一个类型目录显示，1939年1月公路运输类型的交通工具藏品得到了保留。在39辆汽车、24辆摩托车以及40个车厢的藏品集合中，有19辆汽车、9辆摩托车和15个车厢被存放于艾伯顿。即便如此，在1939年，科学博物馆仅有5%的藏品未参展。[13]不过从这个时候起，科学博物馆在南肯辛顿以外的外部空间存储的藏品比例随着时间的流逝在不断增加。
1938年9月的慕尼黑危机之后，英国社会强烈地预感到战争即将来临。由于预料到伦敦可能会爆发战争，科学博物馆制订了一个撤离最重要和最稀有藏品到远离城市的乡村住宅的计划。[4]科学博物馆在1939年战争爆发后不再对公众开放。后来科学博物馆曾经重新开放过部分区域，但又在1940年9月再次闭馆。东楼的上层展厅被清空，工作人员尽可能地把藏品转移至一楼或地下室存放。南楼展厅被彻底地清空以降低建筑物起火的风险。同时，战前的外部存储地显然不能再使用了，其中一半的藏品不得不挤进科学博物馆的地下室中。后来在战争过程中，科学博物馆决定将剩余的藏品尽可能多地送离伦敦。最终大约三分之二的藏品被储藏在别处。
赫尔曼·肖是物理学和地球物理学专业的权威学者，他在战争期间担任科学博物馆的副馆长。他深入思考了展厅重新开放时应当采取的形式，并起草了一份长篇文件以促进该问题的讨论。在专门描述展厅展览的一部分内容中，他写道：
尽管调查委员会成员人数众多，但在科学博物馆几乎所有部门都必须进一步严格淘汰藏品这一点上很少有人怀疑，如果大幅实施这一举措，展览的吸引力将极大提高。在科学博物馆重新开放前，所有部门应当尽最大的努力来严格检查所有区域的藏品，保证只有那些价值巨大或非常新奇有趣的藏品以一种具有吸引力而且庄严高贵的方式被展出。通过这种方式，有75%的正在参展的藏品变成了“储备藏品”，这样一来每部分都可以方便地展示剩余的展品。从逻辑上来讲，这吸引了不具备专业知识的观众并为他们提供了便利。[14]
在关于“储备藏品”的内容中，肖继续写道：
采取上述建议将会迫使大部分收藏品从展览中撤出，但是这些物品可以适当地整合成“储备藏品”为展览提供补充，并且被专门地放置在展厅中以实现“储存和研究”的目的。该方法在地质博物馆被证明是非常方便和有效的。
这些“储备藏品”应像主要收藏品那样被很好地贴上标签，尽管这些物品可能被紧密地放置在一起，但是也应该精心地排放，以便学生和其他受许可的观众随时研究和观赏。
虽然科学博物馆在1946年2月重新对外开放，但展厅只能等待职员们逐渐从战场返回后才能真正开始运行。此外，南展厅已不适合再使用，这使得总陈列空间比1939年本就不足的陈列空间还要小。1949年南展厅被拆除，原址用于建造期待已久的中心区的地下室和地上一层。科学博物馆部分开放的原因是为了给英国的“科学展览会”提供展览场所。然而，在展览结束后，财政的限制使得当时无法再实施进一步的建设。
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