农村信用社实施行政控制的措施，主要通过建立报告体系和职责划分来加以实现。“报告体系”可确保管理层随时获悉当日的经营状况，其主要目的是为防止诸如挪用公款之类的犯罪行为的发生。而“职责划分”就是农村信用社管理层应不断建立和完善信用社的内部控制制度；确定各部门、各类人员的职权和责任，通过授权控制和批准授权来确定信用社内部的职权和责任。
（2）财务管理
农村信用社会计人员必须根据国家的会计准则制定具体的会计制度，对所有的业务活动进行及时、完整、准确的记录；而记录必须能够真实反映农村信用社的财务状况和经营业绩。会计人员进行财务记录的唯一依据只能是经严格识别的有效会计凭证，会计报表应当由会计人员独立编制，一经生成不得接受任何指令对报表数据进行修改。
（3）贷款管理
贷款是农村信用社的主要资产，也是农村信用社利润的主要来源。随着商业银行、各类非银行金融机构与农村信用社之间的竞争加剧，农村信用社面临的最大挑战就是能否在激烈的价格竞争中发放风险适度的赢利贷款，并正确处理好贷款数量与贷款质量之间的内在关系。
（4）审计监督
审计是指对农村信用社的账目和记录进行检查与核对，即在监事会的指导下，在没有预先通知的情况下，对农村信用社的各业务部门、营业机构执行法律、法规和信用社各项内部管理制度情况以及资产质量和经营效益状况等方面进行检查评价，以确保农村信用社的财务状况与资产负债表和损益表所揭示的情况保持一致。
（二）农村信用社风险管理的措施
1.以资产风险为核心，强化内控制度建设，建立健全风险约束机制
防范和化解农村信用社经营风险，主要在于防范和化解农村信用社的不良贷款。加强农村信用社风险管理应紧紧抓住信贷资产风险管理这条主线，强化内控制度建设，建立健全信贷资产风险约束机制。一是要严格按照贷款五级分类标准，认真清理核实农村信用社的资产存量；二是要建立不良资产清收领导组，将清收任务具体落实到人头，并做到年有目标、季有安排、月有考核、日有进度；三是充分运用法律的、行政的和经济的手段，加大清收力度；四是要严格控制信贷总量的无度扩张，严格执行《贷款通则》和落实贷款“三查”制度，合理划分和确定贷款责权，确保新增贷款的流动性、安全性和效益性；五是要提高从业人员素质，建立以人为本的信贷风险约束机制。
2.转变经营策略，调整负债结构，组织高效资金，服务“三农”经济
农村信用社经营效益低下的另一个主要原因是负债结构不合理，高成本负债比重偏高，要改变长期积淀的高成本负债结构非一蹴而就。究其客观原因是主要资金来源和服务对象是经济不发达或欠发达的农村、农户和农业经济，而究其主观原因是农村信用社自身经营偏离了合作金融的组织原则。鉴于以上原因，农村信用社首先应彻底摒弃以往的官衙习气，确立自强、自立、自我发展意识。在组织高效资金上，一方面是吸收低成本存款，更主要的是要按照农村信用社的改革要求，转变经营策略、走合作经营之路，吸纳地方财政、企业和城乡居民广泛入社，扩大股本金、壮大资金实力。同时，要重新定位农村信用社的服务思想，坚持服务“三农”的经营宗旨，积极培植新的经济增长点，促进地方经济持续健康发展，使农村信用社逐步摆脱困境，走上稳步发展之路。
3.强化对农村信用社的内外监管
加强对农村信用社的管理并降低经营风险，应该从“金融监管与内控管理”两方面入手。
