器官移植不只涉及技术难题的攻克，同样涉及一系列伦理难题。一个人接受了别人的器官，他还是原来的人吗？他的个性或人格是否会受到影响？这不只是医学上的排异反映问题，也是一个伦理学和心理学的人格完整性问题。赫尔曼（）在《未来世界中的生物学》序言中曾描述了一对夫妇带他们的孩子到法院去，要求更改丈夫的姓名，因为妻子诉说其丈夫由于器官更换太多，成了一个完全不同于以前的人。这提出了异体器官移植对受体的长远影响问题。
器官移植到底能带来多大好处？由于器官移植的成功率远不像媒体报道的那么乐观，实际上有很多器官接受者没能活到下手术台，有的则死于以后的排斥期，还有的死于不能克服的并发症。同时，器官移植还必须面对器官的供需矛盾问题。据中国之声《新闻晚高峰》报道，目前，我国每年约有150万人需要器官移植，但是每年仅有1万人能够接受移植手术。1∶150，这个差距巨大的供需比例，反映出目前我国器官移植存在的难题，而器官捐献来源紧缺，也直接卡住了我国器官移植事业的发展。[6]为了克服器官的供需矛盾，必须从根本上解决器官来源问题。理论上说，器官来源大致有如下方式：自愿捐献、推定同意、器官买卖或器官商业化 、胎儿器官、异种器官、人造器官、克隆器官等。但是，每一种器官来源方式都伴随相应的伦理问题。
从器官移植受体角度看，也存在一定的生命伦理议题。谁可以优先获取可供移植的器官？一般应考虑以下因素：受者的生命质量状况；受者需要的迫切程度；供者与受者的配型相容性程度；捐献者意愿；是否曾经捐献；先来后到；受者的家庭地位及作用；受者的社会价值；受者的经济支付能力；受者等待的时间；移植后的余年寿命；移植的科研价值；捐赠者与受赠者所在的地点远近等。其中，“捐献者意愿”是至上因素；“受者的生命质量状况”“供者与受者的配型相容性程度”“受者需要的迫切程度”是前提因素；“曾经捐献”是优先因素；“先来后到”是通常因素；其他则为参考因素。
我国《人体器官移植条例》规定，人体器官移植的基本伦理原则是：病人健康利益至上原则（是否符合患者利益作为医生行为获得伦理可接受性的第一评判标准）；唯一性原则（在针对受体的所有治疗方案中，器官移植是唯一具有救治希望的方案）；自愿、无偿与禁止商业化原则；知情同意原则（受体及其家属的知情和供体的知情）；尊重和保护供者原则；保密原则；公正原则（包括对器官移植接受者的公平、公正原则和对器官捐献者的公平、公正）；伦理审查原则（人体器官移植技术临床应用与伦理委员会要对如下问题进行伦理审查：人体器官捐献人的捐献意愿是否真实、有无买卖或者变相买卖人体器官的情形、人体器官的配型和接受人的适应证是否符合伦理原则和人体器官移植技术管理规范）。
三、安乐死
随着医疗技术的进步，一个奇怪的现象也随之产生，即：医疗愈进步，病人似乎愈没有尊严，所以，有些人开始主张“歹活”不如“好死”。此“好死”就是“安乐死”。安乐死英语为euthanasia，源于希腊文eu（good）+thanatos（death），直译为“好的死亡”，日本人将其翻译为“安乐死”，中国沿用此翻译，另外也有“安易死”“尊严死”“仁慈杀害”“安逸之死”等说法。不管使用哪个词语，其现代意义即指医生为减轻病人的痛苦而对其死亡过程所进行的干预。准确地说，是指患不治之症的病人在濒临死亡状态时，由于肉体的极端痛苦，在患者和其亲属的要求下，经过一定的法律、道德及医学程序，用医学的方法使病人在无痛苦状态下度过死亡阶段而终结生命的全过程。
