公元前464年，阿塔薛西斯一世的另一个兄弟海斯塔斯帕在巴克特里亚发动叛乱。他当时是该地的总督，他企图依靠该地贵族之助，夺取王权，但失败被杀。为免除其他兄弟进行宫廷政变的威胁，阿塔薛西斯一世下命令杀死了自己所有的兄弟。[18]
靠阴谋上台的阿塔薛西斯一世，和自己的王后达马斯派拉一起，在公元前424年末的同一天死去，继承其王位的是薛西斯二世。薛西斯二世在继承王位时没引起争议，但他在国王宝座上只待了45天，便被杀死在自己的寝宫之中。他是被毒死的。阴谋者在一次庆典上给国王的酒里下了毒，他喝了后回去便睡死过去了。阴谋是由阿塔薛西斯一世同一个出自巴比伦尼亚的妾阿隆古涅所生的儿子西库迪安所为。另有太监法尔纳西阿斯和西库迪安的叔伯兄弟、巴比伦尼亚总督麦那斯坦等参与其事。前王最有影响的廷臣巴拉戈佐斯私自将阿塔薛西斯一世、其王后达马斯派拉和薛西斯二世的尸体运到帕尔撒埋葬，被西库迪安命人用石头砸死，其罪名是，未经过他的同意便埋葬了王室成员的尸体。
西库迪安的一个异母兄弟奥赫（是阿塔薛西斯一世同另一个出自巴比伦尼亚的妾所生之子）是基尔卡尼亚总督，大概实力很强，使西库迪安感到害怕，于是他便设计引诱奥赫到苏撒来，说是要把王权让给他，实际上是想杀了他以免后患。但奥赫已猜到这是在骗他，因此没有急于去首都。当时，骑兵长官阿尔巴尔、埃及总督阿尔沙马和太监奥尔多克沙尔支持了奥赫。西库迪安感到绝望了，于是投降了奥赫。奥赫于公元前424年2月即王位，是为大流士二世。
西库迪安本来希望奥赫在做了国王后能发慈悲饶他一命，但奥赫并未宽恕他，仍然把他杀了。他总共统治了六个半月时间，与西库迪安要求杀害薛西斯二世的人也被处死。奥赫兄弟阿尔希特想要夺取王权，在叙利亚发动叛乱，但其雇佣兵被收买，阿尔希特只好投降，他也以为国王会对他发慈悲，但落了空，也被处死。
公元前413年，波斯帝国驻吕底亚的总督皮苏丰起义反对大流士二世，皮苏丰的非婚生子阿摩尔格也在卡里亚叛乱。[19]这次奉命前去镇压皮苏丰的是蒂萨弗尼斯，依靠的主要是雅典人利孔领导的希腊雇佣军，他在收买了皮苏丰的希腊雇佣军后镇压了起义，并处死了皮苏丰。蒂萨弗尼斯奖赏给出卖了希腊雇佣军的利孔以大量地产。
在波斯帝国200多年的统治中，王位争夺最明显的例子是公元前404年大流士二世的两个儿子之间的争斗，即长子阿尔沙克（阿塔薛西斯二世）与次子小居鲁士之间的争斗。这在前面已经述及。这次争斗以小居鲁士的死亡而告终。
在波斯帝国晚期，其王位争夺更加频繁。阿塔薛西斯二世统治时间长达45年之久（公元前404—前359年），在他统治晚年，争夺王位继承权的斗争空前激烈而残酷。阿塔薛西斯二世有366个王后和妃子，共生育了150个儿子，其中3个是王后斯塔提拉所生，拥有王位继承权，他们是：长子大流士、次子阿里阿斯、三子奥赫。在卡都亚战争时，国王要御驾亲征，临别前，他立长子大流士为王位继承人，允许他戴国王才能戴的直冠。然而，阿塔薛西斯二世不仅在卡都亚战争中凯旋，在后来又活了很长时间。长子大流士继承王位之心急不可耐。于是，他参加了由提里巴佐斯组织的有50个王子参加的谋害国王的阴谋，以图早日登基为王。但参与阴谋的一个太监出卖了他们，阴谋败露，大流士在寝宫中被捉，他和他的妻室儿女均被带到国王面前，由王家法庭进行审理。法官们一致判处他死刑，其儿子除一人外也被处死。
长子被处死，次子阿里阿斯按顺序成了王位继承人。但第三子奥赫想自己当王位继承人，于是，他耍弄阴谋，通过太监去恐吓阿里阿斯，说父王已经知道他参与了大流士反对国王的阴谋，要对他处以难以忍受的刑罚。阿里阿斯中计，十分害怕和绝望，于是自杀了。
阿塔薛西斯二世不喜欢奥赫，因此，在阿里阿斯死后，没有把王位传给奥赫，而是把王位继承人的资格给了他的一个妾所生的儿子阿尔沙马。奥赫怀恨在心，让提里巴佐斯之子将阿尔沙马给杀了。阿塔薛西斯二世无奈，只好让奥赫当了王位继承人，将王位传给了他。
公元前359年12月，在位45年之久，年已86岁的阿塔薛西斯二世因阿尔沙马之死伤心过度而死了，奥赫继承了王位，采用了阿塔薛西斯三世的王名[20]。艾利安说，当他成为国王时，一位马哥斯僧曾预言，在他统治时期将会获得丰收，也会有残酷的死刑。[21]是否有丰收我们不得而知，关于死刑的预言则被证实了，他处死了自己所有最亲近的亲属，仅在一天之内就杀死了自己的80个兄弟，目的是防止他们发动反对自己的阴谋。
靠阴谋上台的阿塔薛西斯三世，也被阴谋所害。公元前338年，正当希腊的马其顿国王腓力二世在喀罗尼亚战败希腊各邦联军，并虎视眈眈地想要对波斯帝国发动战争时，波斯帝国再度发生宫廷政变阴谋，阿塔薛西斯三世极为信任的太监巴戈亚指使国王的私人医生下毒，毒死了阿塔薛西斯三世，国王和王后阿托撒所生的儿子阿尔西斯登上了国王宝座。由于巴戈亚的专横遭到新王的反对，于是没过两年，新王又成了巴戈亚阴谋的牺牲品，他同其家人被巴戈亚杀害。
公元前336年，王室的一个旁系成员利多曼被扶上国王宝座。他是阿塔薛西斯二世的兄弟奥斯坦涅斯之子阿尔沙马的儿子，时年41岁。他做国王后，取名大流士三世。太监巴戈亚又企图控制新国王，但实践证明他难以驾驭，于是便企图毒死新王。大流士三世发觉了他的阴谋，他让巴戈亚自己饮下了这杯毒酒，从而保住了自己的王位。[22]在大流士三世统治时期，正是希腊马其顿王国兴起，波斯帝国末日降临的时期。大流士三世虽然在宫廷倾轧中取得了胜利，保住了王权，却在对外战争中屡遭败绩。他在战场上一再临阵脱逃，从而断送了波斯帝国和阿黑门尼德氏族的王权，自己也于公元前330年被亚历山大赶至巴克特里亚后，为当地人所杀。公元前336年上台的马其顿国王亚历山大，从公元前334年开始对波斯帝国的东征，其口号是“把战争带给东方，把财富带回希腊”，最终灭掉了波斯帝国。
