财务独立对科学博物馆的发展也很重要，虽然科学博物馆成功地赢得了一些小额捐款，尤其是展品捐赠。但是，它没有取得过像其他国家宝藏馆那样的成功，它严重依赖财政部的建设资金。比较而言，大英博物馆、泰特美术馆、国家肖像馆和华莱士收藏馆都从约瑟夫·杜维恩（JosephDuveen）那里得到了建设新展区或者翻新老展区的捐款。[106]国家海事博物馆里女王宫的装修由詹姆斯·凯尔德（JamesCaird）出资，成本超过了80000英镑。这既不是他捐款的开始也不是他捐款的终结，他的捐赠还包括300000英镑的藏品和创建凯尔德信托公司。[107]杜维恩和凯尔德的捐款时间段大致就是科学博物馆积极寻求捐赠天文馆的时间段，但科学博物馆仅仅获得20000英镑的借款。没法找到捐赠者导致科学博物馆进退两难。
关于独立的重要性可以从以下的一个例子来说明。在国家海事博物馆创建后的几年内，女王宫逐渐恢复到原来的状态，其余部分正在转变用途，由国家海事博物馆使用，这个决定是由受托管理委员会做出的。该委员会由斯坦诺普勋爵或杰弗里·卡伦德（GeoffreyCallendar）馆长主持。没有任何政府部门的干扰，所有费用都由凯尔德出资，包括景观设计、图片清洁以及为了表达对凯尔德的感谢而建立的凯尔德圆形大厅。[108]从本质上说，如果受托管理委员会或卡伦德想要一些东西，凯尔德愿意支付，事情就搞定了。因为他们的独立性，他们的计划不需要得到一系列部门的评价和同意，而科学博物馆却不得不进行这些洽谈。
缺乏固定的领导阶层也给科学博物馆带来了问题。20世纪的科学博物馆有11位馆长，1930—1960年有5位：亨利·里昂（退休于1933年）、欧内斯特·麦金托什（退休于1945年）、赫尔曼·肖（逝世于1950年）、舍伍德·泰勒（逝世于1956年）和特伦斯·莫里森-斯科特（辞职于1960年）。与其他国家宝藏馆相比，科学博物馆馆长的变动是比较频繁的。这段时间其他藏馆馆长数量为：维多利亚和艾伯特博物馆两位，国家海事博物馆两位，泰特美术馆两位，华莱士两位，国家艺术馆三位，大英博物馆四位（其中有一位是约翰·福斯代克爵士，任职达14年）。各位馆长在科学博物馆都有自己的议程。更重要的是，每个变化都会打乱专业（及个人）的关系，这些关系在跨部门谈判过程中显得尤为重要。由于没有受托管理委员会，科学博物馆在过渡期就没有受托管理委员会的指导，或者在馆长去世后没有受托管理委员会提供支持，科学博物馆只能依靠公务人员来指导，这大大影响了其未来的方向。这导致科学博物馆执行力不断减弱。
