当然，这一过程并非没有异议。它遭到了来自所谓“旧知识分子的”反对。当时开展的院系调整是学习苏联经验的典型体现，但在中央教育部1950年6月全国高等教育会议中，大部分到会的代表们，对于调整院系都抱旁观态度，不置可否。周培源认为其根本原因是思想问题，其中尤以崇美思想为主要因素。[27]正如《人民教育》社论指出，高等学校存在着“暗流”，和工人阶级思想所领导的教育改革相抗衡的“暗流”。他们抗拒课程改革，抗拒院系调整，抗拒任何真正有利于人民大众与祖国建设的措施。[28]为了推动高等教育改革，政府进行了两场思想改造运动，即1950年年底开始的对文化界的思想改造运动，以及高校的“三反”运动。1951年，毛泽东、周恩来分别发表了关于改造知识分子的讲话。周恩来作了《关于知识分子的改造问题》的重要报告。同年，中共中央下发《关于在学校中进行思想改造和组织清理工作的指示》，次年又做出《关于在高等学校中进行批判资产阶级思想运动和准备进行清理“中层”工作的指示》。对思想改造提出了明确的目的，即（1）彻底打击封建、买办和法西斯的思想，划清敌我界限；（2）暴露和批判教师中的资产阶级思想，划清工人阶级和资产阶级的思想界限，初步树立工人阶级的思想领导。同时规定，让百分之六十到百分之七十的教师，在作了必要的自我检讨以后迅速过关，百分之十五到百分之二十五的教师，是要经过适当的批评以后再行过关；百分之十三左右的教师，是要经过反复批判检查以后再过关；只有百分之二左右是不能过关，需要作适当处理。[29]1952年，中共中央指示在宣传文教部门进行“三反”运动，发布了在高校中进行“三反”运动的指示，指出，要依靠学生群众推动教师，批判和打击现在在学校中仍普遍和严重存在着的各种资产阶级思想（如崇拜英美、狭隘民族主义、宗派主义、自私自利、对人民国家不负责任、保守观点等），因为它严重阻碍教育的改革和国家建设人才的培养。[30]。据统计，全国有91%的高等学校教师，80%的大学生，75%的中学教师参加了这次运动。在经过急风暴雨的群众式的思想改造运动后，知识分子通过自我否定确认了自己对新的社会秩序的屈服或认同。下面是教师向领袖写的一封信，较有代表性地反映了当时知识分子思想转变的过程。
我们谨以无比兴奋而感激的心情，向您报告我们在“三反”运动中的收获。“三反”运动前，很多同志只是为了吃饭和为了名位而工作，他们关心的是个人而不是祖国和人民。政治学习受到了轻视，被认为和教学无关，学习时，在教学中美帝国主义的所谓物质文明被崇拜着，发财享受的思想被宣扬着……“三反”运动开始后，在您和党的领导下，我们投身在这一思想改造的斗争中，旧的被铲除，新的在萌芽，如今出现了一片新气象。每个人都认识到责任的重大，工作的光荣，迫切地要求提高政治认识，决心好好地为人民服务。[31]
这次思想改造运动达到了它最初所定的目标：资产阶级思想被肃清，教师学生的政治觉悟提高了，党在学校中的威信提高了，巩固和扩大了高等学校中马克思列宁主义思想阵地，为在高等学校中建立革命的政治工作制度和机构、加强党的领导奠定了基础。同时也为高等教育制度的重构扫清了道路，正如曾昭抡所言，通过这样的运动，来自旧知识的不满和抵制随后就烟消云散了。[32]
