第一，处理好与各级政府之间的关系。目前全国已有25个省（区、市）组建了农村信用社升级联社，由省级政府依法进行管理。农村信用社属于地方性金融机构，应该紧密围绕地方产业结构的调整和城镇化进程来优化信贷结构，在促进农村经济发展的前提下要扩大职能，以尽快适应新的管理体制和社会发展的需要，确保与各级政府或职能部门的相互联动、相互支持和相互发展。
第二，处理好与中国人民银行和中国银行业监督管理委员会的关系。中国人民银行从利率政策、货币政策、资金清算等方面发挥宏观调控作用，特别是在发放支农再贷款、票据清算、置换不良资产等方面发挥着重要作用。农村信用社应该加强与人民银行各级分支机构的联系，积极反映存在的问题和要求，争取中央银行的支持和业务指导。同时，农村信用社要在中国银行业监督管理委员会的监管下，注重防范和化解金融风险，促进各项业务经营的稳步、健康、快速发展，使中国银行业监督管理委员会真正成为农村信用社的良师和益友。
二、我国农村合作金融机构的行业监管
（一）我国农村合作金融机构监管的法律、法规体系
当前，我国农村合作金融机构的法律、法规体系主要有三个层次，即法律、行政法规和部门规章。其中，“法律”共有两部，分别是1995年颁布的《中华人民共和国商业银行法》（2003年修正）和2003年颁布的《中华人民共和国银行业监督管理法》（2006年修正），这是我国农村合作金融机构监管法律体系的核心。
“行政法规”主要是由国务院颁行的有关我国农村信用社监管的几部法规。包括：2003年印发的《关于深化农村信用社改革试点方案》，2004年发布的《关于进一步深化农村信用社改革试点的意见》和《关于明确对农村信用社监督管理职责分工指导意见的通知》。
“部门规章”源自由中国人民银行系统或由中国银行业监督管理委员会系统发布的两大有机组成部分。
第一部分：由中国人民银行于1997年发布的《农村信用合作社县级联合社管理规定》，2001年发布的《关于加强对农村信用社监管有关问题的通知》，2004年印发的《农村信用社改革试点资金支持方案实施与考核指引》。
第二部分：由中国银行业监督管理委员会于2003年发布的《关于调整银行市场准入管理方式和程序的决定》《农村合作银行管理暂行规定》《农村信用社省（自治区、直辖市）联合社管理暂行规定》《关于农村信用社以县（市）为单位统一法人工作的指导意见》和《农村信用社贷款风险五级分类实施方案（试行）》；2004年发布的《农村商业银行、农村合作银行组建审批工作指引》《农村商业银行、农村合作银行组建中清产核资工作指引》《关于加强农村信用社资金组织监管工作的通知》和《农村合作银行章程（示范）》；2005年发布的《中国银行业监督管理委员会合作金融机构行政许可事项实施办法》和《农村合作银行监管工作意见》；2006年发布的《合作金融机构行政许可事项实施办法》和《农村合作金融机构社团贷款指引》；2007年发布的《农村信用社监管评级内部指引（试行）》和《农村信用社不良资产监测和考核办法》等。
（二）我国农村合作金融机构的监管体制
从整体上看，我国农村合作金融机构现行监管体制主要分为：国家层、省（区市）层和自律层三个层面。
1.国家层面
