公开辩论于1519年6月27日至7月15或16日在莱比锡举行。这是一次由世俗当局而非宗教权威安排的辩论会，显然得到萨克森选侯和巴伐利亚公爵（约翰·厄克的上司）的同意，意义重大。莱比锡当时属于阿尔贝廷系的萨克森公爵区，其当权的乔治公爵仍然忠于天主教会，反对宗教改革。路德的亲友理所当然地对他的安全感到担心。所以，路德及其追随者卡尔施塔特、梅兰希通、约那斯和阿姆斯多尔夫等人，在维登堡大学校长巴尼姆公爵（波美拉尼亚公爵）的亲自陪同和200名手持长戟戴着头盔的学生的武装护送下，乘两辆马车（卡尔施塔特带有大批书籍，自己乘一辆马车，其他人合乘一辆），于6月24日到达莱比锡。约翰·厄克带着一名仆人，已于6月22日先期到达。
莱比锡的空气十分紧张。一位目击者这样描写路德一行到来后的情景说：“在维登堡大学学生投宿的旅店里，店主吩咐一个男子手持长戟站在桌旁以便在莱比锡人和维登堡人发生口角时维持秩序，我去书商赫尔比波利斯开设的旅馆进餐，亲眼看见那里也有类似情形……鲍姆加滕少爷在餐桌上激烈反对这些维登堡人，这位店主不得不加以制止。只要那里住有维登堡人并与他同桌就餐，就得用长戟迫使他遵守秩序。”由莱比锡市民组成的卫队，身披甲胄，手持精良的武器，从上午7时到9时，下午2时到5时，每天两次出来维持秩序。[18]不过，整个说来，莱比锡的局势有利于天主教一方。萨克森公爵设宴招待约翰·厄克，给予大量馈赠，而路德两手空空，被视为异端分子，走到哪里人们就躲避开。路德自己也说，莱比锡人把他们看成最厉害的敌人，既不欢迎也不访问我们。
6月27日，辩论会正式开始。首先举行隆重的仪式，许多伯爵、修道院长、骑士和各阶层人士纷纷前来旁听。莱比锡大学的大厅容纳不了这么多人，辩论不得不改在乔治公爵的宴会大厅里举行，由76名武装的市民负责警卫。路德一方在座位前挂起圣马丁像，厄克方面的座前挂着圣乔治像，周围坐着各自的支持者。卡尔施塔特首先与厄克辩论自由意志问题，由爱尔福特大学的代表担任仲裁。一星期以后，即7月4日至13日，厄克与路德相遇，双方就教皇权问题进行了激烈的辩论，最后几天也辩论了炼狱和赎罪券问题。路德提议由爱尔福特和巴黎大学的代表担任仲裁，遭到对方拒绝。最后不得已，由乔治公爵主持辩论会，他决定让神学家和教会法学家担任仲裁。7月14日和15日，厄克与卡尔施塔特又进行了辩论。一位名叫彼得·莫泽拉努斯的辩论会参加者，后来在给朋友的信里写道：厄克身高体壮，气势汹汹，给人的印象不是一位神学家而是一位屠夫或武夫，在辩论中强词夺理，一再错引对方的话，力求压倒对手；路德纤弱消瘦，几乎能数出他身上的骨头，但镇定自若，讲话清晰明确，谙熟《圣经》，不断引证希腊文、希伯来文，他手持一束鲜花，辩论激烈时就看看它，闻闻它。[19]
厄克的目的是引诱对方上当，使对方自己承认是异端分子。辩论会的一位名叫赛巴斯梯安·弗罗舍尔的参加者在日记里写道：
我在莱比锡辩论会上亲自听到一件事，这事是当着乔治公爵的面发生的；这次辩论会他经常出席，并总是聚精会神地听发言。有一次，马丁博士在约翰·胡司问题上受到沉重压力，便对厄克博士讲了这样的话：“亲爱的博士，胡司派的主张并非全盘皆错。”于是，乔治公爵以全体听众都能听见的声音大声喊道：“上帝保佑，这简直是洪水猛兽！”并且双手叉腰，直摇晃他的脑袋。这是我亲自听到和看见的，因为我几乎坐在他的双脚与当时任维登堡大学校长的波美拉尼亚公爵巴尼姆的双脚之间。[20]
对此，厄克在给霍赫斯特拉登的信里沾沾自喜地写道：
