初时，冈比西斯也像居鲁士一样，以波斯和埃及联合的形式对埃及进行统治。他按埃及的习惯加冕，称自己为“埃及之王，各国之王”，并利用“拉（神）、荷鲁斯（神）、奥西里斯（神）的后裔”的称号。公元前525年8月底，冈比西斯被承认为埃及之王。从这时候起，埃及进入了波斯人统治的第二十七王朝时期。冈比西斯不承认普萨美提克三世是埃及合法的国王，而认为自己是直接继承阿玛西斯为埃及之王的，并且是从公元前530年就成为埃及之王的。在有的文件中称冈比西斯八年，这就是从公元前530年，即从冈比西斯成为波斯国王时起就算是埃及之王了。因为冈比西斯的统治是从公元前530—前522年，总共才8年。冈比西斯任命一个名叫阿律安戴斯的人去管理埃及（包括利比亚和昔勒尼），但在大流士统治时期，据希罗多德说，由于他铸造了成色不足的银币和谋叛而被大流士处死。[17]后来埃及被降为波斯帝国的一个行省，由波斯总督统治。
公元前522年，大流士上台当上了波斯帝国的国王后，在波斯本土发生反对大流士统治的起义时，埃及也发生了起义，反对波斯人的统治，这在大流士的《贝希斯敦铭文》中有所反映：
当我在巴比伦的时候，下列诸省叛离了我：波斯、埃蓝、米底、亚述、埃及、帕提亚、马尔吉安那、萨塔吉地亚、斯基泰。[18]
在《贝希斯敦铭文》中，说到了许多地方起义被镇压的情况，但没有说到埃及起义被镇压的事。可能也被镇压了，因为大流士曾在公元前518年夏末到过埃及，住在孟菲斯。在埃及有不少有关大流士的铭文。可能正是在这时候他处死了阿律安戴斯，并任命了费伦达特为埃及总督。在埃及期间，大流士命令修建了从尼罗河至红海之间的运河。这使埃及人可从海路直达波斯。
在大流士的一个用古埃及的象形文字、古波斯语、埃兰语、阿卡德语的楔形文字写成的石碑铭文中，叙述了这条运河的修建。其中之一说：
我是波斯人，我从波斯征服了埃及。我命令从经埃及，直至从波斯延伸出来的海的皮朗河（按：即尼罗河）起开凿这条运河，而后，像我命令的那样，这条运河被开凿出来了。船舶也从埃及经由这条运河来到了波斯，因为这是我的意志。[19]
实际上，这条运河在埃及国王尼科时期曾经开凿过，不过，他并未完成这项工程。据希罗多德的《历史》说，在大流士统治晚年，在他宣布薛西斯为波斯国王后的那一年，埃及发生过起义[20]，这次起义被薛西斯镇压了。
克谢尔克谢斯（即薛西斯）被说服派遣一支大军去讨伐希腊之后，就在大流士死后的第二年，向背叛者进军了。他征服了埃及人并使埃及人受到比在大流士的时代要苦得多的奴役；他把统治权交给了大流士的儿子、他的亲兄弟阿凯美涅斯。[21]
在波斯人统治时期，派有军队驻守在埃及。如在南部埃及的埃烈芳提那就驻有由犹太人组成的驻军，作为统治和镇压埃及人起义的工具。这些驻防军在此安家落户，生儿育女，被分给土地作为报酬。这些犹太殖民者的使命大约在第二十九王朝时期结束，那时，埃及人争得独立，建立起第三十王朝，由出自中部三角洲的门德斯城的涅菲利特统治。
一些埃及官吏和贵族从波斯人征服埃及时起就投靠了波斯人，如原埃及海军司令乌扎哥勒森特就是其最典型的代表。他在波斯人入侵时，没有下令舰队同敌人进行战斗，而是把首都舍易斯和自己的舰队交给了波斯人。在波斯人统治时期，他仍然担任高官和神庙的高级祭司、医生长官，成为波斯人统治埃及的顾问。还有很多埃及官吏在波斯人统治时期继续担任官职。不过，埃及人不可能担任像总督那样的高级官吏，而只能担任较低级的官吏，如州长等。
