出台了综合大学、工业、农林、医药、政法、财经、外语、师范类院校本科教学工作合格评价和优秀评估方案，充分体现了在评估中进行分类指导的原则。这些文件的出台，对科学合理地开展本科教学工作评价，全面提高本科教学质量，提供了操作指南和法规上的依据，评估工作的法律法规进一步细化，不断完善。
表3-11995～2001年中国颁布的高等教育评估主要文件
3.高等教育评估专业机构开始出现
高等教育评估事业在这段时间的发展还体现在一些学术团体的诞生、业务的开展和研究等方面。1994年颁布的《国务院关于中国教育改革与发展纲要的实施意见》第一次明确了高等教育评估中介机构为政府提供决策咨询的地位。继1993年北京高等学校教育质量评议中心成立后，先后成立的机构如：中国高等教育学会高等教育评估研究会（1994年），北京理工大学“高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所”（1994年），1996年上海成立全国第一家高等教育评估中介机构——上海高等教育评估事务所（2000年改名为“上海市教育评估院”），并于1997年组织实施了对上海普通高校旅游管理专业的评估，开启了中国高等教育由社会评估机构实行评估的先河。随后，一些省级的评估机构开始成立，如1997年成立的江苏教育评估院、1999年成立的辽宁省教育评估事务所、2000年成立的广东省教育发展研究与评估中心。虽然其中部分机构还与政府机构保持紧密的联系，但在评估业务工作的开展上，已经具有较大的自主权，是评估工作向社会化发展的重要标志。
（三）正式评估阶段：2003年～现在
1.以教育部颁布《普通高等学校本科教学工作水平评估方案（试行）》为
标志，评估工作全面推开
经过4年的前期研究与试点，2002年，教育部将合格评估、优秀评估和随机性水平评估三种方案合并为一个方案，颁布了《普通高等学校本科教学工作水平评估方案（试行）》。2004年2月，教育部在《2003～2007年教育振兴行动计划》明确提出，开始实行“五年一轮”的普通高等学校教学工作水平评估制度。随后，教育部对2002年印发的《普通高等学校本科教学工作水平评估方案（试行）》进行了修订，并于2004年8月，正式下发新的《普通高等学校本科教学工作水平评估方案（试行）》，这标志着我国高等教育评估工作在高校全面推开。
2.以教育部高等教育教学评估中心成立为标志，评估工作开始走向规范化、
