一、波斯人对希腊的第一次远征
小亚希腊人的起义虽然被镇压下去了，但波斯帝国国王大流士的余怒未消。对在小亚希腊人起义时出兵支援过起义的大陆希腊人尤其是雅典人更是耿耿于怀，时时准备征讨之。在大流士和波斯帝国的统治集团看来，希腊有很多城邦，彼此之间利益不同，矛盾很多，形不成一支强大的可以和波斯帝国相抗衡的力量；而波斯帝国拥有广阔的土地、众多的资源、兵多将广，要征服希腊这弹丸之地不费吹灰之力。
在平定小亚的希腊人起义以后不久，公元前492年，大流士派出了第一支远征希腊的军队。远征军由大流士的女婿马尔多尼乌斯（他同大流士的女儿阿尔塔优斯特拉结婚）率领。远征军的舰队从腓尼基的港口出发，沿地中海东海岸的海岸线航行。在舰队到达小亚的基里基亚时，军队统帅马尔多尼乌斯才来到部队，同部队一起前进。在小亚，他废黜了那里的僭主政治，而建立起民主政治。波斯远征军在越过赫勒斯滂海峡后，进入了原为波斯帝国属地的色雷斯地区和马其顿地区（它们都是在公元前514年大流士对斯基泰人进行远征时占领的）。在小亚希腊人起义期间，这两个地区实际上已脱离了波斯人的统治。因为在那时，波斯人不得不将驻守在那里的驻防军调回到小亚，以镇压起义。马尔多尼乌斯及其军队到了这里以后，才又恢复了波斯人对它的控制。他首先征服了塔索斯人，随后又征服了马其顿和一些其他民族。
由马尔多尼乌斯率领的波斯军队在到达色雷斯的卡尔昔狄半岛的阿托斯山时，他们的舰队遭到了强烈的风暴袭击，波斯海军遭到毁灭性的打击：300多艘船被毁，约2万人葬身鱼腹。陆军也遭到当地的弗拉基亚部落的布律戈依人袭击，许多波斯人被杀，马尔多尼乌斯也受了伤。有鉴于此，波斯的陆军和海军不得不撤回到小亚，第一次远征失败。马尔多尼乌斯对军队的指挥权被撤销了。
二、波斯人对希腊的第二次远征——马拉松战役
大流士并没有因为第一次远征的失败而放弃征服希腊的野心，他积极地准备着第二次对希腊的远征。在调动军队之前，他先派人到大陆希腊各邦去索取“土和水”，意即要它们无条件投降和臣服。大流士的使者在一些城邦得到了满意的答复。例如，在马其顿、比奥提亚、色萨利、底比斯、阿尔果斯和伊斋那等邦，波斯的使节得到了土和水；但在有些城邦，波斯的使节则不那么受欢迎。例如，在雅典，他们把波斯的使节扔进了坑洞之中；在斯巴达，波斯的使节则被扔进了水里。这都是表示，你们不是要土和水吗，那么你们就自己到坑里和水里去取吧。
在帝国内部，大流士要求被波斯征服的希腊人建造军舰和运输用的船，以供战争时使用。他任命自己的侄子阿尔塔弗伦统率陆军、米底人达提斯指挥舰队，第二次远征大陆希腊。据希罗多德说，这次用于远征的舰队共有600艘（科尔涅利亚·涅波达断言，在马拉松登陆的波斯军队有10万人，这显然是夸大了）[7]。公元前490年夏天，用于远征的海陆军队都集中到了基里基亚。为使军队不再遭到前一次那样的命运，雅典僭主庇西特拉图之子希庇亚斯（这时候在波斯帝国，是波斯统治下的赫勒斯滂的西吉亚城的统治者）建议不走上次的路线，而是从小亚出发，横渡爱琴海，直接攻占阿提卡半岛。波斯人接受了他的建议，从海路直扑雅典。在途中，波斯远征军占领了以前未曾征服过的那克索斯岛，并毁灭了它，其居民大多逃到了山上。而后，波斯军队又渡海到了优卑亚岛，占领了该岛上的埃列特里亚地区，他们抢劫并烧毁了城市和神庙，居民被带走为奴，被送到苏撒后又被移居到基西亚的阿尔代利卡。[8]
